Postdoktor inom Bioinformatik för Proteomikstyrd Precisionsmedicin vid Lungcancer

Vill du bidra till medicinsk forskning av toppkvalitet?

Karolinska Institutet, Institutionen för Onkologi-Patologi, Orre/Lehtiö forskargrupp

Vill du bidra till utvecklingen av nästa generations precisionsmedicin inom lungcancer?

Lungcancer är ensam ansvarig för uppskattningsvis två miljoner dödsfall världen över varje år. Nya diagnostiska och terapeutiska strategier behövs desperat för att bekämpa denna sjukdom och lindra patienternas lidande. Precisionsmedicin avser anpassningen av medicinsk behandling till de individuella egenskaperna hos varje patient. Vi söker en passionerad postdoktor med inriktning bioinformatik som är intresserad av konceptet precisionsmedicin för att arbeta med olika typer av omikdata, med fokus på klinisk masspektrometri (MS)-baserad proteomikdata. Forskningen kommer att inkludera att definiera och förstå biologin bakom olika undergrupper av lungcancer, hur de relaterar till kliniska utfall och hur denna information kan användas för att vägleda terapival.

Positionen kommer att placeras i Lungcancerteamet under ledning av docent Lukas Orre. Teamet är inbäddat i den större forskargruppen Cancer Proteomics Mass Spectrometry ledd av professor Janne Lehtiö och belägen vid Science for Life Laboratory (SciLifeLab). Det övergripande målet för denna forskargrupp är att generera och undersöka multi-omik tumördata i en translationell miljö för att förbättra cancerbehandling. Gruppmedlemmarna kommer från olika discipliner och arbetar som ett team för att studera gener och proteiner i biologiska nätverk. Den genererade kunskapen används för att förbättra vår förståelse av hur molekylära förändringar i en tumör påverkar proteomet och för att upptäcka nya sjukdomsbiomarkörer för förutsägelse av terapirespons.

SciLifeLab är en nationell infrastruktur och forskningscenter inom teknik- och datadriven life science och Karolinska Institutet är ett av de fyra grundande universiteten av SciLifeLab. Vi erbjuder ett mycket stimulerande och varierat arbete i ett team av högmotiverade medarbetare med expertis inom banbrytande teknik nära associerad med den stora datadrivna life science gemenskapen.

Din roll

Vi söker en mycket motiverad postdoktor inom bioinformatik, intresserad av analys av kliniska cancer omikdata med tonvikt på masspektrometri (MS)-baserad proteomik. Postdoktorsanställniningen kräver gedigen expertis inom analys av genomik-, transkriptomik- och proteomikdata, kommunikationsfärdigheter och viljan att arbeta i en teammiljö. Den postdoktorala forskningen erbjuder stora möjligheter för innovativ forskning som kombinerar proteomik, genomik och kliniska data, tillsammans med en dedikerad grupp forskare.

Postdoktor anställningen kommer att inkludera integrativ och translationell analys av flera nivåer av omikdata från lungcancer kohorter. Fokus kommer att ligga på att tillämpa och utveckla bioinformatik metoder för att besvara biologiskt och kliniskt relevanta forskningsfrågor samt att validera och utvidga resultaten med hjälp av data från offentliga domäner. Detta inkluderar både att tillämpa etablerade dataanalysmetoder samt att undersöka nya strategier och lösningar för analys av kvantitativa biologiska data. Vidare innebär arbetet användning av maskininlärningsbaserade metoder för utveckling av molekylära klassificerare för stratifiering av cancer i olika behandlingsgrupper för att stödja kliniskt beslutsfattande inom onkologi.

Vem är du?

För att anställas som postdoktor krävs avlagd doktorsexamen eller en utländsk examen som bedöms motsvara en svensk doktorsexamen. Detta behörighetskrav ska vara uppfyllt senast vid tidpunkten då anställningsbeslutet fattas. Det är meriterande om du har avlagt din doktorsexamen inom de tre senaste åren, om det finns särskilda skäl kan din examen ha avlagts tidigare.

Kvalifikationer

• Doktorsexamen i biologi, medicin, bioinformatik, datavetenskap, matematisk statistik eller annat relevant område.
• Dokumenterad tidigare erfarenhet som postdoktor.
• Dokumenterad erfarenhet av bioinformatik tillämpad på högdimensionella och/eller höggenomströmningsdata, inklusive NGS och MS-baserad proteomik.
• Arbetslivserfarenhet inom systembiologi/systemmedicin, storskalig dataanalys, integration och visualisering.
• Programmeringserfarenhet i R och/eller Python.
• Kunskap i statistiska metoder.
• Förståelse för cell- och molekylära våtlaboratoriemetoder.
• Förmåga att tolka omikdata i ett biologiskt sammanhang.
• Utmärkta kommunikationsfärdigheter.
• Flytande i engelska.

Ytterligare meriter

• Tidigare dokumenterad erfarenhet av omikdataanalys inklusive MS-baserad proteomik.
• Kunskap och arbetslivserfarenhet inom lungcancerbiologi och precisionsmedicin.
• Kunskap och arbetslivserfarenhet inom flernivå omikdataanalys av kliniska provkohorter.
• Kunskap och arbetslivserfarenhet inom maskininlärning och klassificeringsmetoder.
• Kunskap och arbetslivserfarenhet inom nätverksanalys.
• Kunskap om aktuell translationell cancerforskning.
• Stark publikationshistorik med betydande eget bidrag (t.ex. försteförfattarskap).
• Erfarenhet av att bygga och hantera interaktiva användarvänliga webbaserade visualiseringsverktyg.

Eftersom tjänsten innebär både självständigt arbete och nära samarbete med flera forskare, läggs stor vikt vid personliga färdigheter såsom:

• Stor vikt vid personliga färdigheter.
• Förmåga att arbeta självständigt.
• Mycket god samarbetsförmåga.
• Utmärkta kommunikations- och analytiska färdigheter.
• Nyfiken och ivrig att lösa biologiska frågor.

Vad erbjuder vi?

En kreativ, internationell inspirerande miljö fylld av kompetens och nyfikenhet. Karolinska Institutet är ett av världens ledande medicinska universitet. Här bedriver vi framgångsrik medicinsk forskning och har det största utbudet av medicinska utbildningar i Sverige. På KI får du träffa forskare med olika forskningsinriktningar som jobbar tillsammans. Det är det gränsöverskridande samarbetet som bidrar till KI:s världsledande position inom forskning. Flera av de personer du möter inom vården är utbildade på KI. En nära relationen till hälso- och sjukvården är viktig för att skapa utbildning och forskning av högsta kvalitet. Som universitet är Karolinska Institutet också en statlig myndighet. Det gör att du som anställd får goda förmåner genom vårt kollektivavtal.

Placering: Science For Life Laboratory, Solna

 Tio skäl att välja Karolinska Institutet
Lehtiö Lab

Ansökan

Ansökan ska bestå av följande handlingar, skrivna på engelska eller svenska:

• Bevis om doktorsexamen
• Ett komplett CV inkluderande disputationsdatum, avhandlingens titel, tidigare akademiska befattningar, akademisk titel, nuvarande befattning, akademiska utmärkelser samt kommittéarbete
• En komplett publikationslista
• En sammanfattning av nuvarande arbete (maximalt en sida)

Varmt välkommen med din ansökan senast den 25 April.

Ansökan ska göras via rekryteringssystemet Varbi.  

Anställningen är 2 år med möjlighet till förlängning.

Vill du göra skillnad – och bidra till en bättre hälsa för alla? Sök jobb hos oss!