Postdoktor i bioinformatik till Karolinska Institutet

Vill du bidra till medicinsk forskning av toppkvalitet?

Forskargruppen av professor Johan Hartman vid Onkologi-patologiska institutionen utför kliniska och translationella studier för bröstcancer, med särskilt fokus på precision medicin.
Syftet är att förutsäga de enskilda patienternas unika behandlingssvar, samt att förstå rollen av tumörheterogenitet och tumör-stromala interaktioner i bröstcancer sjukdomsprogression. Vi har en väletablerad forskningsplattform och organisation som använder en mångfald av histologiska, genomiska och transkriptomiska metoder i ett samlat försök att identifiera nyckelfaktorer som leder till läkemedelsresistens. Dessutom arbetar vår grupp i nära samarbete med världsledande AI-forskare inom området beräkningspatologi. Den framgångsrika kandidaten kommer att ha tillgång till våra unika datauppsättningar för cancerpatienter och förväntas prestera bröstcancerstudier på toppnivå tillsammans med våra samarbetspartners på både KI, KTH och SciLifeLaboratory.

Din roll

Vi söker en mycket motiverad postdoc med en stark bioinformatik bakgrund att vara med vårt tvärvetenskapliga team av kliniker, bioinformatiker, datavetare och biologer. Postdoc-kandidatens huvuduppgifter kommer att vara klinisk sekvenseringsdata (både DNA och RNA) hantering såsom anrop av somatisk mutation och ändring av kopienummer, genuttryck och molekylär subtypanalys, och så småningom multi-omics dataintegration inklusive patient tumöregenskaper. Du kommer att vara involverad i uppsättningen av olika pipelines för dataanalys, inklusive både genomiska och transkriptomiska data. Du kommer att ingå i ett team för att prestera avancerat analyser av data från banbrytande encells- och rumslig sekvenseringsplattformar.

Vem är du?

För att anställas som postdoktor krävs avlagd doktorsexamen eller en utländsk examen som bedöms motsvara doktorsexamen. Detta behörighetskrav ska vara uppfyllt senast vid tidpunkten då anställningsbeslutet fattas. Det är meriterande om du har avlagt din doktorsexamen inom de tre senaste åren, om det finns särskilda skäl kan din examen ha avlagts tidigare.

Nödvändiga krav:

En Ph.D. examen i bioinformatik, beräkningsbiologi, molekylärbiologi, dator vetenskap eller motsvarande kvantitativt område.
Kunskaper i ett skriptspråk som R/Python, samt förmågan att arbeta effektivt i en Linux kommandoradsmiljö.
Tidigare erfarenhet av DNA-sekvenseringsdata (WGS/WES) analys med stöd av publikationer/manuskript. Erfarenhet av andra sekvenseringsdata såsom RNA-seq och/eller bisulfitsekvensering är en styrka.
Grundläggande kunskaper om molekylär/tumörbiologi och/eller onkologi samt intresse för att lära dig mer.
Utmärkt interpersonell kommunikationsförmåga (skriftlig och muntlig engelska).
Du ska vara en person som föredrar att samarbeta och arbeta i en teammiljö.
God datahantering och dokumentationsförmåga.

Önskvärda kompetenser:

Erfarenhet av klinisk sekvenseringsdataanalys för patientkohortstudier och/eller multiomics analys av dataintegration.
Erfarenhet av onkologisk forskning och/eller biostatistik.
Erfarenhet av cancerrelaterade databaser, såsom TCGA, COSMIC, dbSNP, etc.

Vad erbjuder vi?

En kreativ, internationell inspirerande miljö fylld av kompetens och nyfikenhet. Karolinska Institutet är ett av världens ledande medicinska universitet. Här bedriver vi framgångsrik medicinsk forskning och har det största utbudet av medicinska utbildningar i Sverige. På KI får du träffa forskare med olika forskningsinriktningar som jobbar tillsammans. Det är det gränsöverskridande samarbetet som bidrar till KI:s världsledande position inom forskning. Flera av de personer du möter inom vården är utbildade på KI. En nära relationen till hälso- och sjukvården är viktig för att skapa utbildning och forskning av högsta kvalitet. Som universitet är Karolinska Institutet också en statlig myndighet. Det gör att du som anställd får goda förmåner genom vårt kollektivavtal.

Placering: Tjänsten är placerad inom Onkologi-Patologisk avdelning, främst på Cancer Centrum Karolinska (CCK) i Solna. Tjänsten är placerad inom forskargruppen av prof. Johan Hartman.

Tio skäl att välja Karolinska Institutet

Ansökan

Ansökan ska bestå av följande handlingar, skrivna på engelska eller svenska:

En komplett CV inkluderande disputationsdatum, avhandlingens titel, tidigare akademiska befattningar, akademisk titel, nuvarande befattning, akademiska utmärkelser samt kommittéarbete
En komplett publikationslista
En sammanfattning av nuvarande arbete (maximalt en sida)

Varmt välkommen med din ansökan senast den 4 september 2023.

Ansökan ska göras via rekryteringssystemet Varbi.

Anställningen är 2 år med möjlighet till förlängning, 1+1 år.

Vill du göra skillnad – och bidra till en bättre hälsa för alla? Sök jobb hos oss