Bioinformatiker inom neurobiologi

Vill du bidra till medicinsk forskning av toppkvalitet?

Kom och jobba med oss på avdelningen för molekylär neurobiologi vid institutionen för medicinsk biokemi och biofysik, Karolinska Institutet, Stockholm. I forskargruppen som leds av professor Goncalo Castelo-Branco  är vi särskilt intresserade av de molekylära mekanismer som definierar de transkriptomiska och epigenomiska tillstånden i oligodendrocytstamceller, med avsikt att utforma epigenetiskt baserade terapier för att förebygga och behandla neuroinflammation i demyeliniserande sjukdomar. Vår forskargrupp har en bred expertis inom singel cell- och spatial omics-teknik för att till exempel identifiera flera diverse inom oligodendrocytlinjen under utveckling och sjukdom (Science 2016, Dev Cell 2018, Nature Medicine 2018, Nature 2019, Nature Biotechnology 2021, 2022, Neuron 2022, Nature 2023).

Din roll

I den här rollen kommer du att använda ett brett utbud av bioinformatiska metoder för att identifiera olika epigenetiska tillstånd i oligodendroglia data från möss och människor. Du kommer tillsammans med gruppens seniora dataanalysforskare att ansvara för att utveckla och etablera lämpliga algoritmer, tekniker och dataset för att förbättra vår förmåga att snabbt upptäcka epigenetiska profiler. Du kommer också att bidra till och förbättra våra dataanalysfunktioner för komplexa, högdimensionella omics-data. Vidare kommer du att bidra till projekt för NGS-relaterade tekniker för att säkerställa att resultaten är vetenskapligt robusta och väldokumenterade.

Vem är du?

Vi förväntar oss att du har en passion för att driva vetenskapliga frågor,  är serviceinriktad, kan ta emot och analysera information från flera olika områden och fatta beslut om en tydlig strategi framåt. En god meritlista av att leverera analytiska lösningar för akademiska behov är avgörande. Du kan arbeta självständigt och har en positiv, resultatorienterad och problemlösande attityd. 

• Magisterexamen i bioinformatik, datavetenskap eller motsvarande dokumenterad arbetslivserfarenhet.
• Erfarenhet av att etablera och utveckla arbetsflöde för dataanalys, kvalitetskontroll och arkivering för flera akademiska forskningsprojekt.
• Expertis inom DNA/RNA-sekvensbaserad analys av singel-cell nivå, såsom scCUT&Tag, CITEseq, eller högdimensionell dataanalys (omics), CRISPR-screening och upptäckter av polymorfismer med en single-nucleotide genom NGS.
• Expertis inom spatial transkriptomik och epigenomik såsom DbiTseq.
• Kompetens i att arbeta i Linux-miljö, verktyg för öppen kodbehandling för interaktiva  datoanvändningar  som Jupyter eller liknande programmeringsspråk som R, Python, Perl, skript och standard kommandotolk.
• Gedigen erfarenhet av att skapa, koppla och versionera robusta dataanalysmiljöer.
• Förståelse för molekylärbiologi, cellbiologi och humanfysiologi i samband med neurovetenskap, multipel skleros och oligodendroglia i både hälsa och sjukdom.
• Utmärkt engelska, både i tal och skrift.

Vad erbjuder vi?

En kreativ, internationell och inspirerande miljö fylld av kompetens och nyfikenhet. Karolinska Institutet är ett av världens ledande medicinska universitet. Vår vision är att driva utvecklingen av kunskap om livet och verka för en bättre hälsa för alla. Här bedriver vi framgångsrik medicinsk forskning och har det största utbudet av medicinska utbildningar i Sverige. Som universitet är Karolinska Institutet en statlig myndighet. Det gör att du får goda förmåner genom vårt kollektivavtal. Medarbetare på KI erbjuds också möjlighet till ett flexibelt arbetssätt. Det innebär att om den verksamhet du jobbar i tillåter, så kan du arbeta en del av din arbetstid på distans. Du får även träna fritt i våra moderna friskvårdsanläggningar där utbildad personal finns på plats.  

Placering: Solna 

Ansökan

Varmt välkommen med din ansökan senast 2024-07-31

Ansökan ska göras via rekryteringssystemet Varbi. I denna rekrytering söker du med ditt CV utan personligt brev. I ansökningsformuläret kommer du istället att få svara på några frågor om varför du söker jobbet. 

Vid tillsvidareanställning tillämpar Karolinska Institutet 6 månaders provanställning.

Vill du göra skillnad – och bidra till en bättre hälsa för alla? Sök jobb hos oss