Postdoc-tjänst vid Karolinska Institutet – Utveckling av nya tekniker för multiomanalys tillämpade på human T-cellsbiologi.

Vill du bidra till medicinsk forskning av toppkvalitet?

Björn Reinius’ labb vid institutionen för medicinsk biokemi och biofysik (MBB) på Biomedicum har en öppen postdoktoral forskartjänst. Postdoktorn kommer även att arbeta tillsammans med Marcus Buggerts labb vid institutionen för medicin Huddinge, Centrum för infektionsmedicin (CIM). Ditt projekt kommer att delas in i två huvudmål: (1) Utveckling av nya multiomiktekniker – ”Single-cell mulitomics” (Reinius lab), och (2) Undersöka human T-cellsklonalitet genom kombinera transkriptom och kromatin-profilering på unika prover från organdonatorkohorter (Buggert labb).

Vi söker en person med djupt intresse och färdigheter inom molekylärbiologi eller biokemi som vill jobba för att gränserna för metodik inom livsvetenskaperna, med det ambitionen att förbättra människors hälsa. Tjänsten finansieras av Karolinska Institutets forskningsinkubator (KIRI), som ger ett multidisciplinärt nätverk av postdoktorer och projekthandledare och en stor möjlighet till personlig och professionell utveckling.

Din roll

Integration av multimodala dataset från encells-genomik är ett växande område med enorm potential för att utöka vår förståelse av cellulära processer och tillstånd i hälsa och sjukdom. Nya experimentella metoder kan kombinera encellstranskriptomik och kromatintillgänglighetsavläsningar av samma celler (single-cell RNA/ATAC-seq), data som kan gen en direkt koppling mellan epigenetisk status och genuttryck. På grund av laborativt komplexa och krävande RNA/DNA-sekvenseringsbiblioteksmetodik är sådana tekniker fortfarande dock i stort sett otillgängliga för det bredare forskarsamhället. I detta projekt kommer du att utveckla nya tekniker för kombinerad single-cell RNA/ATAC-seq utfört i en och samma reaktion, vilket kommer att förenkla single-cell multiomik och göra tekniken brett tillgänglig för andra forskare. Detta kommer att vara möjligt på grund av nyliga genombrott inom bibliotekprepskemi i värdlaboratoriet i kombination med dina egna färdigheter. Vidare kommer du att använda dessa tekniker för att karakterisera klinalitet i promotor- och enhancer-strukturer i humana T-celler. Det postdoktorala projektet ger dig möjligheten att bedriva forskning inom både bioteknik och molekylär medicin.

Anställning

Du kommer att vara anställd i Reinius labb vid Institutionen för Medicinsk Biokemi (MBB) & Biofysik, Biomedicum, Karolinska Institutet (KI) Solna. Anställningen är till 100 % tillägnad forskning. Metodutveckling kommer att göras på MBB och arbete med mänskliga celler och vävnader kommer att utföras i Marcus Buggerts labb vid Institutionen för Medicin Huddinge, Centrum för infektionsmedicin (CIM). En direkt busslinje mellan de två campusen gör detta praktiska upplägget bekvämt (buss avsedd för KI-personal). Reinius och Buggerts labb är utrustade med all toppmodern utrustning som behövs för projektet, inklusive högkapacitets RNA/DNA-sekvenserare, avancerad robotik för automatiserad biblioteksberedning, CPU-server, cellsorterare, avancerade mikroskop, vävnads- och cellodlingslabb, etc. Tillgång till det fulla utbudet av ytterligare modern utrustning och faciliteter finns på Biomedicum och CIM. De två målen med projektet kommer att handledas av två seniora forskare (Reinius och Buggert) med kompletterande vetenskapliga profiler i de relevanta delarna av projektet, vilket ger en solid vetenskaplig miljö och en stor möjlighet till lärande. Besök några av deras senaste publikationer för att få inblick i något av deras arbete:

Larsson 2019, Nature Structural & Molecular Biology: https://www.nature.com/articles/s41594-019-0306-y

Sekine 2020, Cell: https://doi.org/10.1016/j.cell.2020.08.017

Smyrlaki 2020, Nature Communications: https://www.nature.com/articles/s41467-020-18611-5

Niessl 2021, Science Immunology: https://www.science.org/doi/10.1126/sciimmunol.abk0894

Lentini 2022, Nature Communications: https://www.nature.com/articles/s41467-022-29414-1

Gao 2022, Nature Medicine: https://www.nature.com/articles/s41591-022-01700-x

Kontakta Björn Reinius (bjorn.reinius@ki.se) om du har frågor.

Vem är du?

För att anställas som postdoktor krävs avlagd doktorsexamen eller en utländsk examen som bedöms motsvara doktorsexamen. Detta behörighetskrav ska vara uppfyllt senast vid tidpunkten då anställningsbeslutet fattas. Det är meriterande om du har avlagt din doktorsexamen inom de tre senaste åren, om det finns särskilda skäl kan din examen ha avlagts tidigare.

Erfarenhet av sekvenseringstekniker, DNA/RNA-seq-biblioteksberedning och beräkningsanalys av sekvenseringsdata kommer att betraktas som meriter. Sökande bör ha förstaförfattarpublikationer i erkända tidskrifter, och flytande engelska är ett krav (ansökan skrivs på engelska).

Det är särskilt meriterande att den sökande har:

Har utbildats i bioteknik, biomedicin eller biokemi under sina doktorandstudier

Har förstaförfattarpublikationer inom området/fälten

Haromfattande kunskap och erfarenhet av molekylärbiologiska metoder såsom PCR, sekvenseringsbiblioteksberedning, klonering

Har erfaren av RNA-arbete

Har statistisk kunskap

Talar flytande engelska

Det är meriterande att den sökande har:

Färdigheter inom cellodling och beredning av DNA/RNA-seq-bibliotek.

Har utbildats i bioteknik, biomedicin eller biokemi under kandidat-, master- eller ingenjörsstudier

Vad erbjuder vi?

En kreativ, internationell inspirerande miljö fylld av kompetens och nyfikenhet. Karolinska Institutet är ett av världens ledande medicinska universitet. Här bedriver vi framgångsrik medicinsk forskning och har det största utbudet av medicinska utbildningar i Sverige. På KI får du träffa forskare med olika forskningsinriktningar som jobbar tillsammans. Det är det gränsöverskridande samarbetet som bidrar till KI:s världsledande position inom forskning. Flera av de personer du möter inom vården är utbildade på KI. En nära relationen till hälso- och sjukvården är viktig för att skapa utbildning och forskning av högsta kvalitet. Som universitet är Karolinska Institutet också en statlig myndighet. Det gör att du som anställd får goda förmåner genom vårt kollektivavtal.

Placering: Karolinska Institutet, Biomedicum, Solna

www.reiniuslab.com

https://ki.se/en/medh/marcus-buggert-group-t-cell-immunity-to-viral-infections-and-cancer

Ansökan

Ansökan ska bestå av följande handlingar, skrivna på engelska:

En komplett CV inkluderande disputationsdatum, avhandlingens titel, tidigare akademiska befattningar, akademisk titel, nuvarande befattning, akademiska utmärkelser samt kommittéarbete En komplett publikationslista En sammanfattning av nuvarande arbete (maximalt en sida) Kontaktuppgift till 1-3 referenspersoner (tidigare kollegor, handledare eller liknande)

Varmt välkommen med din ansökan senast den 15 maj 2023.

Ansökan ska göras via rekryteringssystemet Varbi.

Vill du göra skillnad – och bidra till en bättre hälsa för alla? Sök jobb hos oss