Postdoktor i Bioinformatik – Plasmaproteomik

Vill du bidra till medicinsk forskning av toppkvalitet?

Karolinska Institutet, Institutionen för onkologi-patologi, Lehtiö forskargrupp

Vid institutionen för onkologi-patologi bedrivs grundläggande, translationell och klinisk forskning och utbildningsverksamhet relaterad till cancer. Cirka 300 personer från över 40 länder arbetar för närvarande på avdelningen. Ett 30-tal forskargrupper med olika cancerforskningsprofiler är involverade och vi har cirka 110 doktorander. Institutionen för onkologi-patologi ansvarar för grundkurser i patologi, onkologi och rättsmedicin för läkarstudenter, samt för tumörbiologikurser för biomedicinstudenter och patologikurser för optiker.

Vill du bidra genom att koppla den senaste plasmaproteomforskningen till patientnytta?

Precisionsmedicin syftar på att skräddarsy medicinsk behandling efter varje patients individuella egenskaper. Vi söker en passionerad postdoc som är intresserad av begreppet precisionsmedicin med masspektrometribaserad proteomik. Arbetet kommer att sträcka sig från generation till analys av klinisk masspektrometribaserad proteomikdata, med syftet att förbättra upptäckten av plasmabiomarkörer och hur förändringar i plasmaproteomet relaterar till diagnos, kliniskt utfall och hur denna information kan användas för att vägleda terapibeslut. .

Tjänsten kommer att placeras i forskargruppen för cancerproteomik masspektrometri som leds av professor Janne Lehtiö vid Science for Life Laboratory (SciLifeLab). Lehtiö-gruppen är en translationell grupp som syftar till att förbättra cancerbehandlingen med hjälp av klinisk proteomik och proteogenomikanalys. Gruppmedlemmarna är från olika discipliner som arbetar som ett team för att studera gener och proteiner i samband med biologiska nätverk, förstå hur tumörmolekylära förändringar påverkar proteomet och upptäcka nya sjukdomsbiomarkörer som kan utnyttjas terapeutiskt. Forskare och ingenjörer i vår grupp arbetar nära tillsammans med en mängd olika teknologier för att generera ny kunskap om sjukdomens biologi och implementera verktyg för att stödja det kliniska beslutsfattandet i onkologisk miljö.

SciLifeLab är ett nationellt infrastruktur- och forskningscenter inom teknologidriven biovetenskap och Karolinska Institutet är ett av de fyra grundande universiteten för SciLifeLab. Vi erbjuder ett mycket stimulerande och mångsidigt arbete i ett team av mycket motiverade medarbetare med expertis inom spjutspetsteknik.

Din roll

Vi söker en mycket motiverad postdoc inom bioinformatik, intresserad av klinisk proteomik och proteogenomik dataanalys med tonvikt på masspektrometribaserad plasmaproteomik. Postdoc-tjänsten kräver gedigen kompetens inom statistik och proteomik dataanalys, kommunikationsförmåga och vilja att arbeta i en teammiljö. Den postdoktorala forskningen erbjuder stora möjligheter för innovativ forskning som kombinerar proteomik, genomik och klinisk data, tillsammans med en engagerad grupp forskare.

Postdoktor-utbildningen kommer att omfatta integrativ och translationell analys av flera nivåer av plasmaproteomikdata härledda från olika cancerkohorter. Fokus kommer att ligga på att tillämpa och utveckla bioinformatiska metoder för att besvara biologiskt och kliniskt relevanta forskningsfrågor samt att validera och utöka resultaten med hjälp av offentliga data. Detta inkluderar både att tillämpa etablerade dataanalysmetoder (dimensionalitetsreduktion, klustring, differentiellt uttryck etc.) samt att undersöka nya strategier och lösningar för analys av kvantitativa biologiska data för olika molekylära lager (t.ex. DNA, RNA och proteiner). Vidare involverar arbetet användning av maskininlärningsbaserade metoder för utveckling av molekylära klassificerare för stratifiering av cancer i olika behandlingsgrupper för att stödja kliniskt beslutsfattande i onkologisk miljö.

Vem är du?

För att anställas som postdoktor krävs avlagd doktorsexamen eller en utländsk examen som bedöms motsvara doktorsexamen. Detta behörighetskrav ska vara uppfyllt senast vid tidpunkten då anställningsbeslutet fattas. Det är meriterande om du har avlagt din doktorsexamen inom de tre senaste åren, om det finns särskilda skäl kan din examen ha avlagts tidigare.

Kvalifikationer

Doktorsexamen i bioinformatik, biologi, kemi, medicin eller annat relevant område.
Dokumenterad erfarenhet av bioinformatik tillämpad på högdimensionell och/eller högkapacitetsdata, till exempel WGS, NGS, MS-baserad proteomik.
Arbetslivserfarenhet av storskalig klinisk omics dataanalys, integration och visualisering.
Programmeringserfarenhet i R och/eller Python.
Kunskap och arbetslivserfarenhet inom statistiska metoder, maskininlärning, nätverksanalys och klassificeringsmetoder för kliniska kohorter.
Erfarenhet av plasmaproteomikdataanalys
Förståelse för experimentella cell- och molekylära våtlabbmetoder.
Förmåga att tolka omicsdata i ett kliniskt sammanhang.
Grundlig förståelse för medicinsk/translationell forskning
Utmärkt kommunikationsförmåga.
Behärskar engelska språket flytande.

Ytterligare meriter

Kunskap och arbetslivserfarenhet av glioblastom, melanom och/eller lungcancer.
Kunskaper om cancerbiologi och aktuell translationell cancerforskning.
Erfarenhet av medicinsk statistik.

Då tjänsten innebär ett nära samspel med flera forskare läggs vikt vid personliga färdigheter som:

Förmåga att arbeta självständigt.
Mycket god samarbetsförmåga.
Utmärkt kommunikationsförmåga och analytisk förmåga.
Nyfiken och sugen på att lösa biologiska frågor.

Vad erbjuder vi?

En kreativ, internationell inspirerande miljö fylld av kompetens och nyfikenhet. Karolinska Institutet är ett av världens ledande medicinska universitet. Här bedriver vi framgångsrik medicinsk forskning och har det största utbudet av medicinska utbildningar i Sverige. På KI får du träffa forskare med olika forskningsinriktningar som jobbar tillsammans. Det är det gränsöverskridande samarbetet som bidrar till KI:s världsledande position inom forskning. Flera av de personer du möter inom vården är utbildade på KI. En nära relationen till hälso- och sjukvården är viktig för att skapa utbildning och forskning av högsta kvalitet. Som universitet är Karolinska Institutet också en statlig myndighet. Det gör att du som anställd får goda förmåner genom vårt kollektivavtal.

Placering: Science for Life Laboratory i Solna

Tio skäl att välja Karolinska Institutet
https://lehtiolab.github.io/

Ansökan

Ansökan ska bestå av följande handlingar, skrivna på engelska eller svenska:

En komplett CV inkluderande disputationsdatum, avhandlingens titel, tidigare akademiska befattningar, akademisk titel, nuvarande befattning, akademiska utmärkelser samt kommittéarbete
En komplett publikationslista
En sammanfattning av nuvarande arbete (maximalt en sida)

Varmt välkommen med din ansökan senast den 21 juni 2023.

Ansökan ska göras via rekryteringssystemet Varbi.

Anställningen är på 2 år, med möjlighet till förlängning 1+1 år.

Vill du göra skillnad – och bidra till en bättre hälsa för alla? Sök jobb hos oss