Forskningsinfrastrukturspecialist i Computational Biology/Bioinformatik (CRISPR Functional Genomics) - Under tillsättning eller tillsatt, ej sökbar

Vill du bidra till medicinsk forskning av toppkvalitet?

Beräkningsmetoder och AI som tillämpas på storskaliga molekylära data håller på att förändra biologin – från molekylära strukturer och cellulära processer till människors hälsa och ekosystem. Som en del av SciLifeLab, en unik nationell infrastruktur och forskningsgemenskap som kombinerar avancerad livsvetenskaplig teknologi med expertis inom data och AI, söker CRISPR Functional Genomics-enheten vid Karolinska Institutet nu en forskningsinfrastrukturspecialist inom beräkningsbiologi och/eller bioinformatik.

Din roll

Du kommer att bygga och underhålla reproducerbara analysflöden för djupgående analys av storskaliga CRISPR-baserade genpåverkansdata. Du kommer att stödja CFG och dess användare i dataanalys, hantering och leverans. Du får möjlighet att bidra till integrering av multimodala data och därmed påverka hur högdimensionella omics-data omvandlas till användbara biologiska insikter. Tillsammans med CFG:s laboratoriebaserade forskare och vår användargemenskap kommer du att vara med och driva en ny era av kvantitativ och prediktiv biologi.

Mer specifikt kommer du att arbeta inom följande områden:

• Analys, visualisering och tolkning av NGS-baserade genpåverkansdata med befintliga och nya metoder
• Stöd till CFG:s användare i alla aspekter av dataanalys och datahantering
• Tillämpning och utveckling av robusta statistiska metoder för identifiering av hits och tolkning av data
• Hantering av dataset i enlighet med FAIR-principerna samt för AI/ML-baserad upptäckt
• Bidra till integrering av multimodala data

Behörighetskrav

• Doktorsexamen i beräkningsbiologi, bioinformatik, systembiologi eller närliggande område
• Dokumenterad metodologisk och forskningsmässig expertis
• Gedigna programmeringskunskaper (Python, R, Bash eller liknande) för omics-databearbetning, kvalitetskontroll, statistisk testning och visualisering för att stödja biologiska upptäckter
• God vana att arbeta i Unix/Linux-miljöer
• Stabil grund inom statistiska och kvantitativa metoder
• God kommunikationsförmåga och ett samarbetsinriktat, serviceorienterat arbetssätt
• Flytande engelska i tal och skrift

För anställning som forskningsinfrastrukturspecialist vid Karolinska Institutet tillämpas de behörighetskrav som anges i Riktlinjer för andra anställningar än läraranställningar vid Karolinska Institutet i förhållande till fastställd anställningsprofil.

Behörig att anställas som forskningsinfrastrukturspecialist är den som har uppvisat vetenskaplig skicklighet och avlagt doktorsexamen eller har utländsk examen som bedöms motsvara svensk doktorsexamen. Den sökande ska även ha uppvisat teknisk och metodologisk skicklighet.

Bedömningsgrunder

Meriterande erfarenhet eller expertis inom följande områden:

• NGS- och omics-dataanalys: Bearbetning och visualisering av storskaliga sekvenseringsdata (FASTQ/BAM, kvalitetskontroll, variantidentifiering)
• Single-cell och spatiala omics-arbetsflöden
• CRISPR-/mutagenes-screeninganalys: Analys av storskaliga screeningsdata, inklusive hantering av UMI och identifiering av hits (t.ex. MAGeCK, Bagel)
• Pathway- och Gene-set analys: Gene-set berikning och pathway-analys med fgsea, clusterProfiler, Enrichr, ReactomePA samt databaser som KEGG, Reactome och GO
• Utveckling av analysflöden: Utveckling och underhåll av reproducerbara pipelines (Snakemake, Nextflow) med versionshantering och containerisering (Docker/Singularity)
• Integrering av multimodala data: Kombination av CRISPR- eller mutagenesdata med kompletterande datatyper (transkriptomik, proteomik, bilddata)
• AI/ML-applikationer: Tillämpning av maskininlärning eller AI för att förutsäga genfunktion eller upptäcka funktionella samband från påverkansdata
• FAIR- och metadatahantering: Kunskap om publika databaser, metadata-standarder och hur man säkerställer att dataset är FAIR och redo för AI-användning

Det är utifrån en sammantagen helhetsbedömning av de sökandes meriter och skicklighet som Karolinska Institutet bedömer vilken av de sökande som har de bästa förutsättningarna att bidra till en positiv utveckling av verksamheten.

Vad erbjuder vi?

Karolinska Institutet är ett av världens ledande medicinska universitet. Som en del av Institutionen för medicinsk biokemi och biofysik erbjuder CFG en samarbetsinriktad, dynamisk och vänlig arbetsmiljö i en av Europas mest moderna forskningsbyggnader. Du får möjlighet att arbeta med varierande projekt inom molekylär cellbiologi – från grundforskning till molekylär medicin – och stödja forskningsstudier med stor genomslagskraft inom cancer, neurodegenerativa sjukdomar, infektionssjukdomar och modellorganismer.

CFG uppmuntrar personlig och professionell utveckling genom tillgång till kurser, workshops, konferenser och specialiserad utbildning inom beräkningsbiologi, funktionell genomik och datavetenskap. Vi främjar en flexibel och stödjande arbetskultur med fokus på samarbete, handledning och kollegialt lärande. Tjänsten är initialt tidsbegränsad till ett år, men förväntas annonseras som en tillsvidareanställning. Den som innehar tjänsten kommer att uppmuntras att söka den permanenta rollen, förutsatt goda prestationer under det första året.

Placering: Biomedicum, Solna

Karolinska Institutet Research Infrastructure
SciLifeLab CRISPR Functional Genomics
New Career Path for Research Infrastructure Specialists

Ansökan

Din ansökan bör helst vara på engelska, men det går även bra att ansöka på svenska. Den ska vara skriven i enlighet med Karolinska Institutets meritportfölj för forskningsinfrastrukturspecialist/senior forskningsinfrastrukturspecialist. Ansökan ska även inkludera ett personligt brev där du beskriver varför du är en stark kandidat för tjänsten. Det personliga brevet ska skrivas av dig själv och inte genereras av AI-verktyg.

Välkommen med din ansökan senast 2025-10-31.

Ansökan ska göras via rekryteringssystemet Varbi.

Vill du göra skillnad – och bidra till en bättre hälsa för alla? Sök jobb hos oss