Post-doc i bioinformatik, med fokus på sub-fenotypning av obstruktiva lungsjukdomar inklusive post-COVID och KAL - Under tillsättning eller tillsatt, ej sökbar

Vill du bidra till medicinsk forskning av toppkvalitet?

Vi har en öppning för en postdoktoral forskare i bioinformatik i vårt multidisciplinära team. Vi använder oss av systems medicine arbetsflöden för att studera molekylära mekanismer för obstruktiva lungsjukdomar, med fokus på lång-COVID och KAL hos icke-rökare. Du kommer att ha en ledande roll i analys av både bulk- och scRNA-seq-data, miRNA-seq-data från partikelprover, multiomics-integration och nätverks-medicin.

Din roll

Du kommer du att ha en ledande roll i vår nyligen uppstartade studie som undersöker lungengagemang hos post-COVID-patienter. Som bioinformatics-lead kommer du att implementera kvalitetskontroll och analys-pipelines för olika typer av omics-data från kliniska prover från lungan, och assistera våtlabbs-orienterade postdoktorer och doktorander i bioinformatikanalys och datavisualisering i våra pågående forskningsprojekt inom molekylär karakterisering på mRNA-, miRNA-, proteom- och metabolomnivå från flera lung-compartments. Vår forskargrupp har ett långvarigt intresse för integrering av multimodal data. Denna del av arbetet är expanderbar, med stöd i att skriva egna anslag och utvecklas till en oberoende forskargruppsledare om den framgångsrika kandidaten är intresserad av denna typ av bärarväg.

Huvudfokus för tjänsten kommer att ligga på vår nyligen lanserade HemCOV-studie, där vi studerar kliniska och molekylära egenskaper hos post-COVID patienter med lungpåverkan. EN grundpelare i studien är vårt egenutvecklade eHealth-verktyg för hemövervakning, hemspirometri samt provtagning från lungan. Du kommer att vara en viktig del av kärnteamet i denna studie, och vara involverad från början. En stor del av våra forskningsinsatser ägnas också åt vår unika LUNAPRE-kohort (www.clinicaltrials.gov/ct2/show/NCT02923648), bestående av mycket-till-extremt prematurt födda individer med eller utan bronkopulmonell dysplasi (BPD) i den neonatala perioden, som har följts sedan födseln. De övergripande målen för projektet involverar molekylär subfenotypning och mekanistiska studier av obstruktiv lungsjukdom i denna heterogena, relativt obeforskade, och snabbt växande patientgrupp.

De specifika forskningsprojekten kan anpassas till erfarenhet och intresse inklusive RNA-seq, miRNA-seq och proteomkarakteriseringar av olika compartments, inklusive single cell- eller bulksorterade immunceller och extracellulära vesiklar från lungan, samt från cellodlingsmodellsystem. Studierna utförs i nära samarbete med läkare vid Karolinska Universitetssjukhuset. Du uppmuntras också att bedriva och utveckla din egna forskningslinje, inom ramen för gruppens forskningsintressen.

Vem är du?

Vi söker en mycket motiverad forskare med erfarenhet av att designa och utföra data management, kvalitetskontroll och analys-pipelines för bulk- och single cells-RNA-seq-data (specifikt på fjärrbaserade Linux-baserade kluster). Du har mycket god kompetens inom statistisk analys, komplex datavisualisering, och relevanta bioinformatiska verktyg. En Ph.D. inom en relevant disciplin (bioinformatik, biostatistik, systemmedicin eller omics-relaterat område med omfattande erfarenhet av dataanalys) är ett krav. Tidigare postdoktoral erfarenhet är meriterande, liksom erfarenhet av analys av longitudinella tidsserier och fluktuationsanalyser. Den framgångsrika kandidaten måste ha utmärkta kommunikationsförmåga på engelska. Visat utmärkt kommunikationsförmåga och förmåga att interagera socialt och vetenskapligt med post-docs och studenter i labbet, samt med samarbetspartners i olika nätverk är avgörande.

För att anställas som postdoktor krävs avlagd doktorsexamen eller en utländsk examen som bedöms motsvara doktorsexamen. Detta behörighetskrav ska vara uppfyllt senast vid tidpunkten då anställningsbeslutet fattas. Det är meriterande om du har avlagt din doktorsexamen inom de tre senaste åren, om det finns särskilda skäl kan din examen ha avlagts tidigare.

Vad erbjuder vi?

En kreativ, internationell inspirerande miljö fylld av kompetens och nyfikenhet. Karolinska Institutet är ett av världens ledande medicinska universitet. Här bedriver vi framgångsrik medicinsk forskning och har det största utbudet av medicinska utbildningar i Sverige. På KI får du träffa forskare med olika forskningsinriktningar som jobbar tillsammans. Det är det gränsöverskridande samarbetet som bidrar till KI:s världsledande position inom forskning. Flera av de personer du möter inom vården är utbildade på KI. En nära relationen till hälso- och sjukvården är viktig för att skapa utbildning och forskning av högsta kvalitet. Som universitet är Karolinska Institutet också en statlig myndighet. Det gör att du som anställd får goda förmåner genom vårt kollektivavtal.

Placering

Tjänsten är placerad inom Institutionen för medicin, Solna. Institutionen består av elva avdelningar och varje avdelning består av flertalet forskargrupper. Den aktuella tjänsten är placerad inom Pulmonomics-gruppen som är en multidisciplinär forskargrupp i BioClinicum. Som en del av avdelningen för luftvägsmedicin är vi en integrerad del av Centrum för molekylär medicin (CMM), Institutionen för medicin Solna samt Karolinska Universitetssjukhuset avdelning för allergi och lungmedicin. Våra forskningsintressen omfattar utveckling av ett system-medicinskt ramverk för molekylär undergruppering av kroniska inflammatoriska sjukdomar i lungan. Vår forskning fokuserar på translationella studier i patientkohorter, såväl som på innovation och metodutveckling inom områdena proteomik, miRNA analys, multivariat modellering och dataintegrering. Våra studier omfattar profilering på flera molekylära nivåer (mRNA, miRNA, proteom, metabolom och lipidmediatorer) från flera lung-compartments (luftvägsepitel, alveolära makrofager, extracellulära vesiclar och bronkoalveolära exsudat) med en rad omics-plattformar, i kombination med omfattande klinisk fenotypning. Styrkan med våra tillvägagångssätt är förmågan att integrera information från flera molekylära nivåer och anatomiska platser både för att förbättra den statistiska powern att upptäcka och definiera molekylärt distinkta undergrupper i små patientkohorter, och för att förbättra vår förståelse av sjukdomsmekanismer på systemnivå.

Läs mer på https://staff.ki.se/people/asa-wheelock eller www.pulmonomics.net

--[Video om Karolinska Institutet, hur vi alla bidrar till "en bättre hälsa för alla"] ---

Ansökan

Ansökan ska bestå av följande handlingar, skrivna på engelska eller svenska:

• En komplett CV inkluderande disputationsdatum, avhandlingens titel, tidigare akademiska befattningar, akademisk titel, nuvarande befattning, akademiska utmärkelser samt kommittéarbete
• En komplett publikationslista
• En sammanfattning av nuvarande arbete (maximalt en sida)

Ansökan ska göras via rekryteringssystemet Varbi.  

Vill du göra skillnad – och bidra till en bättre hälsa för alla? Sök jobb hos oss