Postdoktor i single-cell-genomik och doskompensation

Vill du bidra till medicinsk forskning av toppkvalitet?

Reinius-laboratoriet vid Institutionen för medicinsk biokemi och biofysik bedriver forskning om hur våra celler hanterar obalanser i kromosom- och genkopieantal, såsom skillnader i antalet X-kromosomkopior mellan manliga (XY) och kvinnliga (XX) celler samt kopietalsvariationer som är vanliga i cancerceller. Vi söker en postdoktor med djup kunskap och erfarenhet inom bioinformatisk analys, gärna med dokumenterad erfarenhet av allel-specifik analys av NGS-data från single-cell RNA-seq och single-cell ATAC-seq. Vi erbjuder en kreativ och inspirerande miljö fylld av kompetens och nyfikenhet vid Karolinska Institutet, ett av världens ledande medicinska universitet.

Ämnesbeskrivning

Forskning om hur våra celler hanterar obalanser i kromosom- och genkopieantal, såsom skillnader i antalet X-kromosomkopior mellan män och kvinnor eller förändringar i kromosomkopieantal i cancerceller. Vidare utvecklar vi nya verktyg och tekniker för detektion och sekvensering av RNA/DNA, inklusive single-cell RNA/DNA-sekvensering.

Exempel på vår forskning:

Introducing synthetic thermostable RNase inhibitors to single-cell RNA-seq

JC Noble et al. Nature Communications, 2024

https://www.nature.com/articles/s41467-024-52717-4

Multi-layered dosage compensation of the avian Z chromosome

N Papanicolaou, A Lentini, et al. BioRxiv, 2024

https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.08.20.608780

Elastic dosage compensation by X-chromosome upregulation

A Lentini et al. Nature Communications, 2022

https://www.nature.com/articles/s41467-022-29414-1

Massive and rapid COVID-19 testing is feasible by extraction-free SARS-CoV-2 RT-PCR

I Smyrlaki, M Ekman et al. Nature communications, 2020

https://www.nature.com/articles/s41467-020-18611-5

X-chromosome upregulation is driven by increased burst frequency

AJM Larsson et al. Nature Structural & Molecular Biology, 2019

https://www.nature.com/articles/s41594-019-0306-y

Din roll

Din uppgift som postdoktor är att utföra bioinformatiska analyser av NGS-data från single-cell RNA-seq och single-cell ATAC-seq med allelupplösning. Data kommer att tillgängliggöras genom experiment utförda vid Institutionen för medicinsk biokemi och biofysik vid Karolinska Institutet. Du kommer att bedriva självständig forskning inom projektets ämnesområde med målet att publicera resultaten i ledande vetenskapliga tidskrifter.

Vem är du?

För att anställas som postdoktor krävs avlagd doktorsexamen eller en utländsk examen som bedöms motsvara en svensk doktorsexamen. Detta behörighetskrav ska vara uppfyllt senast vid tidpunkten då anställningsbeslutet fattas. Det är meriterande om du har avlagt din doktorsexamen inom de tre senaste åren, om det finns särskilda skäl kan din examen ha avlagts tidigare.

Utöver ovanstående krav för tjänsten:

-Doktorsexamen eller motsvarande examen inom bioinformatik, biovetenskap, bioteknik eller relaterade områden, med ett starkt intresse för biotekniska tillämpningar.

-Expertis i vanligt förekommande programmeringsspråk inom modern bioinformatik, såsom Bash/Shell-skriptning, Python och R.

-Dokumenterad erfarenhet av arbete inom bioinformatik.

-Ett starkt intresse för datadriven forskning och tvärvetenskaplig vetenskap, med fokus på praktiska tillämpningar inom Life Science.

-Goda kommunikationsfärdigheter i tal och skrift på engelska.

-Tillgänglighetstidpunkt (vi behöver personal så snart som möjligt).

Meriterande för tjänsten:

Vi söker en kandidat som är ambitiös, driven och resultatorienterad. Eftersom tjänsten innebär arbete i en internationell miljö är det avgörande att du har förmåga att arbeta både självständigt och i team. Stark samarbetsförmåga och en god kommunikativ förmåga är nyckelkompetenser, liksom förmågan att bygga relationer och kommunicera effektivt i en internationell kontext. Stor vikt kommer att läggas vid personlig lämplighet.

Vad erbjuder vi?

En kreativ, internationell inspirerande miljö fylld av kompetens och nyfikenhet. Karolinska Institutet är ett av världens ledande medicinska universitet. Här bedriver vi framgångsrik medicinsk forskning och har det största utbudet av medicinska utbildningar i Sverige. På KI får du träffa forskare med olika forskningsinriktningar som jobbar tillsammans. Det är det gränsöverskridande samarbetet som bidrar till KI:s världsledande position inom forskning. Flera av de personer du möter inom vården är utbildade på KI. En nära relationen till hälso- och sjukvården är viktig för att skapa utbildning och forskning av högsta kvalitet. Som universitet är Karolinska Institutet också en statlig myndighet. Det gör att du som anställd får goda förmåner genom vårt kollektivavtal.

Placering: Biomedicum Solna, Karolinska Institutet

www.reiniuslab.com

www.ki.se

Ansökan

Ansökan ska bestå av följande handlingar, skrivna på engelska eller svenska:

• Bevis om doktorsexamen
• Ett komplett CV inkluderande disputationsdatum, avhandlingens titel, tidigare akademiska befattningar, akademisk titel, nuvarande befattning, akademiska utmärkelser samt kommittéarbete
• En komplett publikationslista
• En sammanfattning av nuvarande arbete (maximalt en sida)

Varmt välkommen med din ansökan senast den 2025-01-30

Ansökan ska göras via rekryteringssystemet Varbi.  

Vill du göra skillnad – och bidra till en bättre hälsa för alla? Sök jobb hos oss!