Forskningsspecialist i genomik på individuell cellnivå - Under tillsättning eller tillsatt, ej sökbar

Vill du bidra till att förbättra människors hälsa?

Våra laboratorier är inriktade på att ta reda på vilka molekylära mekanismer som är viktiga för att driva tidig embryogenes, förstå stamcellsbiologi och stamcellsterapi. Du kommer samtidigt att arbeta med flera oberoende projekt i samarbete med praktikanter i laboratorierna.

Ämnesbeskrivning

Petropoulos- och Lanner-grupperna genomför innovativa studier inom reproduktion och utveckling samt stamcellsbiologi med tillämpning på stamcellterapi och hälsa. I dessa studier används avancerad teknik för stora mängder och enskilda celler, inklusive genuttryck, RNA-seq, ATAC-seq, BS-seq och ncRNA-analyser för att kartlägga cellernas heterogenitet och funktion under embryoutvecklingen, inom stamcellsbiologi och cellterapi.

Din roll

I din roll som forskningsspecialist kommer du att vara en del av enheten för obstetrik och gynekologi som är ett nationellt ledande och internationellt konkurrenskraftigt centrum för human embryologisk forskning. Centret består av 17 oberoende forskargrupper. Vi söker en forskningsspecialist som kommer att arbeta som en integrerad bioinformatiker i vårt team och vara involverad i flera pågående projekt. Vi har redan stora uppsättningar av sekvenseringsdata med högt genomflöde, inklusive scRNA-seq (10x Genomics) och scncRNA-seq-data samt scBS-seq, som kommer att analyseras i nära samarbete med våra gruppmedlemmar.

Som forskningsspecialist kommer ditt huvudansvar att vara att ta hand om behandling, kvalitetskontroll, lagring och analys av molekylära data från enstaka celler med hög kapacitet (metylom, transkriptom, små ncRNAs). 

Behörighetskrav

Behörig att anställas som forskningsspecialist är den som har uppvisat vetenskaplig skicklighet och har avlagt doktorsexamen eller har utländsk examen som bedöms motsvara svensk doktorsexamen samt dokumenterat forskningsarbete efter disputation.

Du som söker behöver ha:

• doktorsexamen i datavetenskap, bioinformatik eller beräkningsbiologi.
• postdoktoral expertis inom bioinformatik
• kunskaper inom R (behärska databehandling och scRNA-analyspaket), Python (behärska Python Data Stack-verktyg som NymPY, SciPY, Pandas, scikit) och gedigen Unix/Linux-erfarenhet och statistisk kunskap.
• erfarenhet av analys av NGS-data för hela genomet och särskilt av arbete med scRNAseq, ncRNAseq och scBSseq, både i 10x- och andra format.
• mycket goda kunskaper i engelska i tal och skrift

Bedömningsgrunder

Det är särskilt meriterande att den sökande har uppvisat

• Erfarenhet av andra typer av bulk-seq-data
• Expertis i arbete med dataset för enstaka celler
• Sakkunskap och grundlig förståelse för epigenom, små ncRNA:er och RNA-biologi.
• Sakkunskap och förståelse för utvecklingsbiologi, stamcellsbiologi och diabetes.
• Erfarenhet av maskininlärning och artificiell intelligens
• Erfarenhet av att arbeta med versionskontrollerade system och högpresterande datorer.
• Publikationer inom området embryologi.
• Hantering av stora genomövergripande NGS-databaser.
• Förmåga att formalisera biologiska frågor i beräkningsmodeller.

Som person ser vi gärna att du är självgående och har mycket bra samarbetsförmåga. Du har ett strukturerat och flexibelt arbetssätt och lätt för att kommunicera med andra.

Det är utifrån en sammantagen helhetsbedömning av de sökandes meriter, skicklighet och personliga egenskaper som Karolinska Institutet bedömer vilken av de sökande som har de bästa förutsättningarna att bidra till en positiv utveckling av verksamheten.

Vad erbjuder vi?

En kreativ och inspirerande miljö fylld av kompetens och nyfikenhet. Karolinska Institutet är ett av världens ledande medicinska universitet. Vår vision är att driva utvecklingen av kunskap om livet och verka för en bättre hälsa för alla. Här bedriver vi framgångsrik medicinsk forskning och har det största utbudet av medicinska utbildningar i Sverige. Som universitet är Karolinska Institutet även en statlig myndighet. Det innebär att du får goda förmåner genom vårt kollektivavtal, generös semester och en bra tjänstepension. Du får träna fritt i våra moderna friskvårdsanläggningar och får ersättning för läkarvård.

Placering: Flemingsberg

Din karriär fortsätter här

Ansökan

Vi ser gärna att din ansökan är skriven på engelska, men det går också bra att ansöka på svenska. Ansökan ska innehålla följande handlingar: CV, meriter och beskrivning av planerad forskning som presenteras i enlighet med Karolinska Institutets meritportfölj.

Varmt välkommen med din ansökan senast den 21 mars 2022.

Ansökan ska göras via rekryteringssystemet Varbi.

Vill du göra skillnad – och bidra till en bättre hälsa för alla? Sök jobb hos oss