Postdoktor i encellig canceromics bioinformatik till Karolinska Institutet

Vill du bidra till medicinsk forskning av toppkvalitet?

Vill du arbeta inom det spännande området encellig cancergenomik och bidra till att förbättra vår förståelse för hur tumörer utvecklas för att behandla dem mer effektivt?

En postdoc-tjänst inom encellig canceromik bioinformatik är omedelbart tillgänglig i Foukakis Lab vid Karolinska Universitetssjukhuset tillsammans med Bienko-Crosetto Lab vid Science for Life Laboratory.

Foukakis Lab vid Onkologi/Patologi avdelningen fokuserar på kliniska och translationella studier av bröstcancer. Syftet är att bättre förstå och förutsäga en enskild patients unika läkemedelskänslighet, förbättra bröstcanceröverlevnaden och undvika behandlingsrelaterad toxicitet. Tumörvävnad och flytande biopsier är tillgängliga från patienter inskrivna i flera akademiska prospektiva randomiserade prövningar, såväl som från retrospektiva patientkohorter. En translationell forskningsplattform har inrättats med hjälp av en mängd patologi och genomiska metoder i ett samlat försök att identifiera prognostiska och prediktiva biomarkörer. Gruppen har en betydande nationell och internationell närvaro och samarbeten.

Bienko-Crosetto Lab utvecklar och utnyttjar banbrytande genomisk teknik för att studera samspelet mellan 3D-genomarkitektur och genomstabilitet, med ett starkt fokus på att förstå hur somatiska kopietalsförändringar och strukturella varianter bildas och utvecklas i cancerceller och hur de bidrar till tumörprogression.

Som encellig canceromics bioinformatiker kommer du att leda analysen och tolkningen av scDNA-seq och single-cell multi-omic data som vi genererar från patientprover som samlats in inom ramen för stora multicenter kliniska prövningar och utveckla/tillämpa avancerade beräkningsmetoder för att modellera hur tumörer utvecklas under det kontinuerliga selektiva trycket av anti-cancerterapier.

Du kommer att arbeta i korsningen mellan kliniken och forskningslabbet där sekvenseringsdata genereras, inbäddad i en kulturellt mångfaldig och dynamisk forskningsmiljö där du kommer att arbeta tillsammans med kliniker och forskare från olika områden och bakgrunder.

Din roll

Dina huvudsakliga arbetsuppgifter kommer att vara:

Bearbeta encells helgenom och hela exomsekvenseringsdata för att generera kopietalsändringsprofiler (CNA) av enstaka tumörceller och detektera enstaka nukleotidvarianter (SNV)
Tillämpa fylogenetisk analys för att rekonstruera tumörutvecklingen med hjälp av data genererad av encellig DNA-sekvensering i tidsförlopp
Analysera scATAC/RNA-seq och rumsliga transkriptomiska data genererade genom encellssekvensering av tumörbiopsier
Integrering av encelliga och rumsliga omics-datauppsättningar med klinisk information för att förbättra patientstratifieringen och bättre förutsäga behandlingsresultat.

Vem är du?

För att anställas som postdoktor krävs avlagd doktorsexamen eller en utländsk examen som bedöms motsvara doktorsexamen. Detta behörighetskrav ska vara uppfyllt senast vid tidpunkten då anställningsbeslutet fattas. Det är meriterande om du har avlagt din doktorsexamen inom de tre senaste åren, om det finns särskilda skäl kan din examen ha avlagts tidigare.

Du har:

Doktorsexamen i beräkningsbiologi/genomik/bioinformatik eller motsvarande.
En beprövad erfarenhet av att analysera nästa generations sekvenseringsdata, helst WGS/WES-data från tumörprover
Tidigare arbete inom området tumörutveckling och/eller analys av encellssekvenseringsdata från tumörprover är en stor fördel.
Ett stort intresse för tumörbiologi och tillämpning av genomisk teknologi för att förbättra diagnostik, klassificering och hantering av cancerpatienter.
Minst två publikationer där den sökande spelat en ledande eller stor roll i analysen av sekvenseringsdata.
Förmåga att självständigt organisera din egen arbetsrutin och flexibelt anpassa ditt veckoschema till nya önskemål.
En problemlösande och framåtblickande personlighet, det vill säga att du är motiverad att lösa hinder som kan finnas på vägen till att nå ett mål, du tycker om att felsöka, du är inte rädd för att söka hjälp och du kan hitta lösningar även om detta innebär att man reviderar det ursprungliga målet/planen (att aldrig kompromissa med vetenskaplig stringens och kvalitet).
En stark samarbetsinställning, det vill säga att du är en stark lagspelare och vill bidra till hela lagets framgång.
Flytande i muntlig och skriftlig engelska.

Vad erbjuder vi?

En kreativ, internationell inspirerande miljö fylld av kompetens och nyfikenhet. Karolinska Institutet är ett av världens ledande medicinska universitet. Här bedriver vi framgångsrik medicinsk forskning och har det största utbudet av medicinska utbildningar i Sverige. På KI får du träffa forskare med olika forskningsinriktningar som jobbar tillsammans. Det är det gränsöverskridande samarbetet som bidrar till KI:s världsledande position inom forskning. Flera av de personer du möter inom vården är utbildade på KI. En nära relationen till hälso- och sjukvården är viktig för att skapa utbildning och forskning av högsta kvalitet. Som universitet är Karolinska Institutet också en statlig myndighet. Det gör att du som anställd får goda förmåner genom vårt kollektivavtal.

Placering: Solna, SciLifeLab

Tio skäl att välja Karolinska Institutet

Ansökan

Ansökan ska bestå av följande handlingar, skrivna på engelska eller svenska:

En komplett CV inkluderande disputationsdatum, avhandlingens titel, tidigare akademiska befattningar, akademisk titel, nuvarande befattning, akademiska utmärkelser samt kommittéarbete
En komplett publikationslista
En sammanfattning av nuvarande arbete (maximalt en sida)

Varmt välkommen med din ansökan senast den 21 juli 2023.

Ansökan ska göras via rekryteringssystemet Varbi.

Anställningen är 2 år med möjlighet till förlängning, 1+1 år.

Vill du göra skillnad – och bidra till en bättre hälsa för alla? Sök jobb hos oss