Postdoktor inom single‑cell cancer‑omik och bioinformatik

Vill du bidra till att förbättra människors hälsa?

Foukakis-labbet vid avdelningen för Onkologi/Patologi , Karolinska Institutet fokuserar på kliniska och translationella studier av bröstcancer. Målet är att bättre förstå och förutsäga en enskild patients unika läkemedelskänslighet, förbättra överlevnaden vid bröstcancer och undvika behandlingsrelaterad toxicitet. Tumörvävnad och flytande biopsier finns tillgängliga från patienter som deltar i flera akademiska prospektiva randomiserade studier samt från retrospektiva patientkohorter. En translationell forskningsplattform har etablerats med hjälp av ett stort antal patologiska och genomiska metoder i ett samordnat arbete för att identifiera prognostiska och prediktiva biomarkörer. Gruppen har en betydande nationell och internationell närvaro och samarbeten.

Bienko‑Crosetto-labbet utvecklar och använder avancerade genomiska teknologier för att studera samspelet mellan 3D‑genomarkitektur och genomstabilitet, med särskilt fokus på hur somatiska kopietalsförändringar och strukturella varianter uppstår och utvecklas i cancerceller och hur de bidrar till tumörprogression.

Som single-cell cancer‑omik‑bioinformatiker kommer du att leda analysen och tolkningen av scDNA‑sekvensering och single‑cell multi‑omikdata som genereras från patientprover insamlade inom ramen för stora multicenter‑kliniska studier. Du kommer att utveckla och tillämpa avancerade beräkningsmetoder för att modellera hur tumörer utvecklas under det kontinuerliga selektionstrycket från anti‑cancerbehandlingar.

Du kommer att arbeta i gränslandet mellan klinik och forskningslaboratorium, där sekvenseringsdata produceras, och vara en del av en kulturellt mångsidig och dynamisk forskningsmiljö där du arbetar tillsammans med kliniker och forskare från olika discipliner och bakgrunder.

Din roll

Dina huvudsakliga arbetsuppgifter kommer att vara:

• Bearbeta single‑cell whole genome‑ och whole exome‑sekvenseringsdata för att generera kopietalsförändringsprofiler (CNA) av enskilda tumörceller och detektera enkelbasförändringar (SNV).
• Tillämpa fylogenetisk analys för att rekonstruera tumörutveckling baserat på data genererade genom tidsseriebaserad single‑cell DNA‑sekvensering.
• Analysera scATAC‑/RNA‑sekvensering och spatial transkriptomikdata som genereras genom single‑cell‑sekvensering av tumörbiopsier.
• Integrera single‑cell‑ och spatiala omik‑dataset med klinisk information för att förbättra patientstratifiering och bättre förutsäga behandlingsutfall.

Vem är du?

För att anställas som postdoktor krävs avlagd doktorsexamen eller en utländsk examen som bedöms motsvara en svensk doktorsexamen. Detta behörighetskrav ska vara uppfyllt senast vid tidpunkten då anställningsbeslutet fattas. Det är meriterande om du har avlagt din doktorsexamen inom de tre senaste åren, om det finns särskilda skäl kan din examen ha avlagts tidigare.

Kvalifikationer:

• En doktorsexamen i beräkningsbiologi/genomik/bioinformatik eller motsvarande.
• Dokumenterad erfarenhet av att analysera next‑generation sequencing‑data, helst WGS/WES‑data från tumörprover.
• Tidigare arbete inom tumörutveckling och/eller analys av single‑cell‑sekvenseringsdata från tumörprover är en stark merit.
• Ett stort intresse för tumörbiologi och användningen av genomiska teknologier för att förbättra diagnostik, klassificering och behandling av cancerpatienter.
• Minst två publikationer där du haft en ledande eller betydande roll i analysen av sekvenseringsdata.
• Förmåga att självständigt organisera ditt eget arbetsupplägg och flexibelt anpassa din veckoplanering efter nya behov som uppstår.
• En problemlösande och framåtblickande personlighet, dvs. du är motiverad att hantera hinder som kan uppstå på vägen mot ett mål, du tycker om felsökning, du är inte rädd för att be om hjälp och du kan hitta lösningar även om det innebär att den ursprungliga planen behöver revideras (utan att kompromissa med vetenskaplig noggrannhet och kvalitet).
• En stark samarbetsförmåga, dvs. du är en god lagspelare och vill bidra till hela teamets framgång.
• Flytande engelska i tal och skrift.

Vad erbjuder vi?

En kreativ, internationell inspirerande miljö fylld av kompetens och nyfikenhet. Karolinska Institutet är ett av världens ledande medicinska universitet. Här bedriver vi framgångsrik medicinsk forskning och har det största utbudet av medicinska utbildningar i Sverige. På KI får du träffa forskare med olika forskningsinriktningar som jobbar tillsammans. Det är det gränsöverskridande samarbetet som bidrar till KI:s världsledande position inom forskning. Flera av de personer du möter inom vården är utbildade på KI. En nära relationen till hälso- och sjukvården är viktig för att skapa utbildning och forskning av högsta kvalitet. Som universitet är Karolinska Institutet också en statlig myndighet. Det gör att du som anställd får goda förmåner genom vårt kollektivavtal.

Placering: Solna, SciLifeLab

 Tio skäl att välja Karolinska Institutet

Ansökan

Ansökan ska bestå av följande handlingar, skrivna på engelska eller svenska:

• Bevis om doktorsexamen
• Ett komplett CV inkluderande disputationsdatum, avhandlingens titel, tidigare akademiska befattningar, akademisk titel, nuvarande befattning, akademiska utmärkelser samt kommittéarbete
• En komplett publikationslista
• En sammanfattning av nuvarande arbete (maximalt en sida)

Varmt välkommen med din ansökan senast den 3 februari. 

Ansökan ska göras via rekryteringssystemet Varbi.  

Denna anställning är 2 år med möjlighet till förlängning.

Vill du göra skillnad – och bidra till en bättre hälsa för alla? Sök jobb hos oss!