Forskningsinfrastrukturspecialist inom Bioinformatiska system

Vill du bidra till att förbättra människors hälsa?

Karolinska Institutet, Institutionen för onkologi-patologi

SciLifeLab

Beräkningsmetoder och artificiell intelligens för storskaliga molekylära data förändrar studiet av biologiska system på alla nivåer – från molekylära strukturer och cellulära processer till människans hälsa och globala ekosystem. SciLifeLab (www.scilifelab.se), som grundades 2010, utgör en internationellt unik infrastruktur och forskningsgemenskap som förenar banbrytande life science-teknologier med expertis inom data och AI. Vi lanserar nu en omfattande rekryteringskampanj för framstående forskningsspecialister inom områden som bioinformatik, datamanagement och IT till våra nationella forskningsinfrastrukturer. Som nyckelperson inom infrastrukturen kommer du att spela en central roll i att koppla samman våra användargemenskaper och utveckla nya datatjänster tillsammans med seniora experter vid SciLifeLab Bioinformatics Platform och SciLifeLab Data Centre, för att katalysera banbrytande forskning i en ny era av kvantitativ och prediktiv biologi.

Om enheten för Global Proteomik och Proteogenomik vid SciLifeLab

Du kommer att ingå i SciLifeLabs enhet för Global Proteomik och Proteogenomik (GPPG) i Stockholm – en toppmodern anläggning utrustad med den senaste högpresterande LC-MS-instrumenteringen för omfattande proteinanalys. Enheten är specialiserad på avancerad proteogenomikforskning, där proteomikdata kombineras med provspecifik genomisk och transkriptomisk information för att upptäcka nya proteinkodande regioner, identifiera variantproteiner och kartlägga cancer-neoantigener. Vår anläggning erbjuder ett komplett utbud av MS-baserade applikationer, inklusive kvantitativ proteomik, singelcellsanalys, studier av posttranslationella modifieringar och interaktionsanalyser. Enheten fungerar som en nationell resurs som stödjer det svenska life science-samhället med expertkunskap inom både upptäcktsbaserade och målinriktade proteomikmetoder. Du kommer att arbeta tillsammans med ett erfaret team av forskare och ha tillgång till världsledande infrastruktur för att driva utvecklingen inom proteogenomikforskning och dess tillämpningar.

Din roll

Vi söker en forskningsinfrastrukturspecialist inom bioinformatik med inriktning på datahantering för att leda utvecklingen och förvaltningen av SciLifeLabs data­infrastruktur inom enheten för global proteomik och proteogenomik (GPPG). Denna heltids­anställning fokuserar på att bygga robusta datapipelines, optimera analytiska arbetsflöden och integrera masspektrometri ­baserad proteomikdata med multi-omics-plattformar. Du kommer att spela en avgörande roll i att möjliggöra smidig datahantering och plattforms­övergripande integration för att främja forskning inom systembiologi och precisionsmedicin, samtidigt som du säkerställer att dataresurser följer FAIR-principerna (Findable, Accessible, Interoperable, Reusable) genom robusta metadataramverk och standardiserings­praxis.

Huvudsakliga arbetsuppgifter

• Designa, bygga och underhålla skalbara bioinformatikpipelines för bearbetning av MS-proteomikdata
• Optimera befintliga analytiska arbetsflöden och integrera nya verktyg i dataplattformen
• Förvalta omics-datainfrastruktur och säkerställa effektiv dataöverföring och lagringslösningar
• Integrera proteomikdata med genomiska, transkriptomiska och kliniska dataset
• Samarbeta med interna team och externa partners för att utveckla plattforms­övergripande lösningar
• Ge tekniskt stöd och utbildning till användare av plattformen

Behörighetskrav

För anställning som forskningsinfrastrukturspecialist vid Karolinska Institutet tillämpas de behörighetskrav som anges i Riktlinjer för andra anställningar än läraranställningar vid Karolinska Institutet i förhållande till fastställd anställningsprofil.

Behörig att anställas som forskningsinfrastrukturspecialist är den som har uppvisat vetenskaplig skicklighet och avlagt doktorsexamen eller har utländsk examen som bedöms motsvara svensk doktorsexamen. Den sökande ska även ha uppvisat teknisk och metodologisk skicklighet.

Bedömningsgrunder

Det är särskilt meriterande att den sökande har uppvisat

• Programmeringskunskaper: Gedigen erfarenhet av Python, R och/eller arbetsflödessystem som Nextflow eller Snakemake
• Bakgrund inom bioinformatik: Examen i bioinformatik, beräkningsbiologi, datavetenskap eller närliggande område med dokumenterad erfarenhet av omics-data
• Utveckling av pipelines: Bevisad erfarenhet av att bygga och underhålla analysarbetsflöden för omics-data
• Kommunikation: Utmärkta kommunikationsfärdigheter på engelska samt förmåga att arbeta i samarbetsinriktade forskningsmiljöer
  
  

Det är meriterande att den sökande har uppvisat

• Avancerad examen: Doktorsexamen inom relevant område, eller masterexamen med över 5 års specialiserad erfarenhet
• Tekniska verktyg: Erfarenhet av MaxQuant, OpenMS, DIA-NN, Spectronaut eller liknande plattformar
• Integration av multi-omics: Erfarenhet av att kombinera proteomik med genomiska/transkriptomiska data
• Specialiserad kunskap: Förståelse för peptide-spectrum matching, FDR-beräkning och proteininferens
• AI/ML-kompetens: Erfarenhet av maskininlärningsramverk och AI-baserade analysverktyg för omics-applikationer

Forskningsanvändning: Bakgrund inom translationell forskning, biomarkörupptäckt eller cancerproteogenomik

Det är utifrån en sammantagen helhetsbedömning av de sökandes meriter och skicklighet som Karolinska Institutet bedömer vilken av de sökande som har de bästa förutsättningarna att bidra till en positiv utveckling av verksamheten.

Vad erbjuder vi?

En kreativ och inspirerande miljö fylld av kompetens och nyfikenhet. Karolinska Institutet är ett av världens ledande medicinska universitet. Här bedriver vi framgångsrik medicinsk forskning och har det största utbudet av medicinska utbildningar i Sverige. På KI träffar du forskare med olika forskningsinriktningar som jobbar tillsammans. Det är det gränsöverskridande samarbetet som bidrar till KI:s världsledande position inom forskning. Flera av de personer du möter inom vården är utbildade på KI. En nära relationen till hälso- och sjukvården är viktig för att skapa utbildning och forskning av högsta kvalitet. Som universitet är Karolinska Institutet också en statlig myndighet. Det gör att du som anställd får goda förmåner genom vårt kollektivavtal.

Placering: Science For Life Laboratory i Solna

Tio skäl att välja KI

LehtiöLab

MS-based Protein Analysis - SciLifeLab

Ansökan

Vi ser gärna att din ansökan är skriven på engelska, men det går också bra att ansöka på svenska. Ansökan ska innehålla följande handlingar: Bevis om doktorsexamen, CV, meriter som presenteras i enlighet med Karolinska Institutets meritportfölj för forskningsinfrastrukturspecialist/senior forskningsinfrastrukturspecialist.

Ansökan ska göras via rekryteringssystemet Varbi senast den 9 november.

Vid tillsvidareanställning tillämpar Karolinska Institutet 6 månaders provanställning.

Vill du göra skillnad – och bidra till en bättre hälsa för alla? Sök jobb hos oss