Multi-omics Bioinformatiker

Karolinska Institutet, Institutionen för Onkologi-Patologi, Lehtiös forskargrupp

Vid Institutionen för Onkologi-Patologi bedrivs grundläggande, translationell och klinisk forskning samt utbildningsverksamhet relaterad till cancer. Cirka 300 personer från över 40 olika nationer arbetar för närvarande vid institutionen. Omkring 30 forskargrupper med olika cancerforskningsprofiler är involverade, och vi har cirka 110 doktorander. Institutionen ansvarar för grundutbildningskurser i patologi, onkologi och rättsmedicin för läkarstudenter, samt för tumörbiologikurser för biomedicinstudenter och patologikurser för optiker.

Vill du bidra till att förbättra människors hälsa?

Tjänsten är placerad i forskargruppen för cancerproteomik och masspektrometri, ledd av professor Janne Lehtiö vid Science for Life Laboratory (SciLifeLab). Karolinska Institutet är ett av de fyra grundande universiteten för SciLifeLab, som idag är en nationell infrastruktur och ett forskningscentrum för teknik driven livsvetenskap. Lehtiös grupp är en translationell forskargrupp med målet att förbättra analysen av det mänskliga proteomet genom att utveckla nya metoder som kan tillämpas för att förbättra individanpassad cancerbehandling.

För närvarande söker vi att förstärka vår forskargrupp med en enastående bioinformatiker med dokumenterad expertis inom tolkning och integrering av cancer-omikdata, samt att skapa värde både inom forskning och i translationella sammanhang. Anställningen är en tillsvidareanställning med sex månaders provanställning. Vi erbjuder ett mycket stimulerande och varierat arbete i ett team av mycket motiverade medarbetare med expertis inom banbrytande teknik.

Din roll

Vi söker en enastående bioinformatiker med expertis inom multi-omik och starka analytiska samt programmeringskunskaper för arbete med cancerrelaterade omikdata. Kandidaten förväntas utveckla, etablera, underhålla och uppdatera bioinformatiska pipelines för att integrera tumördata från olika teknologier (inklusive genomik, transkriptomik och proteomik). Särskild vikt läggs vid HPC-stödd beräkning av sekvenseringsdata till sammansatta transkript (de novo-assembly är ofta nödvändigt), samt vidare översättning av ORF:er (öppna läsramar) från dessa transkript till proteindatabaser (FASTA-format) som används för att analysera rådata från masspektrometribaserad proteomik.

Målet är att generera ny kunskap om tumörbiologi, identifiera tumör antigener och koppla fynden till framväxande cancerterapier, särskilt riktade immunterapier. Bioinformatikern förväntas även utveckla verktyg som underlättar översättning av forskningsresultat till nya kliniska initiativ.

Arbetsuppgifter:

• Underhålla, stödja och uppdatera bioinformatiska pipelines för multi-omik, med särskilt fokus på att sammanställa sekvenseringsdata till transkript och översätta ORF:er till proteinsekvensdatabaser.
• Leda utvecklingen av proteogenomik genom implementering av nya algoritmer och beräkningsinfrastruktur.
• Utveckla verktyg som stödjer kliniska initiativ inom genomik och proteomik.
• Integrera sekvenseringsdata från externa och offentliga resurser för att förbättra kliniska forskningsresultat.
• Handleda postdoktorer, doktorander och teknisk personal inom bioinformatik och proteogenomik.
• Ansöka om extern finansiering – både nationellt och internationellt.
• Aktivt delta i akademiska, industriella och vård relaterade samarbeten som involverar omik baserade metoder för att förbättra cancerbehandling.

Bedömningsgrunder

Vid bedömning av kandidater kommer lämplighet för tjänsten, erfarenhet av ovan nämnda metoder samt erfarenhet inom området att utgöra grunden för urvalet i denna rekrytering.

Vem är du?

Kvalifikationer

• Doktorsexamen i bioinformatik, datavetenskap, biologi, medicin eller matematisk statistik.
• Erfarenhet av cancerforskning och analys av storskaliga multi-omikdata relaterade till cancer.
• Dokumenterad erfarenhet av utveckling av bioinformatiska verktyg och mjukvarupaket.
• Djupgående kunskap i bearbetning av NGS-data från helgenomsekvensering och RNA-sekvensering; kunskap inom single-cell RNA-seq och spatial transkriptomik är meriterande.
• Kunskap inom masspektrometri-baserad proteomik samt analys och tolkning av proteogenomikdata.
• Bekantskap med immunterapi koncept och målinriktning av neo antigener.
• Gedigen erfarenhet av bash-skriptning och arbete i HPC Linux/Unix-miljö.
• God programmerings vana (helst i Python, SQL, Groovy, R, HTML, JavaScript och Bash).
• God kunskap om cancerbiologi och translationell cancerforskning.
• Erfarenhet av tvärvetenskapligt samarbete och att tillhandahålla bioinformatik stöd.
• Erfarenhet av implementerings forskning.
• Dokumenterad akademisk meritlista, inklusive publikationer i högt rankade och ofta citerade tidskrifter.
• Goda kunskaper i engelska, både muntligt och skriftligt.

Ytterligare meriter

• Expertis inom webb programmering och utveckling av webb applikationer.
• Expertis i hantering av stora datamängder genom design av strukturerade databaser (PostgreSQL, MySQL).
• Kunskap inom maskininlärning, särskilt djupinlärning, för analys av proteomikdata och klassificering av cancerprofiler.

Eftersom tjänsten innebär nära samarbete med flera forskare, läggs stor vikt vid personliga egenskaper såsom:

• Mycket god samarbetsförmåga

• Utmärkta kommunikations- och analytiska färdigheter

Vad erbjuder vi?

En kreativ, internationell och inspirerande miljö fylld av kompetens och nyfikenhet. Karolinska Institutet är ett av världens ledande medicinska universitet. Vår vision är att driva utvecklingen av kunskap om livet och verka för en bättre hälsa för alla. Här bedriver vi framgångsrik medicinsk forskning och har det största utbudet av medicinska utbildningar i Sverige. Som universitet är Karolinska Institutet en statlig myndighet. Det gör att du får goda förmåner genom vårt kollektivavtal. Medarbetare på KI erbjuds också möjlighet till ett flexibelt arbetssätt. Det innebär att om den verksamhet du jobbar i tillåter, så kan du arbeta en del av din arbetstid på distans. Du får även träna fritt i våra moderna friskvårdsanläggningar där utbildad personal finns på plats.  

Placering: Science For Life Laboratory, Solna

Tio skäl att välja Karolinska Institutet
Lehtiö Lab

Ansökan

Varmt välkommen med din ansökan senast den 17 augusti.

Ansökan ska göras via rekryteringssystemet Varbi. I denna rekrytering söker du med ditt CV utan personligt brev. I ansökningsformuläret kommer du istället att få svara på några frågor om varför du söker jobbet. 

Vid tillsvidareanställning tillämpar Karolinska Institutet 6 månaders provanställning.

Vill du göra skillnad – och bidra till en bättre hälsa för alla? Sök jobb hos oss