Forskningsinfrastrukturspecialist inom beräkningsbiologi/bioinformatik (multimodal dataintegration)

Vill du bidra till medicinsk forskning av toppkvalitet?

Beräkningsmetoder och artificiell intelligens (AI) som tillämpas på storskaliga molekylära data förändrar biologin – från molekylära strukturer och cellulära processer till människans hälsa och ekosystem. Inom SciLifeLab, en nationell forskningsinfrastruktur och forskningsmiljö som förenar avancerad livsvetenskaplig teknologi med expertis inom dataanalys och AI, söker plattformen för kemisk biologi och genomredigering (CBGE) nu en forskningsinfrastrukturspecialist inom beräkningsbiologi och/eller bioinformatik.

CBGE fokuserar på små molekylers påverkan på biologiska system och deras fenotypiska effekter, och tillämpar multimodala metoder för att kartlägga och studera verkningsmekanismer.

Din roll

Vi söker en erfaren bioinformatiker eller beräkningsbiolog som ska leda analysen av komplexa, multimodala dataset genererade genom påverkan av levande system med exempelvis poolade CRISPR-screeningar eller små molekyler, och där utfallen profileras med ortogonala metoder såsom NGS, kemisk proteomik och bildanalys.

Som beräkningsansvarig vid CBGE kommer du att:

• samordna datadrivna projekt,
• främja samarbete mellan forskningsenheter,
• fungera som en nyckelkontakt mot Nationell Bioinformatikinfrastruktur (NBIS) och SciLifeLab Data Center.

Tjänsten erbjuder en möjlighet att kombinera vetenskapligt ledarskap med avancerad dataintegration, och att bidra till hur läkemedelsinducerade fenotypiska förändringar omvandlas till biologiska insikter.

Du kommer att verka i en tvärvetenskaplig miljö med nära samarbete mellan experimentella forskare, beräkningskemister, bioinformatiker, dataspecialister och systemutvecklare. Rollen innefattar både praktiskt analysarbete och koordinering av ett mindre team. Du kommer att driva integration av multimodala data från genetiska, proteomiska och kemiska dataset med hjälp av klassiska och/eller AI/ML-baserade metoder.

Exempel på arbetsuppgifter:

• Översätta heterogena data till sammanhängande biologiska modeller och hypoteser som kan vägleda vidare forskning.
• Koordinera och handleda beräkningspersonal vid CBGE, säkerställa metodologisk samordning och hög kvalitet i analysstödet.
• Harmonisera datahantering, främja FAIR-principer, säkerställa att data är AI-redo och bidra till etablering av centraliserat datastöd inom SciLifeLab.

Behörighetskrav

• Doktorsexamen inom beräkningsbiologi, bioinformatik, systembiologi eller närliggande område.
• Dokumenterad metodologisk och forskningsmässig kompetens.
• Gedigna programmeringskunskaper (t.ex. Python, R, Bash) för omics-datahantering, kvalitetskontroll, statistisk analys och visualisering.
• Stark grund i statistiska och kvantitativa metoder.
• Erfarenhet av arbete i Unix/Linux-miljö.
• God kommunikationsförmåga och samarbetsinriktad arbetsstil.
• Mycket goda kunskaper i engelska, både muntligt och skriftligt.

För anställning som forskningsinfrastrukturspecialist vid Karolinska Institutet tillämpas de behörighetskrav som anges i Riktlinjer för andra anställningar än läraranställningar vid Karolinska Institutet i förhållande till fastställd anställningsprofil.

Behörig att anställas som forskningsinfrastrukturspecialist är den som har uppvisat vetenskaplig skicklighet och avlagt doktorsexamen eller har utländsk examen som bedöms motsvara svensk doktorsexamen. Den sökande ska även ha uppvisat teknisk och metodologisk skicklighet.

Bedömningsgrunder

Meriterande kompetenser

Erfarenhet eller expertis inom följande områden är meriterande men inte krav:

• NGS- och omics-dataanalys: bearbetning och visualisering av storskaliga sekvenseringsdata, inklusive single-cell och spatiala omics-metoder.
• Gen- och pathwaysanalys: t.ex. fgsea, clusterProfiler, Enrichr, ReactomePA samt databaser som KEGG, Reactome och GO.
• Pipelineutveckling: t.ex. Snakemake, Nextflow, versionshantering och containerisering (Docker/Singularity).
• Statistisk modellering: t.ex. GLM, Bayesianska metoder, mixed-effect modeller.
• Multimodal dataintegration: erfarenhet av att integrera och tolka olika datatyper (genetiska, proteomiska, kemiska, bilddata).
• AI/ML inom biologi: representation learning, prediktiv modellering, funktionell inferens, inkl. deep learning.
• Kemoinformatik och kemisk-biologiska data: molekylära representationer, annotering av substanser, prediktiv modellering.
• FAIR och metadatahantering: kunskap om publika databaser, metadata-standarder, AI-redo dataset.
• Kommunikation och samverkan: undervisning, outreach, samarbete med icke-experter.
• Erfarenhet av att koordinera eller leda mindre beräkningsteam.
• Postdoktoral erfarenhet inom relevant område.

Det är utifrån en sammantagen helhetsbedömning av de sökandes meriter och skicklighet som Karolinska Institutet bedömer vilken av de sökande som har de bästa förutsättningarna att bidra till en positiv utveckling av verksamheten.

Vad erbjuder vi?

Karolinska Institutet är ett av världens ledande medicinska universitet. CBGE är en del av Institutionen för medicinsk biokemi och biofysik och omfattar enheter såsom Chemical Biology Consortium Sweden, CRISPR Functional Genomics och Chemical Proteomics. Vi erbjuder en dynamisk, samarbetsinriktad och vänlig arbetsmiljö.

Du kommer att vara baserad vid SciLifeLab Campus Solna, som tillsammans med Karolinska Institutets campus utgör en av Europas största och mest livfulla forskningsmiljöer.

Vi främjar personlig och professionell utveckling genom tillgång till kurser, workshops och konferenser. Vi värdesätter en flexibel och stödjande arbetskultur med fokus på samarbete, mentorskap och kollegialt lärande.

Tjänsten är initialt tidsbegränsad till ett år, men förväntas annonseras som en tillsvidareanställning. Den nuvarande innehavaren uppmuntras att söka den permanenta tjänsten, förutsatt goda prestationer under det första året.

Placering: SciLifeLab, Solna

SciLifeLab Chemical Biology and Genome Engineering
Karolinska Institutet Research Infrastructure
New Career Path for Research Infrastructure Specialists

Ansökan

Din ansökan bör helst vara på engelska, men det går även bra att ansöka på svenska. Ansökan ska utformas i enlighet med Karolinska Institutets meritportfölj för forskningsinfrastrukturspecialist/senior forskningsinfrastrukturspecialist och ska inkludera ett personligt brev där du motiverar varför du är en stark kandidat för tjänsten. Det personliga brevet ska skrivas av dig själv och inte genereras av AI-verktyg.

Sista ansökningsdag är 2025-10-31.

Ansökan ska göras via rekryteringssystemet Varbi.

Vill du göra skillnad – och bidra till en bättre hälsa för alla? Sök jobb hos oss