Postdoktor i Bioinformatik och Immunologi - Under tillsättning eller tillsatt, ej sökbar

Vill du bidra till medicinsk forskning av toppkvalitet?

Institutionen för mikrobiologi, tumör- och cellbiologi (MTC) vid Karolinska Institutet bedriver forskning och undervisning inom immunologi, infektionsbiologi, cellbiologi och cancer. MTC har cirka 40 forskargrupper och våra nyckelord är multidisciplinära, överbryggande, nationella och internationella samarbeten.

Dr Lisa Westerbergs forskargrupp söker en postdoc (bioinformatiker/experimentell) inom området bioinformatik och immunologi för att studera immunbristsjukdomar och lymfom. Lisa Westerbergs lab har en lång erfarenhet av att studera molekylära mekanismer för utveckling av allvarliga immunbristsjukdomar hos barn (https://ki.se/en/mtc/lisa-westerberg-group). Pågående forskning i Westerbergs lab är inriktad på att förstå de molekylära mekanismerna för utveckling av immunbristsjukdomar med hög incidens av lymfom. Westerbergs lab utför multidisciplinär forskning i nära samarbete med forskargrupper vid KI, Karolinska Universitetssjukhuset, Science for Life Laboratory (SciLifeLab), samt internationella forskargrupper. Patientprover erhålls från nationella och internationella samarbetspartners.

Din roll

Som postdoktor i Westerberg lab kommer du att tillämpa och integrera analys av transkriptomdata baserade på bulk- och encells-RNA-sekvensering för att studera förändringar i genuttryck under klonal evolution av lymfocyter och lymfomceller. Projektet är inriktat på att identifiera genuttrycksprofiler som sedan kan testas experimentellt med etablerade metoder i Westerbergs lab. Vi vsöker en motiverad person som kan sätta upp och underhålla analys av sekvensdata genom att implementera och/eller anpassa befintliga verktyg.

Som postdoc kommer du att ingå i ett multidisciplinärt och samarbetande forskarteam verksamt inom områdena immunbristsjukdom, lymfocytbiologi och lymfom. Westerbergs lab undersöker immunbristsjukdomar och lymfom med hjälp av den senaste immunologiska tekniken inklusive Omics-metoder (sekvensering av bulk- och enkelcells-RNA, immunreceptorrepertoar och kromatin), avancerad flödescytometri och högupplösnings-mikroskopi, CRISPR/Cas- och AAV-geneditering och användning av både patientprover och experimentella modeller. Detta arbetssätt syftar till att kartlägga viktiga molekylära händelser som bidrar till sjukdomsprocessen i immunbrist och lymfom och att driva utvecklingen av precisionsmedicin

Vem är du?

För att anställas som postdoktor krävs avlagd doktorsexamen eller en utländsk examen som bedöms motsvara doktorsexamen. Detta behörighetskrav ska vara uppfyllt senast vid tidpunkten då anställningsbeslutet fattas. Det är meriterande om du har avlagt din doktorsexamen inom de tre senaste åren, om det finns särskilda skäl kan din examen ha avlagts tidigare.

Den sökande kommer att delta i ett projekt för att undersöka förändringar i genuttryck i pediatriska patientprover. Den sökande måste ha en stark bakgrund inom genomik, bioinformatik och statistik samt erfarenhet av sekvens- och genuttrycksdataanalys. Utmärkta färdigheter i programmering (R/Bioconductor, UNIX), arbete i Linux-miljö och kunskap om biologiska databaser och dataintegration samt datavisualisering krävs. Stor erfarenhet av bioinformatik för analys av genuttryck (RNAseq, scRNAseq, HiCseq, ATACseq) och integrativ analys av omics data för mänskliga sjukdomar är önskvärt. Vidare är experimentella kunskaper inom molekylärbiologi, cellkultur, och immunologiska metoder en fördel.

Krav för tjänsten

• Utmärkta färdigheter i analys av sekvenseringsdata, såsom RNAseq-, ChiPseq- och/eller ATACseq-data i publikationer

• Utmärkta färdigheter i analys i Linux-miljö och minst ett programmeringsspråk, såsom Java

• Expertis inom R och statistik

• Grundläggande förståelse för molekylär immunologi

• Utmärkt kommunikationsförmåga och motivation att samarbeta

• Förmåga att arbeta självständigt och leda flera projekt parallellt

• Utmärkta kunskaper i engelska, i tal och i skrift

Meriterande:

• Erfarenhet av analys av encellsdata, såsom scRNAseq, scATACseq, scBCR/TCRseq, HiCseq och/eller Cut&Run

• Erfarenhet av integrering av immun-relaterade data

• Kännedom om verktyg för arbetsflöden och utveckling av mjukvara såsom GitHub

• Experimentell kunskap om immunologiska metoder

Vad erbjuder vi?

En kreativ, internationell inspirerande miljö fylld av kompetens och nyfikenhet. Karolinska Institutet är ett av världens ledande medicinska universitet. Här bedriver vi framgångsrik medicinsk forskning och har det största utbudet av medicinska utbildningar i Sverige. På KI får du träffa forskare med olika forskningsinriktningar som jobbar tillsammans. Det är det gränsöverskridande samarbetet som bidrar till KI:s världsledande position inom forskning. Flera av de personer du möter inom vården är utbildade på KI. En nära relationen till hälso- och sjukvården är viktig för att skapa utbildning och forskning av högsta kvalitet. Som universitet är Karolinska Institutet också en statlig myndighet. Det gör att du som anställd får goda förmåner genom vårt kollektivavtal.

Placering: Solna

Ansökan

Ansökan ska bestå av följande handlingar, skrivna på engelska eller svenska:

• En komplett CV inkluderande disputationsdatum, avhandlingens titel, tidigare akademiska befattningar, akademisk titel, nuvarande befattning, akademiska utmärkelser samt kommittéarbete
• En komplett publikationslista
• En sammanfattning av nuvarande arbete (maximalt en sida)

Varmt välkommen med din ansökan senast den 2022-12-16

Ansökan ska göras via rekryteringssystemet Varbi.  

Vill du göra skillnad – och bidra till en bättre hälsa för alla? Sök jobb hos oss