Postdoktor i beräknings-RNA-biologi och metagenomik

Vill du bidra till medicinsk forskning av toppkvalitet?

Institutionen för mikrobiologi, tumör- och cellbiologi (MTC) vid Karolinska Institutet bedriver forskning och undervisning inom immunologi, infektionsbiologi, cellbiologi och cancer. MTC har cirka 40 forskargrupper och våra nyckelord är multidisciplinära, överbryggande, nationella och internationella samarbeten.

Vårt laboratorium ligger på Science for Life Laboratory (SciLifeLab, http://www.scilifelab.se/) på Karolinska Institutets campus. SciLifeLab är utrustat med toppmodern instrumentering och kärnfaciliteter.

En postdoktorandtjänst är tillgänglig under ledning av Dr. Ilaria Piazza för att arbeta i nära samarbete med Dr. Vicent Pelechanos laboratorium. Piazza-laboratoriet (http://thewittysquare.eu) använder masspektrometribaserade metoder för att studera proteininteraktioner i celler och vävnader med proteomik. Piazza-laboratoriet är baserat både på Karolinska Institutet i Stockholm (SciLifeLab) och vid Max Delbrück Center for Molecular Medicine i Berlin. Den valda kandidaten kommer att arbeta inom ett samarbetsprojekt på Dr. Vicent Pelechanos laboratorium (http://pelechanolab.com/). Pelechano-laboratoriet integrerar experimentella- och beräkningsbara metoder för att ta itu med grundläggande biologiska frågor av medicinsk relevans med hjälp av innovativa genomomfattande tekniker. Du kommer att ha möjlighet att arbeta i en tvärvetenskaplig- och internationell miljö och kombinera utvecklingen av state-of-the-art-genomiska- och proteomiska tillvägagångssätt med molekylär dissektion av grundläggande biologiska problem.

Är du intresserad av protein-RNA-interaktioner och deras roll i sjukdomar? Vill du bidra till utvecklingen av banbrytande proteomisk och genomisk teknik? Anslut dig till oss på SciLifeLab!

Din roll

Vi söker en motiverad postdoktor med passion för att utveckla experimentella metoder att ansluta sig till vårt team. I denna roll kommer du att vara involverad i ett banbrytande projekt som syftar till att främja studier av protein-RNA-interaktioner genom integration av proteomik och genomik. Detta med stöd av expertis från Piazza- och Pelechano-laboratorierna. Med ett etablerat proof-of-concept kommer du att arbeta med att förfina och optimera metoden för att uppnå bred tillämpbarhet och hög reproducerbarhet. Du kommer att ha möjlighet att tillämpa denna nya metod för att utforska angelägna biomedicinska frågor, såsom att belysa nyckelfunktionerna hos proteiner som styr RNA-bindningsspecificitet och sedan utnyttja denna kunskap för att avancera behandlingar av mänskliga tumörer och immunterapier.

Du kommer att arbeta med ett spännande multidisciplinärt projekt som integrerar multiomikmetoder som syftar till att förstå överhörningen mellan RNA i bulk- och på encellsnivå. Du kommer att ha tillgång till toppmodern instrumentering inklusive masspektrometrar för encellsproteomikanalys och vara involverad i internationella tvärvetenskapliga samarbeten.

Den valda kandidaten förväntas bidra med sina egna idéer och ta en stark ledning inom den experimentella designen och datatolkningen. Kandidaten kommer att utföra originalforskning inom genomik och/eller proteomik och skaffa sig de nödvändiga experimentella- och beräkningsbaserade färdigheterna som krävs för att projektet ska kunna slutföras. Kandidaten kommer att ansvara för den experimentella designen, implementera analytiska pipelines och integrera olika typer av genomisk data för att svara på biologiskt relevanta frågor.

Den valda kandidaten kommer att samarbeta med andra teammedlemmar och förväntas kommunicera de vetenskapliga resultaten genom att skriva vetenskapliga artiklar och delta i vetenskapliga möten. Den idealiska kandidaten förväntas också delta i teamets allmänna uppgifter och att effektivt kommunicera med forskare med olika bakgrund i en tvärvetenskaplig och internationell miljö.

Tjänsten är baserad i Stockholm (Sverige), men du kommer ha möjlighet att arbeta i nära samarbete med Piazza-laboratoriet beläget vid Max Delbrück Center for Molecular Medicine in the Helmholtz Association (MDC) i Berlin (Tyskland). Arbetsspråket är engelska.

Om du är en hängiven forskare med en vilja att driva innovation inom området uppmuntrar vi dig att söka denna spännande tjänst.

Vem är du?

För att anställas som postdoktor krävs avlagd doktorsexamen eller en utländsk examen som bedöms motsvara doktorsexamen. Detta behörighetskrav ska vara uppfyllt senast vid tidpunkten då anställningsbeslutet fattas. Det är meriterande om du har avlagt din doktorsexamen inom de tre senaste åren, om det finns särskilda skäl kan din examen ha avlagts tidigare.

Sökande till denna position bör ha en doktorsexamen i bioinformatik, mikrobiologi, genetik, molekylärbiologi eller relaterade områden.

Den framgångsrike kandidaten bör ha erfarenhet av att tolka biologiska data och experimentellt testa sin hypotes. Därtill är det väsentligt med tidigare erfarenhet av beräkningsanalyser av metagenomik eller metatranskriptomik. Erfarenhet av ribosomdynamik, RNA-biologi och genuttryck kommer att beaktas.

Ett starkt intresse för tvärvetenskaplig teknikutveckling, nytänkande och kreativt tänkande är väsentligt. Föredragen erfarenhet inkluderar även förtrogenhet med bioinformatik, NGS dataanalys, bioinformatisk paketutveckling, Python och R skriptspråk. Tidigare erfarenhet av bakterie-läkemedelsinteraktion, antimikrobiell resistens eller mikrobiell är meriterande.

Krav för tjänsten:

Doktorsexamen i RNA/proteinbiokemi, systembiologi, molekylärbiologi eller motsvarande
Ett stort intresse för proteomik och/eller genomik och kvantitativ biologi
Minst en av följande bakgrunder:
- För proteomik: allmän kunskap om kvantitativ proteomikdatainsamling och dataanalys
- För genomik: kunskap om NGS-biblioteksgenerering, encelliga metoder (t.ex. RNA-Seq, ATAC...) och NGS-dataanalys
Nyfikenhet och motivation till att lära sig den komplementära omikmetoden (t.ex.: en kandidat med en doktorsexamen i genomik bör vara angelägen om att använda proteomikstrategier eller vice versa)
Förmåga att arbeta självständigt och i team, utmärkta kommunikationskunskaper
En gedigen experimentell- eller beräkningsbaserad bakgrund
Ett starkt publikationsrekord som huvudförfattare
Utmärkt kommunikationsförmåga på engelska

Meriterande för tjänsten:

Programmeringskunskaper inom Python eller R är ett plus
Tidigare erfarenhet av arbete med humana cancercellinjer och stamceller är meriterande

God samarbetsförmåga och förmåga att arbeta i team är en förutsättning.

Vad erbjuder vi?

En kreativ, internationell och inspirerande miljö fylld av kompetens och nyfikenhet. Karolinska Institutet är ett av världens ledande medicinska universitet. Här bedriver vi framgångsrik medicinsk forskning och har det största utbudet av medicinska utbildningar i Sverige. På KI får du träffa forskare med olika forskningsinriktningar som jobbar tillsammans. Det är det gränsöverskridande samarbetet som bidrar till KI:s världsledande position inom forskning. Flera av de personer du möter inom vården är utbildade på KI. En nära relationen till hälso- och sjukvården är viktig för att skapa utbildning och forskning av högsta kvalitet. Som universitet är Karolinska Institutet också en statlig myndighet. Det gör att du som anställd får goda förmåner genom vårt kollektivavtal.

Placering: Solna

https://thewittysquare.eu

Ansökan

Ansökan ska bestå av följande handlingar, skrivna på engelska eller svenska:

En komplett CV inkluderande disputationsdatum, avhandlingens titel, tidigare akademiska befattningar, akademisk titel, nuvarande befattning, akademiska utmärkelser samt kommittéarbete
En komplett publikationslista
En sammanfattning av nuvarande arbete (maximalt en sida)

Varmt välkommen med din ansökan senast den 20 augusti 2023.

Ansökan ska göras via rekryteringssystemet Varbi.

Vill du göra skillnad – och bidra till en bättre hälsa för alla? Sök jobb hos oss