Bioinformatiker för att förstå T-cellsdrivna sjukdomar i människans hud

Vill du bidra till medicinsk forskning av toppkvalitet?

Institutionen för medicin, Solna, är en av de största kliniska institutionerna vid Karolinska Institutet. Institutionen är uppdelad i avdelningar som i sin tur består av en eller flera forskargrupper. Verksamheten består av forskning, forskarutbildning och grundutbildning för blivande läkare och biomedicinare. Institutionen har tre profilområden: allergi, kardiovaskulär medicin och inflammatoriska sjukdomar.

Din roll

Vi söker en motiverad bioinformatiker som vill bidra till våra projekt kring T-cellsbiologi vid komplexa inflammatoriska hudsjukdomar. Den sökande kommer att:

• Planera, genomföra och tolka bioinformatiska analyser av single-cell och bulk RNA-sekvenseringsdata, inklusive T-cellsreceptor- och mRNA-data genererade med 10x Genomics-plattformen och Illumina-sekvensering.
• Analysera ytterligare dataset från laboratoriet, såsom spatial transkriptomik (Nanostring, Visium), vävnadsproteomik och högdimensionella mikroskopidata.
• Noggrant dokumentera analysflöden och kommunicera resultaten effektivt inom forskargruppen samt med externa samarbetspartners.
• Delta i uppbyggnaden av en intern bioinformatikhubb tillsammans med andra forskargrupper inom forskningsområdet Inflammation vid CMM.
• Utveckla nya analysalgoritmer för att hantera komplexa, högdimensionella dataset.
• Delta i lokala samarbeten vid Karolinska Institutet samt med externa forskningspartners vid andra institutioner.

Bioinformatikern kommer att bidra till hypotesgenerering, experimentell design, dataanalys, vetenskapliga presentationer och manusförfattande. Tjänsten innebär en balans mellan självständigt arbete och god samarbetsförmåga. Den sökande förväntas delta aktivt i forskningsmöten, bidra till en levande och kollegial forskningsmiljö, samt ge handledning och stöd till andra medarbetare i laboratoriet. Eidsmo-laboratoriet erbjuder en stödjande miljö för karriärutveckling.

Vem är du?

Vi söker en mycket motiverad och ambitiös kandidat som uppfyller följande krav:

• En doktorsexamen i bioinformatik eller ett närliggande område (ska vara avslutad innan anställningens start).
• Stark teoretisk kunskap och praktisk erfarenhet av bioinformatik.
• Tidigare erfarenhet av bioinformatik-analys av data från T celler, immunceller och/eller stödjevävnad från människa.
• Mycket god kommunikationsförmåga, inklusive förmåga att förklara bioinformatiska begrepp och analysval för kollegor utan bioinformatikbakgrund.
• Ett samarbetsinriktat, proaktivt och problemlösande arbetssätt samt stor noggrannhet och vetenskaplig stringens.
• Flytande engelska i tal och skrift.
• Utmärkt förmåga att planera, följa och leverera data inom den tidsram som överenskommits.

Det är särskilt meriterande att den sökande har uppvisat:

• Tidigare erfarenhet av arbete med humant vävnadsmaterial, sekvensering baserad på 10x Genomics (inklusive feature barcoding) samt spatial transkriptomik.

Vad erbjuder vi?

En kreativ, internationell och inspirerande miljö fylld av kompetens och nyfikenhet. Karolinska Institutet är ett av världens ledande medicinska universitet. Vår vision är att driva utvecklingen av kunskap om livet och verka för en bättre hälsa för alla. Här bedriver vi framgångsrik medicinsk forskning och har det största utbudet av medicinska utbildningar i Sverige. Som universitet är Karolinska Institutet en statlig myndighet. Det gör att du får goda förmåner genom vårt kollektivavtal. Medarbetare på KI erbjuds också möjlighet till ett flexibelt arbetssätt. Det innebär att om den verksamhet du jobbar i tillåter, så kan du arbeta en del av din arbetstid på distans. Du får även träna fritt i våra moderna friskvårdsanläggningar där utbildad personal finns på plats.

Placering

Tjänsten är placerad vid Institutionen för medicin, Solna, på Centrum för molekylär medicin (CMM) – en nationellt ledande och internationellt erkänd forskningsmiljö med fokus på vävnadsinflammation. Tjänsten är förlagd till Eidsmo-laboratoriet, som tillhör avdelningen för dermatologi och venereologi. Avdelningen främjar aktivt tvärvetenskapligt samarbete mellan forskargrupper inom molekylär och cellulär immunologi, och innovativa angreppssätt inom både grundforskning och translationell forskning.

Eidsmo-laboratoriet studerar rollen av humana residenta T-celler vid kroniska inflammatoriska hudsjukdomar, med särskilt fokus på att förstå de immunologiska mekanismer som ligger bakom uppkomsten och underhåll av lokaliserat sjukdomsminne vid psoriasis och vitiligo. Vårt arbete syftar till att möta denna kliniska utmaning med hjälp av avancerade tekniker såsom flödescytometri av vävnadsderiverade celler, enkelcells- och spatial transkriptomik samt avancerade avbildningsmetoder.

--[Video om Karolinska Institutet, hur vi alla bidrar till en bättre hälsa för alla] ---

Ansökan

Ansökan ska göras via rekryteringssystemet Varbi. I denna rekrytering söker du med ditt CV utan personligt brev. I ansökningsformuläret kommer du istället att få svara på några frågor om varför du söker jobbet.

Vill du göra skillnad – och bidra till en bättre hälsa för alla? Sök jobb hos oss