Vill du bidra till forskning av toppkvalitet?

Postdoktoren får den unika möjligheten att delta i ett samarbetsprojekt mellan grupperna Claudia Kutter (Karolinska Institutet, KI) och Erik Sonnhammer (Stockholms universitet, SU) som båda är belägna på SciLifeLab i Stockholm. SciLifeLab är Sveriges nationella centrum för storskalig och datadriven biovetenskaplig forskning och representerar ett av de största sekvenseringsklusterna i Europa.

Kutter labbet har ett forskningsfokus på funktionell genomisk, transkriptomik (inklusive RNA-bindande proteiner (RBP) och deras bundna RNA). Sonnhammer-gruppen har omfattande erfarenhet av att inleda genregleringsnätverk (GRN) och har utvecklat flera nya algoritmer för att förbättra tillförlitligheten hos de GRN som härleds från störningar. Projektet drar inte bara nytta av offentligt tillgängliga data och nya datamängder som har genererats för detta projekt utan också från möjligheten att generera ytterligare data baserat på de första resultaten.

Din roll
Målet med projektet är att generera tillförlitligt genreglerande nätverk från genuttrycksdata genererade genom knock-down (KD) störningar för att upptäcka nya regleringsmekanismer som styr repertoaren av RNA-bindande proteiner. För detta ändamål kommer metoder för nätverksinferens att anpassas, som har utvecklats av Sonnhammer-gruppen. Både data som genereras internt av Kutter-gruppen och offentliga KD-RNAseq-data från ENCODE kommer att användas. De producerade nätverken kommer att analyseras för reglerande länkar i förhållande till kända funktioner och RNA-bindning. De vetenskapligt mest värdefulla länkarna kommer att bli föremål för experimentell validering.

Projektet innefattar programmering, dataanalys, benchmarking och modellering, samt tillämpning av de utvecklade metoderna på experimentdata som genereras av projektet.

Vem är du?
Kandidaten bör vara mycket motiverad och ha en doktorsexamen. inom bioinformatik eller relaterat område och god kunskap om molekylära processer. Alternativt kan sökande med en doktorsexamen. inom molekylärbiologi eller relaterade områden som har två års postdoktoral erfarenhet inom bioinformatik och programmering, dokumenterade av vetenskapliga publikationer uppmuntras också att ansöka.

Det är väsentligt att påvisa förtrogenhet med sekvens- och genuttrycksteknik. Utmärkta färdigheter inom datorprogrammering (främst Matlab, Python, R och UNIX) och kunskap om biologiska databassystem är nödvändiga. Erfarenhet av genuttrycksanalys, statistisk dataanalys och kunskap om molekylärbiologi önskas.

Arbetet är ett teamarbete och utfört i en internationell miljö, därför är det viktigt att sökande kan kommunicera effektivt, samarbeta bra och kunna ta initiativ.

Behörig att anställas som postdoktor är den som har avlagt doktorsexamen eller har motsvarande vetenskaplig kompetens. Även sökande som inte avlagt doktorsexamen vid ansökningstidens utgång kan söka under förutsättning att alla krav för fullgjord examen uppfylls innan (avsett) anställningsdatum. Detta ska styrkas av sökandes huvudhandledare, studierektor eller motsvarande.

Vad erbjuder vi?
En kreativ och inspirerande miljö fylld av kompetens och nyfikenhet. Karolinska Institutet är ett av världens ledande medicinska universitet. Vår vision är att driva utvecklingen av kunskap om livet och verka för en bättre hälsa för alla. Här bedriver vi framgångsrik medicinsk forskning och har det största utbudet av medicinska utbildningar i Sverige. Som universitet är Karolinska Institutet även en statlig myndighet. Det innebär att du får goda förmåner genom vårt kollektivavtal, generös semester och en bra tjänstepension. Du får träna fritt i våra moderna friskvårdsanläggningar och får ersättning för läkarvård.

Placering: SciLifeLab, Karolinska Campus, Solna, Sweden

https://ki.se/en/mtc/claudia-kutter-group
https://sonnhammer.org

 

 

Ansökan
Ansökan ska bestå av följande handlingar, skrivna på engelska eller svenska:

  • En komplett CV inkluderande disputationsdatum, avhandlingens titel, tidigare akademiska befattningar, akademisk titel, nuvarande befattning, akademiska utmärkelser samt kommittéarbete
  • En komplett publikationslista
  • En sammanfattning av nuvarande arbete (maximalt en sida)

Varmt välkommen med din ansökan senast den 15 november 2020.

Ansökan ska göras via rekryteringssystemet Varbi. 


Vill du göra skillnad – och bidra till en bättre hälsa för alla? Sök jobb hos oss

Anställningsform Visstidsanställning längre än 6 månader
Anställningens omfattning Heltid
Tillträde enligt överenskommelse
Löneform Månadslön
Antal lediga befattningar 1
Sysselsättningsgrad 100%
Ort Solna
Län Stockholms län
Land Sverige
Referensnummer STÖD 2-4387/2020
Kontakt
  • Dr Claudia Kutter, claudia.kutter@ki.se
Facklig företrädare
  • Taher Darreh-Shori, taher.darreh-shori@ki.se
  • Henry Wölling SEKO, henry.wolling@ki.se
  • Gunnel Brolin, gunnel.brolin@ki.se
Publicerat 2020-10-14
Sista ansökningsdag 2020-11-15

Tillbaka till lediga jobb