Forskningspersonal inom kardiovaskulära sjukdomar Bioinformatik

Vill du bidra till att förbättra människors hälsa?

Gå med i Dr. Björkegrens team av världsledande bioinformatiker som arbetar över hela världen, från Mount Sinai Hospital i New York till Karolinska Institutet i Sverige och Tartu Universitetssjukhus i Estland. Vår huvudkälla för systemgenetik-analyser är den kardiovaskulära sjukdomsstudien (CVD) STARNET (Stockholm-Tartu Atherosclerosis Reverse Network Engineering Task) - en högdimensionell, multi-vävnads genetisk databas över gen-/proteinuttryck med över 1500 patienter med och utan kardiovaskulära sjukdomar. Vi studerar nätverksbiologin inom och mellan organ till enskilda celler för att bättre förstå de komplexa orsakerna till kardiovaskulära sjukdomar.

Din roll

Du kommer att ha huvudansvaret för STARNET-data inom Björkegrens laboratorium vid Karolinska Institutet samt i samarbeten inom EU och andra internationella projekt. Du kommer inte att behöva utveckla nya bioinformatiska verktyg, istället använder vi etablerade algoritmer för tex. kvalitetskontroll, normalisering, korrelations- och differentiell uttrycksanalys, kvantitativa loci för protein- och geneQTLs), co-expression nätverksanalys som WGCNA, riktad nätverksanalys med probabilistiska och maskininlärningsmetoder (t.ex. GENIE3) samt andra djupa och maskininlärningsmetoder för datamining och statistisk mönsterigenkänning. Exempel på integrativa analyser, till exempel GWAS, inkluderar kolokalisation, mendelsk randomisering och transcriptome-wide analyser (TWAS såsom SMR, MetaXcan och Coloc). Andra roller kommer att omfatta dataskydd, delning och molnlagring med etablerade molnsystem som Amazon Cloud. Du förväntas också hjälpa till att utarbeta manuskript och ansökningar med fokus på datavisualisering och illustrationer.

Vem är du?

Vi söker en erfaren person med omfattande bioinformatisk kunskap inom området systemgenetik - som kan integrera DNA- och RNA-sekvensering med proteomik och klinisk information från en eller flera dataset (t.ex. GWAS). Sökanden bör ha gedigen erfarenhet av att arbeta i en Linux-miljö, samt besitta expertkunskaper i kodningsspråken Python och R. Erfarenhet av att arbeta med en datorserver är ett krav.

Kandidaten bör ha utbildning inom datavetenskap, bioinformatik eller beräkningsbiologi under sina doktorandstudier. Kandidaten ska behärska Python fullständigt (krav), inklusive Python Data Stack-verktyg som NumPy, SciPy, Pandas och scikit-learn, vara skicklig i R och ha gedigen erfarenhet av Unix/Linux och statistisk kunskap. Erfarenhet av arbete med högpresterande datorer är en fördel. Kandidaten bör ha erfarenhet av genomsökande NGS-dataanalys, särskilt av att arbeta med bulk-RNAseq, scRNAseq och scATACseq från FASTQ för att analysera data med 10x och andra format som SmartSeq2. Andra meriter inkluderar förmågan att formulera biologiska frågor i beräkningsmodeller för att driva projekt framåt och ge råd om experimentell design innan datagenerering. Kandidaten bör vara självmotiverad, ha god kommunikationsförmåga och ha dokumenterad förmåga att interagera effektivt och arbeta produktivt i ett tvärvetenskapligt team. Flytande engelska är ett krav.

Vad erbjuder vi?

En kreativ, internationell och inspirerande miljö fylld av kompetens och nyfikenhet. Karolinska Institutet är ett av världens ledande medicinska universitet. Vår vision är att driva utvecklingen av kunskap om livet och verka för en bättre hälsa för alla. Här bedriver vi framgångsrik medicinsk forskning och har det största utbudet av medicinska utbildningar i Sverige. Som universitet är Karolinska Institutet en statlig myndighet. Det gör att du får goda förmåner genom vårt kollektivavtal. Medarbetare på KI erbjuds också möjlighet till ett flexibelt arbetssätt. Det innebär att om den verksamhet du jobbar i tillåter, så kan du arbeta en del av din arbetstid på distans. Du får även träna fritt i våra moderna friskvårdsanläggningar där utbildad personal finns på plats.

Placering: Flemingsberg

Institutionen för Medicin MedH bedriver grund- och forskarutbildning samt forskning inom ett brett spektrum av medicinska områden, inklusive alla specialiteter inom internmedicin, infektionssjukdomar och dermatologi. Institutionen består av sju enheter med totalt nästan 60 forskargrupper. Vår ambition är att vara den ledande institutionen för medicinsk forskning och utbildning.

Tio skäl att välja Karolinska Institutet

Ansökan

Varmt välkommen med din ansökan senast den 3 oktober 2024.

Ansökan ska göras via rekryteringssystemet Varbi. I denna rekrytering söker du med ditt CV utan personligt brev. I ansökningsformuläret kommer du istället att få svara på några frågor om varför du söker jobbet.

Vid tillsvidareanställning tillämpar Karolinska Institutet 6 månaders provanställning.

Vill du göra skillnad – och bidra till en bättre hälsa för alla? Sök jobb hos oss