Postdoktor i multi-omics

Karolinska Institutet, Institutionen för Onkologi-Patologi, Lehtiös forskargrupp

Vid Institutionen för Onkologi-Patologi bedrivs grundläggande, translationell och klinisk forskning samt utbildningsverksamhet relaterad till cancer. Cirka 300 personer från över 40 olika nationer arbetar för närvarande vid institutionen. Omkring 30 forskargrupper med olika cancerforskningsprofiler är involverade, och vi har cirka 110 doktorander. Institutionen ansvarar för grundutbildningskurser i patologi, onkologi och rättsmedicin för läkarstudenter, samt för tumörbiologikurser för biomedicinstudenter och patologikurser för optiker.

Vill du bidra till att förbättra människors hälsa?

Tjänsten är placerad i forskargruppen för cancerproteomik och masspektrometri, ledd av professor Janne Lehtiö vid Science for Life Laboratory (SciLifeLab). Karolinska Institutet är ett av de fyra grundande universiteten för SciLifeLab, som idag är en nationell infrastruktur och ett forskningscentrum för teknikdriven livsvetenskap. Lehtiös grupp är en translationell forskargrupp med målet att förbättra analysen av det mänskliga proteomet genom att utveckla nya metoder som kan tillämpas för att förbättra individanpassad cancerbehandling.

För närvarande söker vi att förstärka vår forskargrupp med en enastående bioinformatiker med dokumenterad expertis inom tolkning och integrering av cancer-omik data, samt att skapa värde både inom forskning och i translationella sammanhang. Anställningen är en tillsvidareanställning med sex månaders provanställning. Vi erbjuder ett mycket stimulerande och varierat arbete i ett team av mycket motiverade medarbetare med expertis inom banbrytande teknik.

Din roll

Vi söker en mycket motiverad bioinformatiker med stark bakgrund inom multi-omik data analys till vår forskargrupp med fokus på cancerbiologi.
Denna roll erbjuder möjlighet att bidra till banbrytande forskning inom tumör genomik, transkriptomik och proteomik, med målet att avslöja nya biologiska insikter och stödja utvecklingen av nästa generations cancerterapier.

Den framgångsrika kandidaten kommer att leda utvecklingen och underhållet av robusta beräkningspipelines för integrering av högkapacitets-sekvenseringsdata, inklusive de novo-transkriptommontering och prediktion av öppna läsramar (ORF). En central del av arbetet är att översätta transkriptom data till skräddarsydda protein databaser för att stödja masspektrometribaserad proteomik, vilket möjliggör upptäckt av tumörspecifika antigener.

Tjänsten passar en forskare som trivs i en samarbetsinriktad, tvärvetenskaplig miljö och som brinner för att tillämpa beräkningsmetoder på komplexa biologiska frågeställningar. Rollen innefattar även utveckling av verktyg och resurser för att stödja klinisk översättning av forskningsresultat, särskilt inom riktade immunterapier.

Arbetsuppgifter:

• Leda utvecklingen av proteogenomik genom implementering av nya algoritmer och beräkningsinfrastruktur.
• Designa, underhålla och förbättra bioinformatiska pipelines för multi-omik, med fokus på transkriptom rekonstruktion från sekvenseringsdata och efterföljande översättning av predikterade ORF:er till skräddarsydda proteinsekvensdatabaser.
• Utveckla och underhålla pipelines för proteomik analys som möjliggör upptäckt av nya tumör associerade proteiner.
• Det övergripande målet är att möjliggöra utforskning av det "mörka proteomet" – oklassificerade eller icke-kanoniska proteinprodukter som kan ha stor betydelse för förståelsen av tumörbiologi och identifiering av nya terapeutiska mål.
• Utveckla verktyg som stödjer kliniska initiativ inom tillämpningar av genomik och proteomik.
• Integrera sekvenseringsdata från externa och offentliga resurser för att förbättra kliniska forskningsresultat.
• Handleda postdoktorer, doktorander och teknisk personal inom bioinformatik och proteogenomik.
• Ansöka om extern finansiering – både nationellt och internationellt.
• Aktivt delta i akademiska, industriella och vård relaterade samarbeten som involverar omik baserade metoder för att förbättra cancerbehandling.

Vem är du?

För att anställas som postdoktor krävs avlagd doktorsexamen eller en utländsk examen som bedöms motsvara en svensk doktorsexamen. Detta behörighetskrav ska vara uppfyllt senast vid tidpunkten då anställningsbeslutet fattas. Det är meriterande om du har avlagt din doktorsexamen inom de tre senaste åren, om det finns särskilda skäl kan din examen ha avlagts tidigare.

Kvalifikationer

• Doktorsexamen i bioinformatik, datavetenskap, biologi, medicin eller matematisk statistik.
• Erfarenhet av cancerforskning och analys av storskaliga multi-omik data relaterade till cancer.
• Dokumenterad erfarenhet av utveckling av bioinformatiska verktyg och mjukvarupaket.
• Djupgående kunskap i bearbetning av NGS-data från helgenomsekvensering och RNA-sekvensering; kunskap inom single-cell RNA-seq och spatial transkriptomik är meriterande.
• Kunskap inom masspektrometri-baserad proteomik samt analys och tolkning av proteogenomik data.
• Bekantskap med immunterapi koncept och målinriktning av neo antigener.
• Gedigen erfarenhet av bash-skriptning och arbete i HPC Linux/Unix-miljö.
• God programmeringsvana (helst i Python, SQL, Groovy, R, HTML, JavaScript och Bash).
• God kunskap om cancer-biologi och translationell cancerforskning.
• Erfarenhet av tvärvetenskapligt samarbete och att tillhandahålla bioinformatik stöd.
• Erfarenhet av implementerings forskning.
• Dokumenterad akademisk meritlista, inklusive publikationer i högt rankade och ofta citerade tidskrifter.
• Goda kunskaper i engelska, både muntligt och skriftligt.

Ytterligare meriter

• Expertis inom webb programmering och utveckling av webb applikationer.
• Expertis i hantering av stora datamängder genom design av strukturerade databaser (PostgreSQL, MySQL).
• Kunskap inom maskininlärning, särskilt djupinlärning, för analys av proteomik data och klassificering av cancerprofiler.

Eftersom tjänsten innebär nära samarbete med flera forskare läggs stor vikt vid personliga egenskaper såsom:

• Mycket god samarbetsförmåga
• Utmärkta kommunikations- och analytiska färdigheter

Bedömningsgrunder

Vid bedömning av kandidater kommer lämplighet för tjänsten, erfarenhet av ovan nämnda metoder samt erfarenhet inom området att utgöra grunden för urvalet i denna rekrytering.

Vad erbjuder vi?

En kreativ, internationell inspirerande miljö fylld av kompetens och nyfikenhet. Karolinska Institutet är ett av världens ledande medicinska universitet. Här bedriver vi framgångsrik medicinsk forskning och har det största utbudet av medicinska utbildningar i Sverige. På KI får du träffa forskare med olika forskningsinriktningar som jobbar tillsammans. Det är det gränsöverskridande samarbetet som bidrar till KI:s världsledande position inom forskning. Flera av de personer du möter inom vården är utbildade på KI. En nära relationen till hälso- och sjukvården är viktig för att skapa utbildning och forskning av högsta kvalitet. Som universitet är Karolinska Institutet också en statlig myndighet. Det gör att du som anställd får goda förmåner genom vårt kollektivavtal.

Placering: Science For Life Laboratory, Solna

 Tio skäl att välja Karolinska Institutet
Lehtiö Lab

Ansökan

Ansökan ska bestå av följande handlingar, skrivna på engelska eller svenska:

• Bevis om doktorsexamen
• Ett komplett CV inkluderande disputationsdatum, avhandlingens titel, tidigare akademiska befattningar, akademisk titel, nuvarande befattning, akademiska utmärkelser samt kommittéarbete
• En komplett publikationslista
• En sammanfattning av nuvarande arbete (maximalt en sida)

Varmt välkommen med din ansökan senast den 17 augusti.

Ansökan ska göras via rekryteringssystemet Varbi.  

Anställningen är på 2 år med möjlighet till förlängning.

Vill du göra skillnad – och bidra till en bättre hälsa för alla? Sök jobb hos oss!