Forskningsassistent inom bioinformatik

Vill du bidra till medicinsk forskning av toppkvalitet?

Forskargruppen ledd av professor Thomas Perlmann fokuserar på hur specifika celltyper i det centrala nervsystemet bildas och hur de bibehålls. Vårt arbete är främst inriktat mot dopaminerga nervceller i mitthjärnan och vi använder avancerade metoder för att studera den signalering och transkriptionsreglering som styr specificering, differentiering under utvecklingen och bibehållandet av dessa celler i den vuxna hjärnan. Våra studier har lett till identifieringen av flera transkriptionsfaktorer med avgörande betydelse i de studerade processerna. Projekten syftar till att förstå funktioner både under embryonal utveckling och i den vuxna hjärnan. Vi är också intresserade av regenerativ medicin i relation till Parkinsons sjukdom och andra hjärnsjukdomar.

Din roll

Kandidaten kommer att vara ansvarig för att genomföra bioinformatiska analyser inom flera pågående projekt, inklusive read alignment, kvalitetskontroll, integrering och tolkning av sekvenseringsdata samt utveckling och underhåll av interaktiva webbverktyg för datautforskning. Arbetet kan komma att innefatta utveckling av webbapplikationer (t.ex. med hjälp av Shiny eller cellxgene) och att stödja underliggande databaser (t.ex. MySQL) för att organisera, lagra och tillhandahålla projektspecifika dataset eller metadata. Kandidaten kommer att utveckla och underhålla reproducerbara analysarbetsflöden och skräddarsydda skript, och säkerställa att alla resultat är väl dokumenterade, versionskontrollerade och i linje med projektmålen. Tjänsten innebär nära samarbete med forskare från olika bakgrunder, med bidrag till datavisualisering, tolkning och metodutveckling. Kandidaten kommer även att arbeta i regelbunden dialog med en senior bioinformatiker och andra forskare i laboratoriet för att planera analyser, diskutera strategier och stödja labbets forskningsresultat med högkvalitativa och aktuella analyser.

Vem är du?

Vi söker en motiverad bioinformatiker med magisterexamen i bioinformatik, beräkningsbiologi eller motsvarande för att ansluta till vår forskargrupp. Gruppen arbetar med projekt som involverar NGS-data, såsom single-cell RNA-sekvensering, spatial omik och single-cell multiomik. Du bör ha god kommunikationsförmåga, ett strukturerat arbetssätt och förmågan att leverera högkvalitativa, väldokumenterade resultat både självständigt och i samarbete med andra i teamet. Rollen inkluderar att presentera dina resultat vid gruppmöten samt att bidra till den pågående metodutvecklingen. Du bör ha viss erfarenhet av maskininlärning, programmering i Python och R, arbete i Linux-miljö, versionshantering med GitHub, containerisering med Docker samt dataanalys med verktyg som Nextflow och MySQL. Goda kunskaper i statistisk analys, datakurering och preprocessing, samt analys av single-cell och bulk RNA-sekvensering och multiomikdata är avgörande. Erfarenhet av offentliga biologiska dataregister (t.ex. SRA, ENA, Ensembl) och paketering av Python-verktyg (t.ex. publicerade paket via PyPI) är meriterande. Det är även en fördel om du har erfarenhet av DNA-sekvensering, genom- och de novo-assembly samt kunskap om spatial omik. Grundläggande kunskaper i molekylärbiologi är ett plus. Goda kunskaper i engelska, både i tal och skrift, är ett krav.

Vad erbjuder vi?

En kreativ, internationell och inspirerande miljö fylld av kompetens och nyfikenhet. Karolinska Institutet är ett av världens ledande medicinska universitet. Vår vision är att driva utvecklingen av kunskap om livet och verka för en bättre hälsa för alla. Här bedriver vi framgångsrik medicinsk forskning och har det största utbudet av medicinska utbildningar i Sverige. Som universitet är Karolinska Institutet en statlig myndighet. Det gör att du får goda förmåner genom vårt kollektivavtal. Medarbetare på KI erbjuds också möjlighet till ett flexibelt arbetssätt. Det innebär att om den verksamhet du jobbar i tillåter, så kan du arbeta en del av din arbetstid på distans. Du får även träna fritt i våra moderna friskvårdsanläggningar där utbildad personal finns på plats.  

Placering: Solna 

--[Video om Karolinska Institutet, hur vi alla bidrar till en bättre hälsa för alla] ---

Ansökan

Varmt välkommen med din ansökan!

Ansökan ska göras via rekryteringssystemet Varbi. I denna rekrytering söker du med ditt CV utan personligt brev. I ansökningsformuläret kommer du istället att få svara på några frågor om varför du söker jobbet. 

Vill du göra skillnad – och bidra till en bättre hälsa för alla? Sök jobb hos oss