Karolinska Institutet, Institutionen för mikrobiologi, tumör- och cellbiologi, Engstrand, CTMR

Vill du arbeta med storskaliga data och automation av dataanalyspipelines i nära samarbete med bioinformatiker och mikrobiomforskare?

Centrum för translationell mikrobiomforskning (CTMR) expanderar och etablerar nu ett team dedikerat till utveckling av mjukvara och systemstöd till vår forsknings-verksamhet. Vi söker därför en systemutvecklare/systemadministratör för att stärka upp vårt IT team. Tjänsten är en unik och spännande möjlighet för dig som vill jobba med att utveckla och implementera effektiv automatiserad infrastruktur i nära samarbete med avancerad forskning inom mikrobiomfältet. Det finns utrymme att utforma tjänsten utifrån dina kompetenser och intresseområden. Till exempel kan rollen kombineras med antingen front- eller backend-utveckling av CTMR:s system.

Vi erbjuder en omväxlande labbnära miljö där du arbetar i nära samarbete med både andra IT- och mjukvaruutvecklare samt de bioinformatiska forskare och labbpersonal som interagerar med systemen vi utvecklar. CTMR:s mål är att bidra till stor framtida samhällsnytta genom mikrobiomforskning och en robust och pålitlig IT-infrastruktur är en förutsättning för att hantera de datamängder som produceras, för att genom bioinformatisk och statistisk analys nå dit.

Om oss

CTMR startades i januari 2016 som ett samarbetsprojekt mellan Karolinska Institutet, Science for Life Laboratory (SciLifeLab) och Ferring Pharmaceuticals. Centret bygger på en djup förståelse för translationell mikrobiomforskning och har etablerat en bred bas med tekniska, biologiska, kliniska och epidemiologiska plattformar[SP1] [FB2] för att studera komplexa mikrobiella samhällen i väldefinierade humanmaterial. CTMR har som mål att bättre förstå hur mänskliga mikrobiomet bidrar till mänsklig fysiologi och patofysiologi med långsiktiga planer på att öppna upp möjligheter för utveckling av nya behandlingar inom områdena gastroenterologi, reproduktiv hälsa, neonatologi och cancer. CTMR arbetar även med pandemiforskning och sekvenserar SARS-CoV-2 genom för att bidra till förståelsen av virusets evolution.

Länk: https://ki.se/en/research/centre-for-translational-microbiome-research-ctmr

Vårt team består av ca 45 medarbetare med bred kompetens inom mikrobiologi, genomik, bioinformatik, och statistik. Vi har en teknisk infrastruktur som kontinuerligt utvecklas för att möta verksamhetens behov. Hos oss erbjuds du en spännande arbetsmiljö, med utmanande arbetsuppgifter och hög teamkänsla. Vi jobbar i nära samarbete med andra forskare, läkare, molekylärbiologer, tekniker, bioinformatiker, och statistiker, både på Karolinska Institutet, sjukhus, och andra universitet runt om i Sverige och världen.

Vi arbetar tillsammans för att uppnå teamets gemensamma mål: att med hjälp av robust automation av arbetsflöden för både labb och bioinformatik genomföra storskaliga forskningsprojekt för att bidra till ökad kunskap av mikrobiomets betydelse för mänsklig hälsa, och på det viset bidra till att förbättra människors liv.

Vi har egen serverhårdvara där vi driftsätter virtualiserade Linuxservrar med VMware vSphere. Våra produktionsmiljöer består uteslutande av Linuxsystem, men det förekommer att de system vi utvecklar behöver interagera med Windows/Mac-datorer, då oftast via API:er och/eller webb-interface. Det mesta av den kod vi själva utvecklar är öppen källkod (https://github.com/ctmrbio/).

Din roll

Vi söker dig med erfarenhet av mjukvaruutveckling och systemadministration i Linuxmiljö, för att bidra till utvecklingen och implementationen av den underliggande automations- och analysinfrastruktur som används för labb och bioinformatiskt arbete på CTMR.

Till rollen söker vi en ansvarskännande och driftig person som är positiv och flexibel. Arbetet ställer höga krav på noggrannhet, planeringsförmåga, servicevilja och ett strukturerat arbetssätt. Du arbetar med trygghet i en dynamisk miljö och har lätt att anpassa dig till omprioriteringar. Vi förväntar oss att du arbetar effektivt i grupp. I rollen kan ingå att;

  • Bidra till utvecklingen av de laboratorieinformationshanteringssystem (LIMS) som används för spårbarhet av labbprocesser, samt för hanteringen av den storskaliga DNA/RNA-sekvenseringsdata som produceras av CTMR
  • Bidra till att upprätthålla IT-systemens stabilitet över tid genom att upprätta goda underhållsrutiner, dokumentation, och säkerställa kunskapsöverföring inom gruppen
  • Bidra till att definiera och förstå verksamhetens behov med avseende på databassystem, användarinterface, server och annan hårdvaruinfrastruktur
  • Understödja robusta arbetsmetoder med avseende på informationssäkerhet, dataflöden, hantering av storskaliga data, och databasarkitekturer

Vem är du?

Vi söker dig som har en examen inom datavetenskaper från högskola eller universitet eller motsvarande kompetens. Vi vill betona att kunskap om mikrobiologi och bioinformatik inte behövs för denna roll, men att intresse och nyfikenhet för området naturligtvis är välkommet.

Krav för rollen:

  • Erfarenhet av systemadministration och mycket god kompetens inom Linux
  • Erfarenhet av programmering i Bash och Python
  • Goda kunskaper inom IT-infrastruktur i allmänhet och servrar och hårdvara i synnerhet
  • Erfarenhet av arbete med versionshanteringssystemet Git
  • Förståelse för IT-säkerhet
  • Goda kunskaper i det engelska språket, både i tal och skrift

Det är viktigt att du trivs med att arbeta i team både online och på plats i kontoret/labbet.

Meriterande:

Vi ser med fördel att du innehar några eller flera av följande erfarenheter, men det är inget krav:

  • Erfarenhet av att leverera strukturerad kod, sätta upp automatiserade tester samt kontinuerlig integrationstestning med tex Github actions eller liknande
  • Erfarenhet av tekniker för remote management av Linuxservrar
  • Erfarenhet av eller starkt intresse för arbete med virtuella maskiner
  • Erfarenhet av eller starkt intresse för arbete med Docker/Podman/Singularity
  • Erfarenhet av att upprätta kravspecifikationer för komplexa utvecklingsprojekt
  • Erfarenhet av databasteknologier (SQL)
  • Erfarenhet av arbete med storskaliga beräkningsresurser (HPC)

Stor vikt kommer läggas vid personlig lämplighet.

Vad erbjuder vi?

En kreativ och inspirerande miljö fylld av kompetens och nyfikenhet. Karolinska Institutet är ett av världens ledande medicinska universitet. Vår vision är att driva utvecklingen av kunskap om livet och verka för en bättre hälsa för alla. Här bedriver vi framgångsrik medicinsk forskning och har det största utbudet av medicinska utbildningar i Sverige. Som universitet är Karolinska Institutet även en statlig myndighet. Det innebär att du får goda förmåner genom vårt kollektivavtal, generös semester och en bra tjänstepension. Du får träna fritt i våra moderna friskvårdsanläggningar och får ersättning för läkarvård.

Placering: Solna

Ansökan

Tjänsten är en visstidsanställning på upp till max 24 månader.

Varmt välkommen med din ansökan senast 2021-02-28.

Ansökan ska göras via rekryteringssystemet Varbi.

Vill du göra skillnad – och bidra till en bättre hälsa för alla? Sök jobb hos oss

Anställningsform Visstidsanställning längre än 6 månader
Anställningens omfattning Heltid
Tillträde Enligt överenskommelse
Löneform Månadslön
Antal lediga befattningar 1
Sysselsättningsgrad 100 %
Ort Solna
Län Stockholms län
Land Sverige
Referensnummer STÖD 2-428/2021
Kontakt
  • Fredrik Boulund, fredrik.boulund@ki.se
Facklig företrädare
  • Henry Wölling, SEKO, henry.wolling@ki.se
  • Taher Darreh-Shori, SACO, taher.darreh-shori@ki.se
  • Carina Eklund, OFR, carina.eklund@ki.se
Publicerat 2021-01-28
Sista ansökningsdag 2021-03-28

Tillbaka till lediga jobb