Forskningsspecialist i bioinformatik och artificiell intelligens

Vill du bidra till att förbättra människors hälsa?

Avdelningen för laboratoriemedicin är en av de största utbildnings- och forskningsnaven vid Karolinska Institutet och är välkänd för sin avancerade grundvetenskapliga, kliniska och epidemiologiska forskning. En tjänst som forskningsspecialist är nu tillgänglig vid Systems Virology Lab (SVL), vilket erbjuder en världsledande miljö i framkant av bioinformatik, AI-driven biomarkörupptäckt och grundläggande virusforskning. Vid SVL får du möjlighet att arbeta med banbrytande projekt som integrerar multi-omik, AI och systembiologi för att ta itu med komplexa biomedicinska utmaningar, inklusive patogenen hos framväxande och återkommande virus. Följ med oss för att främja vetenskapen och göra en verklig påverkan i en mycket samarbetsinriktad och innovativ miljö. Projektet är finansierat av Europeiska unionens pandemiberedskapsbidrag.

Din roll

Som forskningsspecialist, kommer du att spela en central roll i projektet och fokusera på bioinformatik och AI-baserade metoder för att förbättra vår förståelse av denguevirusets patogen.

Huvudsakliga arbetsuppgifter:

• Genomföra djupgående analyser av single-cell RNA-sekvensering (scRNA-seq) och multi-omik för att hitta molekylära vägar, biomarkörer och interaktioner mellan virus och värd som är viktiga för sjukdomens utveckling.
• Använda maskininlärning och systembiologi för att analysera komplexa datamängder och få nya insikter om immunsvaret och cellulära processer.
• Utforma och genomföra beräkningsarbetsflöden för att stödja projektmålen, och säkerställa hög vetenskaplig standard, inklusive AI-baserad bildanalys.
• Samarbeta och hålla kontakt med internationella forskarteam för att integrera data och resultat från olika delar av projektet.
• Hantera och dela stora mängder data enligt bästa metoder för att säkerställa dataintegritet och att resultaten kan återupprepas.
• Skriva artiklar, rapporter och presentationer för att dela resultat med forskarsamhället och finansiärer. Bidra till kunskapsspridning genom deltagande i internationella konferenser och workshops.
• Ge stöd och vägledning till juniora forskare, studenter samt samarbetspartners, och skapa en samarbetsinriktad och innovativ forskningsmiljö.

Behörighetskrav

Behörig att anställas som forskningsspecialist är den som har uppvisat vetenskaplig skicklighet och har avlagt doktorsexamen eller har utländsk examen som bedöms motsvara svensk doktorsexamen samt har dokumenterat forskningsarbete efter disputation.

För att vara behörig för anställning som forskningsspecialist, utöver att ha en doktorsexamen (PhD) eller motsvarande vetenskaplig kompetens, måste du som söker ha dokumenterad forskningskompetens och erfarenhet efter att ha försvarat din doktorsavhandling.

Du bör ha expertis inom scRNA-seq och dess bioinformatiska analys. Du ska ha beprövad erfarenhet av att analysera scRNA-seq-datamängder, inklusive kvalitetskontroll, normalisering, klustring och differentierad genuttryck. Du är skicklig i verktyg som Seurat, Scanpy eller liknande plattformar, och har starka programmeringskunskaper i R, Python eller motsvarande. Du har också erfarenhet av att integrera multi-omikdata och att tillämpa maskininlärning eller AI på scRNA-seq för biomarkörupptäckt eller cellulär fenotypkarakterisering, vilket är en stor fördel.

Du har en stark förståelse för systembiologiska metoder och goda kunskaper inom virologi eller immunologi, särskilt när det gäller värd-patogeninteraktioner eller immunsvarsstudier. Du har en solid publiceringsmerit i högt rankade tidskrifter och en god förmåga att arbeta i tvärvetenskapliga team, där du effektivt kopplar samman experimentell och beräkningsbaserad forskning för att ta dig an komplexa biologiska utmaningar.

Bedömningsgrunder

Det är särskilt meriterande att den sökande har uppvisat

• Beprövad expertis i att analysera scRNA-seq och multi-omikdata, inklusive integration och tolkning för biologiska insikter.
• Avancerade programmeringskunskaper i R, Python eller liknande språk, samt färdigheter i bioinformatiska verktyg och plattformar som Seurat, Scanpy eller motsvarande.
• Visad förmåga att tillämpa maskininlärning och artificiell intelligens på komplexa biologiska datamängder för biomarkörupptäckt och vägledningsanalys.
• En stark publiceringsmerit i högt rankade tidskrifter, som speglar innovativ forskning och bidrag till områdena virologi, immunologi eller systembiologi.
• Erfarenhet av att koordinera internationella samarbeten, inklusive effektiv kommunikation.

Det är meriterande att den sökande har uppvisat

• Kännedom om systembiologiska metoder för att modellera värd-patogeninteraktioner och immunsystemets dynamik.
• Tidigare erfarenhet av att vägleda yngre forskare, främja samarbete och bidra till teambaserade forskningsprojekt.
• Färdigheter i att hantera och organisera storskaliga multi-omikdatamängder, och följa bästa praxis för datadelning och reproducerbarhet.
• Deltagande i internationella forskarnätverk, konferenser eller samarbetsprojekt som visar på förmågan att arbeta i tvärvetenskapliga och gränsöverskridande sammanhang.

Efter en sammanvägd bedömning av expertis och meriter hos de sökande i relation till ämnesområdet, kommer Karolinska Institutet att avgöra vilken av dem som har störst potential att bidra till en positiv utveckling av verksamheten vid KI.

Vad erbjuder vi?

En kreativ och inspirerande miljö fylld av kompetens och nyfikenhet. Karolinska Institutet är ett av världens ledande medicinska universitet. Här bedriver vi framgångsrik medicinsk forskning och har det största utbudet av medicinska utbildningar i Sverige. På KI träffar du forskare med olika forskningsinriktningar som jobbar tillsammans. Det är det gränsöverskridande samarbetet som bidrar till KI:s världsledande position inom forskning. Flera av de personer du möter inom vården är utbildade på KI. En nära relationen till hälso- och sjukvården är viktig för att skapa utbildning och forskning av högsta kvalitet. Som universitet är Karolinska Institutet också en statlig myndighet. Det gör att du som anställd får goda förmåner genom vårt kollektivavtal.

Placering: Flemingsberg

Tio skäl att välja Karolinska Institutet

Ansökan

Vi ser gärna att din ansökan är skriven på engelska, men det går också bra att ansöka på svenska. Ansökan ska innehålla följande handlingar: Intyg om doktorsexamen, CV, meriter och beskrivning av planerad forskning som presenteras i enlighet med Karolinska Institutets meritportfölj.

Varmt välkommen med din ansökan!

Ansökan ska göras via rekryteringssystemet Varbi.

Vill du göra skillnad – och bidra till en bättre hälsa för alla? Sök jobb hos oss!