Postdoktor i multimodal dataintegration av spatiala genomikdata och kliniska data vid bröstcancer

Vill du bidra till medicinsk forskning av toppkvalitet?

Spatialt upplöst genomik ger enastående insikter i vävnadsarkitektur, men dess fulla potential uppnås först när den kombineras med singelcellstranskriptomik, epigenomik och rika kliniska annotationer. Som postdoktor i Daublab vid Karolinska Institutet kommer du att leda avancerad multimodal bioinformatisk integration och analys, i nära samarbete med ett tvärvetenskapligt team av beräkningsbiologer och kliniker för att översätta komplexa data till nya upptäckter inom cancerbiologi.

Tjänsten erbjuder frihet att utveckla egna idéer, stöd av ett mångvetenskapligt team och möjligheten att omsätta beräkningsmässiga insikter i konkret klinisk nytta.

Du blir en viktig del av en internationell och exceptionellt spännande arbetsmiljö av högsta vetenskapliga kvalitet i världsledande forskargrupper i Sverige, samt i samarbete med grupper i Europa och Japan.

Din roll

För att förstå sjukdomar krävs att man sammanfogar många lager av biologisk och klinisk information. Genom att integrera multimodala data såsom genomik, bilddata, spatiala omics och patientjournaler kan vi fånga hela spektrumet av tumörheterogenitet, öka den diagnostiska precisionen och bana väg för nästa generations screeningstrategier.

Som postdoktor i vår grupp kommer du att leda integrationen av en omfattande portfölj av bröstcancerdataset, inklusive spatial transkriptomik och spatial epigenomik, singelcells-RNA-sekvensering och ATAC-sekvensering, högupplösta digitala vävnadsbilder, detaljerade kliniska annotationer och utfall samt helgenomsekvenseringsdata.

Många av dessa resurser härstammar från vårt eget laboratorium, men du kommer även att kurera kompletterande dataset från offentliga databaser för att säkerställa en omfattande och reproducerbar resurs för forskarsamhället.

Dina huvudsakliga ansvarsområden inkluderar:

• Dataharmonisering och kvalitetskontroll: alignera olika modaliteter, korrigera batch-effekter och bevara biologiskt meningsfulla signaler.
• Klinisk kontextualisering: fördjupa dig i bröstcancerpatologi och behandlingsvägar för att utvärdera hur integrerade data speglar verkliga sjukdomsfenotyper.
• Avancerad analys: tillämpa AI- och maskininlärningsmetoderna (t.ex. grafneuronnätverk, multimodala transformatorer) för att identifiera nya biomarkörer och skapa tolkbara visualiseringar.
• Samarbete och spridning: arbeta nära kliniker, biologer och beräkningsvetare; publicera resultat i högt rankade tidskrifter och presentera vid internationella konferenser.

Vem är du?

För att anställas som postdoktor krävs avlagd doktorsexamen eller en utländsk examen som bedöms motsvara en svensk doktorsexamen. Detta behörighetskrav ska vara uppfyllt senast vid tidpunkten då anställningsbeslutet fattas. Det är meriterande om du har avlagt din doktorsexamen inom de tre senaste åren, om det finns särskilda skäl kan din examen ha avlagts tidigare.

Den idealiska kandidaten har en doktorsexamen inom ett relevant område, såsom molekylärbiologi, bioinformatik, beräkningsbiologi eller datavetenskap, samt en stark publikationslista som visar på självständigt forskningsarbete.

Du har praktisk erfarenhet av att arbeta med multimodala biomedicinska data, inklusive singelcells- och spatiala omics, högupplöst vävnadsavbildning samt kliniska metadata, och du kan hantera dessa data med verktyg som Seurat, Scanpy eller QuPath. Goda kunskaper i Python eller R, tillsammans med erfarenhet av maskininlärningsramverk (t.ex. scikit-learn, PyTorch, TensorFlow), är avgörande för att utveckla och anpassa avancerade AI-modeller för integration av heterogena dataset.

Du har stark analytisk förmåga, kan utforma robusta beräkningsflöden, felsöka komplexa datafrågor och kritiskt utvärdera modellernas prestanda. Mycket god kommunikativ förmåga krävs för att förmedla resultat till både tekniska och kliniska målgrupper, skriva vetenskapliga artiklar och presentera på konferenser.

Samarbete är centralt: du trivs i tvärvetenskapliga team, handleder yngre kollegor och hanterar projektets tidsramar på ett effektivt sätt. Ett engagemang för reproducerbar, öppen vetenskap inklusive versionshantering, containerisering och etisk hantering av patientdata enligt GDPR förväntas.

Slutligen är entusiasm för att omsätta beräkningsmässiga insikter i kliniskt relevanta upptäckter, särskilt inom bröstcancerheterogenitet och diagnostik, en stark tillgång i linje med gruppens forskningsmål.

Vi lägger stor vikt vid personlig lämplighet.

Vad erbjuder vi?

En kreativ, internationell inspirerande miljö fylld av kompetens och nyfikenhet. Karolinska Institutet är ett av världens ledande medicinska universitet. Här bedriver vi framgångsrik medicinsk forskning och har det största utbudet av medicinska utbildningar i Sverige. På KI får du träffa forskare med olika forskningsinriktningar som jobbar tillsammans. Det är det gränsöverskridande samarbetet som bidrar till KI:s världsledande position inom forskning. Flera av de personer du möter inom vården är utbildade på KI. En nära relationen till hälso- och sjukvården är viktig för att skapa utbildning och forskning av högsta kvalitet. Som universitet är Karolinska Institutet också en statlig myndighet. Det gör att du som anställd får goda förmåner genom vårt kollektivavtal.

Placering: Flemingsberg

https://ki.se/forskning/forskningsomraden-centrum-och-natverk/forskargrupper/molekylar-grund-for-genreglering-av-sjukdomar-carsten-daubs-forskargrupp#tab-start

 Tio skäl att välja Karolinska Institutet

Ansökan

Ansökan ska bestå av följande handlingar, skrivna på engelska eller svenska:

• Bevis om doktorsexamen
• Ett komplett CV inkluderande disputationsdatum, avhandlingens titel, tidigare akademiska befattningar, akademisk titel, nuvarande befattning, akademiska utmärkelser samt kommittéarbete
• En komplett publikationslista
• En sammanfattning av nuvarande arbete (maximalt en sida)

Varmt välkommen med din ansökan senast den 2025-10-17

Ansökan ska göras via rekryteringssystemet Varbi.  

Vill du göra skillnad – och bidra till en bättre hälsa för alla? Sök jobb hos oss!