Forskningsinfrastrukturspecialist inom bioinformatik (masspektrometribaserad proteomik) - Under tillsättning eller tillsatt, ej sökbar

Vill du bidra till medicinsk forskning av toppkvalitet?

Beräkningsmetoder och artificiell intelligens (AI) som tillämpas på storskaliga molekylära data förändrar biologin – från molekylära strukturer och cellulära processer till människors hälsa och ekosystem. Som en del av SciLifeLab, en nationell forskningsinfrastruktur och forskningsmiljö som förenar avancerad teknologi inom livsvetenskaper med expertis inom dataanalys och AI, söker enheten för kemisk proteomik vid institutionen för medicinsk biokemi och biofysik en forskningsinfrastrukturspecialist inom bioinformatik med inriktning mot masspektrometribaserad proteomik.

Din roll

Vi söker en bioinformatiker med uppdrag att analysera komplexa proteomikdata samt utveckla innovativa verktyg för databehandling, visualisering, databasutveckling och prediktiva modeller. Du kommer att bygga och underhålla reproducerbara analysflöden för höggenomströmningsdata från kemisk proteomik, tillämpa statistiska metoder och väganalys, samt säkerställa att all data hanteras enligt FAIR-principerna. Rollen innefattar även stöd till användare av enheten för kemisk proteomik i alla datarelaterade aspekter samt bidrag till multimodal dataintegration med hjälp av AI/ML-metoder. Tjänsten erbjuder en möjlighet att påverka hur högdimensionella proteomikdata omvandlas till biologiska insikter.

Du kommer bland annat att:

• Analysera, visualisera och tolka komplexa dataset från kemisk proteomik, inklusive PISA, RedOX-proteomik, posttranslationella modifieringar (PTMs), HDX-MS och kvantitativ masspektrometri.
• Ge stöd till användare av enheten för kemisk proteomik i alla delar av datahantering och analys.
• Utveckla nya analysverktyg, pipelines och visualiseringsmetoder anpassade till kemisk proteomik.
• Tillämpa robusta statistiska metoder för hit-identifiering, kvantifiering av proteiner och berikningsanalyser.
• Säkerställa att dataset är välorganiserade och följer FAIR-principerna.
• Bidra till integration av multimodala (multi-omics) data med hjälp av AI/ML-metoder.

Behörighetskrav

• Doktorsexamen inom bioinformatik, beräkningsbiologi, systembiologi, datavetenskap, biokemi med inriktning mot proteomik och masspektrometri, eller annat relevant område.
• Dokumenterad metodologisk och forskningsmässig kompetens.
• Goda kunskaper i Python och R för omics-datahantering, kvalitetskontroll, statistisk analys och visualisering.
• Gedigen grund i statistiska och kvantitativa metoder.
• God kommunikationsförmåga samt en samarbetsinriktad och serviceorienterad inställning.
• Mycket goda kunskaper i engelska, både muntligt och skriftligt.

För anställning som forskningsinfrastrukturspecialist vid Karolinska Institutet tillämpas de behörighetskrav som anges i Riktlinjer för andra anställningar än läraranställningar vid Karolinska Institutet i förhållande till fastställd anställningsprofil.

Behörig att anställas som forskningsinfrastrukturspecialist är den som har uppvisat vetenskaplig skicklighet och avlagt doktorsexamen eller har utländsk examen som bedöms motsvara svensk doktorsexamen. Den sökande ska även ha uppvisat teknisk och metodologisk skicklighet.

Bedömningsgrunder

Erfarenhet eller kompetens inom följande områden är meriterande:

• Användning av specialiserade verktyg för analys, statistisk testning och visualisering av MS-baserade proteomikdata.
• Kunskap om webbutveckling (t.ex. Django, RShiny).
• Specialiserad kunskap inom MS-baserad proteomik, inklusive peptide-spectrum matching, FDR-beräkning m.m.
• Statistiska metoder för analys på protein- och peptidnivå, inklusive normalisering, hantering av saknade värden, differentialkvantifiering, klustring och korrelationsanalys.
• Erfarenhet av tekniska verktyg för proteomik, inklusive utveckling och underhåll av pipelines för masspektrometri, samt databassökningsmotorer (MaxQuant, Proteome Discoverer, Peaks Studio, DIA-NN, HDX-Examiner) och MS RAW-dataanalysprogram (Xcalibur, Freestyle).
• Kompetens inom proteincentrerad väg- och nätverksanalys med verktyg som ReactomePA, clusterProfiler, Cytoscape samt databaser som Reactome, KEGG och GO.
• Erfarenhet av multimodal dataintegration: kombination av olika proteomikmodaliteter och kompletterande datatyper (t.ex. transkriptomik, proteomik, bilddata).
• Kunskap om AlphaFold för strukturell proteinanalys/proteomik.
• Tillämpning av AI/ML för prediktion av genfunktion eller identifiering av funktionella samband från perturbationsdata.
• Kännedom om proteomikspecifika publika databaser (t.ex. PRIDE) och metadata-standarder för att säkerställa FAIR datahantering.

Det är utifrån en sammantagen helhetsbedömning av de sökandes meriter och skicklighet som Karolinska Institutet bedömer vilken av de sökande som har de bästa förutsättningarna att bidra till en positiv utveckling av verksamheten.

Vad erbjuder vi?

Karolinska Institutet är ett av världens ledande medicinska universitet. Vår vision är att utveckla kunskap om livet och främja bättre hälsa för alla. Vi bedriver framgångsrik medicinsk forskning och erbjuder Sveriges bredaste utbud av medicinska utbildningar. Som statligt universitet erbjuder vi förmåner såsom förlängd semester och generös tjänstepension. Medarbetare har även tillgång till ett modernt gym utan kostnad samt ersättning för sjukvård.

Arbetsplatsen är belägen i Biomedicum på KI:s campus i Solna, där framstående forskargrupper och infrastruktur samlas, i nära anslutning till SciLifeLab. Arbetsmiljön är kreativ, internationell och inspirerande med bred kompetens och stort engagemang.

Enheten för kemisk proteomik främjar personlig och professionell utveckling genom tillgång till kurser, workshops, konferenser och specialiserad utbildning. Vi värdesätter en flexibel och stödjande arbetskultur med fokus på samarbete, handledning och kollegialt lärande. Tjänsten är initialt tidsbegränsad till ett år, men förväntas annonseras för förlängning och tillsvidareanställning, där nuvarande innehavare uppmuntras att söka vid god prestation.

Placering: Biomedicum, Solna

Ansökan

Vi ser gärna att din ansökan är skriven på engelska, men det går också bra att ansöka på svenska. Ansökan ska innehålla följande handlingar: Bevis om doktorsexamen, CV, personligt brev där du motiverar varför du är en stark kandidat för tjänsten samt meriter som presenteras i enlighet med Karolinska Institutets meritportfölj för forskningsinfrastrukturspecialist/senior forskningsinfrastrukturspecialist. Det personliga brevet ska skrivas av dig själv och inte genereras av AI-verktyg.

Sista ansökningsdag är 2025-10-31.

Ansökan ska göras via rekryteringssystemet Varbi.

Vill du göra skillnad – och bidra till en bättre hälsa för alla? Sök jobb hos oss