Forskningsingenjör i bioinformatik med inriktning mot MS-baserad proteomik

Vill du bidra till medicinsk forskning av toppkvalitet?

Beräkningsmetoder och artificiell intelligens (AI) som tillämpas på storskaliga molekylära data förändrar biologin – från molekylära strukturer och cellulära processer till människors hälsa och ekosystem. Som en del av SciLifeLab, en nationell forskningsinfrastruktur och forskningsmiljö som förenar avancerad livsvetenskaplig teknologi med expertis inom dataanalys och AI, söker enheten för kemisk proteomik vid institutionen för medicinsk biokemi och biofysik en forskningsingenjör i bioinformatik med fokus på MS-baserad proteomik.

Din roll

Vi söker en bioinformatiker som ska analysera komplexa proteomikdata och utveckla innovativa verktyg för databehandling, visualisering samt generering av databaser och prediktionsmodeller. Du kommer att bygga och underhålla reproducerbara analysflöden för högupplösta kemiska proteomikexperiment, tillämpa statistiska metoder och pathway-analyser, samt säkerställa att alla dataset följer FAIR-principerna. Rollen innefattar även att stödja användare av enheten för kemisk proteomik i alla datarelaterade aspekter samt bidra till multimodal dataintegration med hjälp av AI/ML-metoder. Tjänsten erbjuder möjlighet att påverka hur högdimensionella proteomikdata omvandlas till biologiska insikter.

Exempel på arbetsområden:

• Analys, visualisering och tolkning av komplexa kemiska proteomikdata, inklusive PISA, RedOX-proteomik, posttranslationella modifieringar (PTMs), HDX-MS och kvantitativ masspektrometri.
• Stöd till användare av enheten för kemisk proteomik i hantering och analys av proteomikdata.
• Utveckling av nya analysverktyg, pipelines och visualiseringsmetoder anpassade till kemisk proteomik.
• Tillämpning av robusta statistiska metoder för identifiering av hits, kvantifiering av proteiner och berikningsanalyser.
• Säkerställande av att dataset är välhanterade och följer FAIR-principerna.
• Bidrag till multimodal (multi-omics) dataintegration med hjälp av AI/ML-metoder.

Vem är du?

Kvalifikationskrav

• Masterexamen eller doktorsexamen inom bioinformatik, beräkningsbiologi, systembiologi, datavetenskap, biokemi med inriktning mot proteomik och masspektrometri, eller närliggande område.
• Goda kunskaper i Python och R för omics-databehandling, kvalitetskontroll, statistisk testning och visualisering.
• Gedigen grund i statistiska och kvantitativa metoder.
• God kommunikationsförmåga samt ett samarbetsinriktat och serviceorienterat arbetssätt.
• Mycket goda kunskaper i engelska, både muntligt och skriftligt.

Meriterande erfarenheter

• Erfarenhet av specialiserade verktyg för analys, statistisk testning och visualisering av MS-baserade proteomikdata.
• Kunskap om webbutveckling (t.ex. Django, RShiny).
• Fördjupad kunskap om MS-baserad proteomik, inklusive peptide-spectrum matching och FDR-beräkning.
• Erfarenhet av statistiska metoder för analys på protein- och peptidnivå, inklusive normalisering, hantering av saknade värden, differentialkvantifiering, klustring och korrelationer.
• Färdighet i tekniska verktyg för proteomik, inklusive utveckling och underhåll av pipelines för masspektrometri, samt databassökningsmotorer (MaxQuant, Proteome Discoverer, Peaks Studio, DIA-NN, HDX-Examiner) och analysprogram för MS RAW-data (Xcalibur, Freestyle).
• Kompetens inom pathway-analyser, berikning och nätverksanalys med verktyg som ReactomePA, clusterProfiler, Cytoscape samt databaser som Reactome, KEGG och GO.
• Erfarenhet av multimodal dataintegration: kombination av olika proteomikmodaliteter och kompletterande datatyper (t.ex. transkriptomik, bilddata).
• Kunskap om AlphaFold för strukturell proteinanalys/proteomik.
• Tillämpning av AI/ML för prediktion av genfunktion eller identifiering av funktionella samband från perturbationsdata.
• Kännedom om proteomikspecifika publika databaser (t.ex. PRIDE) och metadata-standarder för att säkerställa FAIR datahantering.

Vad erbjuder vi?

Karolinska Institutet är ett av världens ledande medicinska universitet. Vår vision är att utveckla kunskap om livet och främja bättre hälsa för alla. Vi bedriver framgångsrik medicinsk forskning och erbjuder Sveriges bredaste utbud av medicinska utbildningar. Som statligt universitet erbjuder vi förmåner såsom förlängd semester och generös tjänstepension. Medarbetare har även tillgång till vårt moderna gym utan kostnad samt ersättning för sjukvård.

Arbetsplatsen är belägen i Biomedicum på KI:s campus i Solna, där framstående forskargrupper och infrastruktur samlas, i nära anslutning till SciLifeLab. Arbetsmiljön är kreativ, internationell och inspirerande med bred kompetens och forskningsintresse.

Enheten för kemisk proteomik främjar personlig och professionell utveckling genom tillgång till kurser, workshops, konferenser och specialiserad utbildning. Vi värdesätter en flexibel och stödjande arbetskultur med fokus på samarbete, handledning och kollegialt lärande. Tjänsten är initialt tidsbegränsad till ett år, men förväntas annonseras för förlängning och tillsvidareanställning, där nuvarande innehavare uppmuntras att söka, förutsatt goda prestationer under det första året.

Placering: Biomedicum, Solna

Karolinska Institutet Research Infrastructure
SciLifeLab Chemical Proteomics
New Career Path for Research Infrastructure Specialists

Ansökan

Din ansökan bör helst vara på engelska, men det går även bra att ansöka på svenska. Ansökan ska innehålla ett personligt brev där du motiverar varför du är en stark kandidat för tjänsten. Det personliga brevet ska skrivas av dig själv och inte genereras av AI-verktyg.

Sista ansökningsdag är 2025-10-31.

Ansökan ska göras via rekryteringssystemet Varbi. 

Vill du göra skillnad – och bidra till en bättre hälsa för alla? Sök jobb hos oss