Postdoc in Single Cell Genomics, Jens Hjerling-Leffler group, Karolinska Institutet

Vill du bidra till medicinsk forskning av toppkvalitet?

Tjänsten är placerad inom avdelningen för molekylär neurobiologi i professor Jens Hjerling-Lefflers labb (https://ki.se/hjerling-leffler-group) vid institutionen för medicinsk biokemi och biofysik (MBB), Karolinska Institutet. 

Hjerling-Lefflers grupp strävar efter att förstå hur nervsystemets utveckling under tonåren, på en celltypspecifik nivå, påverkar etiologin för psykiatriska sjukdomar. Vi arbetar med flera olika metoder, inklusive analyser av postmortem-prover och musmodeller av genetisk risk för att förstå biologisk konvergens. Vi kombinerar också transkriptomiska data med storskalig humangenetik för att undersöka de cellulära konsekvenserna av polygen ärftlighet vid schizofreni (SCZ).

Vårt labb främjar en kreativ, vänlig och inkluderande arbetsmiljö med målet att alla labbmedlemmar ska svara på spännande vetenskapliga frågor samtidigt som de uppfyller sina personliga karriärambitioner. 

Din roll

Vi söker en skicklig bioinformatiker med erfarenhet av databehandling, analys och visualisering av nästa generations sekvenseringsdata (RNA-seq, ATAC-seq, encellsdata eller liknande). Den ideala kandidaten brinner för att besvara biologiska frågor relaterade till hur den genetiska risken för schizofreni påverkar olika celltyper och deras funktionella mognad. Den framgångsrika kandidaten kommer att leda projekt som involverar analyser av stora spatiala transkriptomik- och single-nuclei RNA-seq-datauppsättningar från musmodeller och mänskliga försökspersoner. Kandidaten kommer att ha ett nära samarbete med experimentella forskare och teknisk personal i teamet och med samarbetspartners i internationella konsortium. Han/hon kommer att ansvara för dataanalys, visualisering och utveckling av nya beräkningsmetoder för bearbetning och analysering av högdimensionella storskaliga omics-data

Vem är du?

För att anställas som postdoktor krävs avlagd doktorsexamen eller en utländsk examen som bedöms motsvara en svensk doktorsexamen. Detta behörighetskrav ska vara uppfyllt senast vid tidpunkten då anställningsbeslutet fattas. Det är meriterande om du har avlagt din doktorsexamen inom de tre senaste åren, om det finns särskilda skäl kan din examen ha avlagts tidigare.

Vi välkomnar ansökningar från kandidater med en bakgrund som enbart är inriktad på datanalys samt från dem som vill kombinera experimentella och teoretiska metoder. 

Kvalifikationer

• Doktorsexamen inom relevanta områden (bioinformatik, genetik, neurovetenskap, beräkningsbiologi, matematik och/eller statistik).
• Starka programmeringskunskaper i R och/eller Python  
• Stark förmåga att analysera högdimensionella data.
• Förmåga att presentera och analysera resultat muntligt och skriftligt
• Dokumenterade vetenskapliga publikationer inom relevanta områden
• Nyfikenhet på att lösa grundläggande biologiska frågor och entusiasm för att leda nya oberoende projekt.
• Förmåga att formalisera en biologisk fråga till en beräkningsmodell.
• Bra kunskaper i engelska, både i tal och skrift. 

Det är meriterande att den sökande har

• Tidigare erfarenhet av tvärvetenskapliga projekt som kombinerar beräkningsvetenskap och biologisk vetenskap.
• Kunskap om LINUX/UNIX kommandorad och terminal
• Stark förståelse för statistik och maskininlärning för högdimensionella data (starkt meriterande)
• Erfarenhet av att analysera rumsliga transkriptomikdata (t.ex. 10x Visium, bildbaserad) och NGS (10x plattform, Smart-Seq) eller andra metoder med hög genomströmning / dimensionalitet.
• Offentligt tillgänglig kod (t.ex. GitHub)

Vad erbjuder vi?

En kreativ, internationell inspirerande miljö fylld av kompetens och nyfikenhet. Karolinska Institutet är ett av världens ledande medicinska universitet. Här bedriver vi framgångsrik medicinsk forskning och har det största utbudet av medicinska utbildningar i Sverige. På KI får du träffa forskare med olika forskningsinriktningar som jobbar tillsammans. Det är det gränsöverskridande samarbetet som bidrar till KI:s världsledande position inom forskning. Flera av de personer du möter inom vården är utbildade på KI. En nära relationen till hälso- och sjukvården är viktig för att skapa utbildning och forskning av högsta kvalitet. Som universitet är Karolinska Institutet också en statlig myndighet. Det gör att du som anställd får goda förmåner genom vårt kollektivavtal.

Placering: Solna 

Ansökan

Ansökan ska bestå av följande handlingar, skrivna på engelska eller svenska:

• Bevis om doktorsexamen
• Ett komplett CV inkluderande disputationsdatum, avhandlingens titel, tidigare akademiska befattningar, akademisk titel, nuvarande befattning, akademiska utmärkelser samt kommittéarbete
• En komplett publikationslista
• En sammanfattning av nuvarande arbete (maximalt en sida)

Varmt välkommen med din ansökan senast den 2025-06-18

Ansökan ska göras via rekryteringssystemet Varbi.  

Vill du göra skillnad – och bidra till en bättre hälsa för alla? Sök jobb hos oss!