Bioinformatiker - translationell leukemi/proteomik bioinformatik

Vill du bidra till medicinsk forskning av toppkvalitet?

Karolinska Institutet, Institutionen för onkologi-patologi, Lehtiö forskargrupp

Vid institutionen för onkologi-patologi bedrivs grundläggande, translationell och klinisk forskning och utbildningsverksamhet relaterad till cancer. Cirka 300 personer från över 40 länder arbetar för närvarande på avdelningen. Ett 30-tal forskargrupper med olika cancerforskningsprofiler är involverade och vi har cirka 110 doktorander. Institutionen för onkologi-patologi ansvarar för grundkurser i patologi, onkologi och rättsmedicin för läkarstudenter, samt för tumörbiologikurser för biomedicinstudenter och patologikurser för optiker.

Bioinformatikarbetet kommer att bedrivas i forskargruppen för cancerproteomik masspektrometri som leds av professor Janne Lehtiö vid Science for Life Laboratory (SciLifeLab). Karolinska Institutet är ett av de fyra grundande universiteten för SciLifeLab som idag är ett nationellt infrastruktur- och forskningscentrum inom teknologidriven biovetenskap. Lehtiö-gruppen är en translationell grupp av forskare med en drivkraft att förbättra mänskliga proteomanalyser genom att utveckla och använda nya proteomikmetoder som kan användas för att förbättra personlig cancerbehandling. Vi behöver nu stärka vår leukemiundergrupp med en bioinformatiker inom området multiomics dataanalys och cancerforskning. Vi erbjuder en mycket stimulerande och mångsidig arbetsmiljö i ett team av mycket motiverade cancerforskare.

Din roll

Vi söker en framstående kandidat med fokus på bioinformatik och erfarenhet av omics dataanalys. Tjänsten kräver gedigen expertis inom genomik, transkriptomik och/eller proteomik dataanalys och kommunikationsförmåga och vilja att arbeta i en teammiljö. Den nuvarande positionen erbjuder stora möjligheter för innovativ forskning som kombinerar proteomik och genomikdata, tillsammans med en dedikerad grupp forskare.

Bioinformatikern kommer att arbeta med integrativ och translationell analys av flera nivåer av omics-data som härrör från olika lymfoida maligniteter såsom AML och ALL-cellinjer samt kliniska prover i syfte att identifiera nya terapeutiska och resistensbiomarkörer. Fokus kommer att ligga på att utveckla och tillämpa 'omics'-metoder på biologiskt/kliniskt orienterade forskningsfrågor och att analysera inhämtad data samt att validera resultaten med hjälp av offentliga data. Detta inkluderar både att tillämpa etablerade dataanalyssteg samt att undersöka nya strategier och lösningar för analys av kvantitativa biologiska data.

Viktiga komponenter i arbetet är experimentell design, utveckling av proteomics/genomics/transcriptomics pipelines och statistiska analyser av kvantitativ data samt utveckling av mjukvara och verktyg för datavisualisering. Det förväntas att den sökande är väl förtrogen med mjukvara och programmeringsspråk relaterade till omics dataanalys. Kandidaten förväntas ta ett starkt ledarskap i att leda och driva projektet/projekten samt att skriva manuskript.

Arbetsuppgifter för tjänsten:

Driv och kör integrerade multiomics-dataanalysuppgifter inom gruppen.
Hantera multi-omics intern och extern data relaterad till forskningsprojekt (stor datalagring, säkerhet och åtkomst).
Hjälp till att uppfylla riktlinjerna för kontrollerad datahantering.
Hjälp med underhåll och hantering av bioinformatikresurser (server, HPC, molnlagring och mjukvara).
Hjälpa praktikanter, doktorander och teknisk personal med att köra bioinformatikverktyg och pipelines.
Delta i handledningar och workshops organiserade inom forskargruppen.
Sök extern finansiering – både nationellt och internationellt.
Delta aktivt i möten och diskussioner relaterade till laboratorieutveckling och förbättring.

Vem är du?

Kvalifikationer

Doktorsexamen i bioinformatik eller beräkningsbiologi.
Dokumenterad erfarenhet av bioinformatik, inklusive erfarenhet av NGS, MS-baserad proteomik, läkemedelskänslighet/resistensskärmar eller analys av data från andra genererande metoder med hög genomströmning/hög dimensionalitet.
Starka publikationer i välrenommerade tidskrifter med hög effektfaktor.
Arbetslivserfarenhet inom systembiologi/systemmedicin, storskalig dataanalys, integration och visualisering (t.ex. GATK, nf-core,... etc).
Dokumenterad programmeringserfarenhet inom: R/Python och Bash scripting.
Erfarenhet av hanteringssystem för arbetsflöde/pipelines samt pakethantering: Nextflow, Docker, Singularity och Conda.
Erfarenhet av att använda jobbschemaläggningssystem som Slurm eller PBS för att effektivt hantera beräkningsresurser och exekvera bioinformatiska arbetsflöden på högpresterande datorkluster.
Erfarenhet av att bygga datavisualisering och datanavigeringsportaler: Shiny eller Dash.
Kunskaper i statistiska metoder.
Förmåga att tolka omicsdata i ett biologiskt sammanhang.
Utmärkt kommunikationsförmåga
Behärskar engelska språket flytande.

Ytterligare meriter

Kunskap och arbetslivserfarenhet inom MS-baserad proteomik och proteogenomik är meriterande.
Kunskap och arbetslivserfarenhet av AML och ALL biologi är idealiskt.
Kunskaper om cancerbiologi och aktuell translationell cancerforskning
Kunskap/erfarenhet av läkemedelsupptäckt och utvecklingsmetoder
Erfarenhet av att bygga och hantera interaktiva användarvänliga webbaserade visualiseringsverktyg
Erfarenhet av att använda och arbeta i GitHub är meriterande

Då tjänsten innebär ett nära samspel med flera forskare läggs vikt vid personliga färdigheter som:

Mycket god samarbetsförmåga
Utmärkt kommunikationsförmåga och analytisk förmåga
Nyfiken och sugen på att lösa biologiska frågor
Kunna hjälpa till på begäran av små uppgifter i forskningsmiljöer.

Vad erbjuder vi?

En kreativ, internationell och inspirerande miljö fylld av kompetens och nyfikenhet. Karolinska Institutet är ett av världens ledande medicinska universitet. Vår vision är att driva utvecklingen av kunskap om livet och verka för en bättre hälsa för alla. Här bedriver vi framgångsrik medicinsk forskning och har det största utbudet av medicinska utbildningar i Sverige. Som universitet är Karolinska Institutet en statlig myndighet. Det gör att du får goda förmåner genom vårt kollektivavtal. Medarbetare på KI erbjuds också möjlighet till ett flexibelt arbetssätt. Det innebär att om den verksamhet du jobbar i tillåter, så kan du arbeta en del av din arbetstid på distans. Du får även träna fritt i våra moderna friskvårdsanläggningar där utbildad personal finns på plats.

Placering: Science for Life Labo ratory, Solna

Tio skäl att välja Karolinska Institutet

https://lehtiolab.github.io

Ansökan

Varmt välkommen med din ansökan senast den 5 mars .

Ansökan ska göras via rekryteringssystemet Varbi. I denna rekrytering söker du med ditt CV utan personligt brev. I ansökningsformuläret kommer du istället att få svara på några frågor om varför du söker jobbet.

Vid tillsvidareanställning tillämpar Karolinska Institutet 6 månaders provanställning.

Vill du göra skillnad – och bidra till en bättre hälsa för alla? Sök jobb hos oss