Research Engineer in Bioinformatics (CRISPR Functional Genomics) - Under tillsättning eller tillsatt, ej sökbar

Vill du bidra till medicinsk forskning av toppkvalitet?

Beräkningsmetoder och AI som tillämpas på storskaliga molekylära data förändrar biologin – från molekylära strukturer och cellulära processer till människors hälsa och ekosystem. Som en del av SciLifeLab, en unik nationell infrastruktur och forskningsmiljö som kombinerar avancerad livsvetenskaplig teknologi med expertis inom data och AI, söker CRISPR Functional Genomics-enheten vid Karolinska Institutet nu en forskningsingenjör inom bioinformatik.

Din roll

Du kommer att bygga och underhålla reproducerbara analysflöden för djupgående analys av storskaliga CRISPR-genpåverkansdata. Du kommer att stödja CFG och dess användare i dataanalys, hantering och leverans. Du får möjlighet att bidra till integrering av multimodala data och därmed påverka hur högdimensionella omics-data omvandlas till användbara biologiska insikter. Tillsammans med CFG:s laboratoriebaserade forskare och vårt användarnätverk kommer du att vara med och driva en ny era av kvantitativ och prediktiv biologi.

Arbetsuppgifter:

• Analys, visualisering och tolkning av NGS-baserade genpåverkansdata med befintliga och nya metoder
• Stöd till CFG:s användare i alla aspekter av dataanalys och datahantering
• Tillämpning och utveckling av robusta statistiska metoder för identifiering av hits och tolkning av data
• Hantering av dataset enligt FAIR-principer och för AI/ML-baserad upptäckt
• Bidra till integrering av multimodala data

Vem är du?

• MSc eller PhD inom beräkningsbiologi, bioinformatik, systembiologi eller närliggande område
• Goda programmeringskunskaper (Python, R, Bash eller liknande) för omics-databehandling, kvalitetskontroll, statistisk testning och visualisering
• Erfarenhet av arbete i Unix/Linux-miljö
• Förståelse för statistiska och kvantitativa metoder
• God kommunikationsförmåga och en samarbetsinriktad, serviceorienterad inställning
• Flytande engelska i tal och skrift

Meriterande erfarenheter

Erfarenhet eller expertis inom något av följande områden är meriterande:

• NGS och omics-dataanalys: Bearbetning och visualisering av storskaliga sekvenseringsdata (FASTQ/BAM, kvalitetskontroll, variantidentifiering)
• CRISPR/mutagenes-screening: Analys av storskaliga screeningdata, inklusive UMI-hantering och hit identifiering (t.ex. MAGeCK, Bagel)
• Pathway- och Gene-set analys: Gene-set berikning och pathway-analys med fgsea, clusterProfiler, Enrichr, ReactomePA samt databaser som KEGG, Reactome och GO
• Utveckling av analysflöden: Utveckling och underhåll av reproducerbara pipelines (Snakemake, Nextflow) med versionshantering och containerisering (Docker/Singularity)
• FAIR & metadatahantering: Kunskap om publika databaser, metadata-standarder och hur man säkerställer att dataset är FAIR och AI-redo

Vad erbjuder vi?

Karolinska Institutet är ett av världens ledande medicinska universitet. CFG är en del av institutionen för medicinsk biokemi och biofysik och erbjuder en samarbetsinriktad, dynamisk och vänlig arbetsmiljö i en av Europas mest moderna forskningsbyggnader. Du får möjlighet att arbeta med varierande projekt inom molekylär cellbiologi – från grundforskning till molekylär medicin – och stödja forskningsstudier inom cancer, neurodegenerativa sjukdomar, infektionssjukdomar och modellorganismer.

CFG främjar personlig och professionell utveckling genom tillgång till kurser, workshops, konferenser och specialiserad utbildning inom beräkningsbiologi, funktionell genomik och datavetenskap. Vi värdesätter en flexibel och stödjande arbetskultur med fokus på samarbete, mentorskap och kollegialt lärande. Tjänsten är initialt tidsbegränsad till ett år, men förväntas annonseras som en tillsvidareanställning, där nuvarande innehavare uppmuntras att söka igen vid god prestation under det första året.

Placering: Biomedicum, Solna

Karolinska Institutet Research Infrastructure
SciLifeLab CRISPR Functional Genomics
New Career Path for Research Infrastructure Specialists

Ansökan

Din ansökan bör helst vara på engelska, men det går även bra att ansöka på svenska. Den ska innehålla ett personligt brev där du beskriver varför du är en stark kandidat för tjänsten. Det personliga brevet ska skrivas av dig själv och inte genereras av AI-verktyg.

Sista ansökningsdag är 2025-10-31. Ansökan ska skickas in via rekryteringssystemet Varbi.

Vill du göra skillnad – och bidra till en bättre hälsa för alla? Sök jobb hos oss