Bioinformatiker i immunologi

Vill du bidra till medicinsk forskning av toppkvalitet?

Institutionen för mikrobiologi, tumör- och cellbiologi (MTC) vid Karolinska Institutet bedriver forskning och undervisning inom immunologi, infektionsbiologi, cellbiologi och cancer. MTC har cirka 40 forskargrupper och våra nyckelord är multidisciplinära, överbryggande, nationella och internationella samarbeten.

Forskargrupp

En tjänst som bioinformatiker finns tillgänglig i laboratoriet för immunbristsjukdomar under ledning av Dr Lisa Westerberg (Lisa Westerberg Group). Westerberg lab ligger i den toppmoderna byggnaden Biomedicum med delad infrastruktur för avancerade teknologiplattformar och byggt för tvärvetenskapliga samarbeten. Pågående forskning är inriktad på att förstå de molekylära mekanismerna för utveckling av immunbristsjukdomar med hög förekomst av autoimmunitet och cancer.

Din roll

Som bioinformatiker kommer du att delta i flera forskningsprojekt för att undersöka förändringar i genuttryck, kromatinstruktur och DNA-skador med specifikt fokus på mutationer i aktinreglerande proteiner i patient- och experimentella prover. I arbetsuppgifterna ingår att analysera RNAseq och ChIP-Seq data från celler med olika mutationer såsom i aktinreglerande proteiner. Du kommer att integrera och analysera scRNAseq-data från patienter med immunbrist och lymfom. Vidare innebär rollen att samarbeta med andra forskare och doktorander i labbet om olika dataanalysprojekt, vilket bidrar till design och genomförande av bioinformatiska arbetsflöden, dataanalystekniker och projektutveckling.

Vem är du?

Vi välkomnar ansökningar från kandidater med doktorsexamen eller motsvarande examen inom bioinformatik, biovetenskap, datavetenskap eller andra liknande områden. Den ideala kandidaten förstår relevanta statistiska/beräkningsmetoder och har erfarenhet av high-throughput beräkning och datavisualisering och kan extrahera biologiskt relevanta data och hjälpa till att identifiera de molekylära mekanismerna. Kandidaten har ett stort intresse av att applicera datadriven forskning med experimentella metoder, är inriktad på problemlösning och kan arbeta i ett internationellt och mångsidigt forskarteam.

Utöver ovanstående krav för tjänsten:

• Erfarenhet av analys av nästa generations sekvenseringsdata, såsom RNA-seq, ChIP-seq eller ATAC-seq data, med dokumenterad publikation(er)
• Goda kunskaper i Linux-miljö med erfarenhet av skalskript och minst ett programmeringsspråk, såsom Python, Perl eller Java
• Expertis inom R och statistik
• En stark bakgrund inom molekylär- och cellbiologi samt immunologi
• Visad förmåga att tolka komplexa data och översätta dem till biologiskt relevanta fynd
• Utmärkt kommunikationsförmåga och motivation att arbeta tillsammans
• Förmåga att arbeta självständigt och leda flera projekt parallellt
• Kunskaper i engelska i tal och skrift

Meriterande för tjänsten:

• Erfarenhet av analys av encellsdata, såsom scRNA-seq, scATAC-seq och Cut&Tag
• Erfarenhet av dataintegration
• Erfarenhet av forskning inom bioinformatik och immunologi med dokumenterade publikationer
• Postdoktoral forskningserfarenhet
• Erfarenhet av att designa experiment med hög genomströmning, nukleinsyraextraktion och beredning av transkriptombibliotek för sekvensering
• Erfarenhet av att handleda studenter och förklara bioinformatiska verktyg och analyser för andra gruppmedlemmar
• Kännedom om verktyg för arbetsflöden och mjukvaruutveckling såsom GitHub

Vad erbjuder vi?

En kreativ, internationell och inspirerande miljö fylld av kompetens och nyfikenhet. Karolinska Institutet är ett av världens ledande medicinska universitet. Vår vision är att driva utvecklingen av kunskap om livet och verka för en bättre hälsa för alla. Här bedriver vi framgångsrik medicinsk forskning och har det största utbudet av medicinska utbildningar i Sverige. Som universitet är Karolinska Institutet en statlig myndighet. Det gör att du får goda förmåner genom vårt kollektivavtal. Medarbetare på KI erbjuds också möjlighet till ett flexibelt arbetssätt. Det innebär att om den verksamhet du jobbar i tillåter, så kan du arbeta en del av din arbetstid på distans. Du får även träna fritt i våra moderna friskvårdsanläggningar där utbildad personal finns på plats.

Placering: Solna

Tio skäl att välja Karolinska Institutet

Ansökan

Varmt välkommen med din ansökan senast den 16 september.

Ansökan ska göras via rekryteringssystemet Varbi. I denna rekrytering söker du med ditt CV utan personligt brev. I ansökningsformuläret kommer du istället att få svara på några frågor om varför du söker jobbet.

Vid tillsvidareanställning tillämpar Karolinska Institutet 6 månaders provanställning.

Vill du göra skillnad – och bidra till en bättre hälsa för alla? Sök jobb hos oss