Vill du bidra till att förbättra människors hälsa?

Centret för translationell mikrobiomforskning (en: CTMR) på Karolinska Insitutet erbjuder en inspirerande och kreativ arbetsmiljö fylld med kompetens och nyfikenhet. Som anställd erbjuds du flexibla arbetstider och frihet att arbeta på distans då arbetet tillåter

Din roll

Rollen som forskningsassistent kommer framförallt omfatta bioinformatisk hantering av storskalig DNA-sekvenseringsdata relaterade till det mänskliga mikrobiomet. Rollen omfattar såväl självständigt arbete som arbete i team.

I arbetsuppgifterna ingår att utveckla och kvalitetssäkra gamla och nya metoder för analyser på metagenom och 16S-data inom frågeställningar för gastrointestinal hälsa, reproduktiv/kvinnlig hälsa, samt frågor relaterade till antibiotikaresistens.

Arbetsuppgifterna inkluderar:

  • Metodutveckling samt pipelineframställning för resistensbestämning av metagenom.
  • Validering och vidareutveckling av pipelines för 16S analyser.
  • Workflowhantering i Snakemake och Nextflow.
  • Pakethantering med Conda, Docker samt Singularity.
  • Utvecklingsarbete med versionshanteringsverktyg såsom git
  • Dataanalys och produktion av publikationsfärdiga figurer

Vem är du?

Vi söker dig med intresse inom områdena mikrobiom, bioinformatik och medicin. För att kunna utföra dina arbetsuppgifter är bör du inneha följande erfarenhet:

  • Kan arbeta obehindrat i UNIX/Linux-miljöer.
  • Kan arbeta på clusterssystem med Slurm som schemaläggare.
  • Kan använda och skriva workflows i Snakemake och Nextflow.
  • Kan skapa portabla och reproducerbara workflows genom användning av pakethanteringsverktyg som Conda, Docker och Singularity.
  • Kan arbeta med versionshanteringsverktyget git.
  • Dokumenterade kunskaper inom programmering med Python.
  • Tidigare erfarenhet av bioinformatikshantering av mikrobiomdata.
  • Tidigare erfarenhet av databaser och analyseringsverktyg för resistensbestämning av metagenomikdata.

Som person är du positiv, ödmjuk och bra på att kommunicera och samarbeta. I rollen ser vi en person med stor integritet och som har ett lösningsorienterat fokus. Då du dagligen kommer att ställas inför frågor av skiftande karaktär krävs det att du är engagerad och flexibel. Då vi verkar i en internationell miljö är det av stor vikt att du har goda kunskaper i engelska, både i tal och skrift.

Vi kommer lägga stor vikt vid personlig lämplighet

Vad erbjuder vi?

En kreativ och inspirerande miljö fylld av kompetens och nyfikenhet. Karolinska Institutet är ett av världens ledande medicinska universitet. Vår vision är att driva utvecklingen av kunskap om livet och verka för en bättre hälsa för alla. Här bedriver vi framgångsrik medicinsk forskning och har det största utbudet av medicinska utbildningar i Sverige. Som universitet är Karolinska Institutet även en statlig myndighet. Det innebär att du får goda förmåner genom vårt kollektivavtal, generös semester och en bra tjänstepension. Du får träna fritt i våra moderna friskvårdsanläggningar och får ersättning för läkarvård.

Ansökan

Placering: Solna

Anställningsform: Visstidanställning 3 månader, med möjlighet till förlängning

Varmt välkommen med din ansökan senast den 2020-05-28

Ansökan ska göras via rekryteringssystemet Varbi. 

Vill du göra skillnad – och bidra till en bättre hälsa för alla? Sök jobb hos oss

Anställningsform Visstidsanställning 3-6 månader
Anställningen avslutas
Anställningens omfattning Heltid
Tillträde Enligt överenskommelse
Löneform Månadslön
Antal lediga befattningar 1
Sysselsättningsgrad 100 %
Ort Solna
Län Stockholms län
Land Sverige
Referensnummer 2-2228/2020
Kontakt
  • Fredrik Boulund, fredrik.boulund@ki.se
Facklig företrädare
  • Gunnel Brolin , OFR, gunnel.brolin@ki.se
  • Henry Wölling, SEKO, henry.wolling@ki.se
  • Biborka Bereczky Veres, SACO, biborka.bveress@ki.se
Publicerat 2020-05-15
Sista ansökningsdag 2020-05-28

Tillbaka till lediga jobb