Forskningsspecialist i mikrobiomforskning med fokus på biomarkörer och terapi

Vill du bidra till att förbättra människors hälsa?

Vi söker en forskningsspecialist till Enheten för Patologi i Professor Margaret Sällberg Chens forskargrupp vid Institutionen för Laboratoriemedicin. Du kommer att ingå i ett tvärvetenskapligt team bestående av kliniska och biomedicinska forskare. Vårt forskningsfokus är munnen och magens mikrofloras roll i humanhälsa och att utveckla nya verktyg som kan driva detta forskningsområde framåt. Du kommer att arbeta inom ett nätverk av erkända forskare och bidrar till translationell forskning i en mycket samarbetsinriktad miljö. Vår forskargrupp är lokaliserad i ANA Futura, en toppmodern anläggning med tillgång till avancerad infrastruktur för medicinsk forskning.

Ämnesbeskrivning

Tjänsten innebär att analysera munnens mikroflora och studera dess roll vid kroniska sjukdomar och cancer i gruppens aktuella forskningsprojekt. Särskilt fokus ligger på florans potential som biomarkör och för terapeutiska ändamål. Huvudarbetet sker inom pågående projekt och omfattar stöd i bioinformatiska analyser, samt provhantering och kvalitetsbedömning av mikrobiomrelaterat forskningsmaterial. Ytterligare arbetsuppgifter inkluderar att bistå doktorander och postdoktorer i mikrobiomanalyser, medverka vid manusförfattande, forskningsansökningar samt undervisa på grund- och avancerad nivå.

Din roll

Vi söker en erfaren forskare med gedigen bakgrund inom NGS-arbetsflöden och mikrobiomanalys av prover från munhåla och tarm. Tjänsten kräver både avancerad datorvetenskaplig kompetens och mycket god organisatorisk förmåga. Den framgångsrika kandidaten kommer att aktivt delta i forskningsprojekt, bidra till handledning av studenter och gruppmedlemmar. 

Du ska ha:

• Gedigna datorvetenskapliga kunskaper, inklusive erfarenhet av Python, maskininlärning och Linux-miljöer.

• Dokumenterad erfarenhet av bioinformatik, särskilt integrering av kliniska data och multi-omikdata

• Minst tre års postdoktoral forskningserfarenhet inom mikrobiomstudier, inklusive riktad (bakterie- och svampbaserad) och shotgun-metagenomisk sekvensering

• Praktisk erfarenhet av klinisk biobankning och hantering av mikrobiomprover från munhålan och avföringsmaterial.

• Goda kunskaper i extraktion och kvalitetskontroll av RNA/DNA

• En gedigen meritlista med vetenskapliga arbete, med aktuella publikationer inom området.

Behörighetskrav

För anställning som forskningsspecialist vid Karolinska Institutet tillämpas de behörighetskrav som anges i Riktlinjer för andra anställningar än läraranställningar vid Karolinska Institutet i förhållande till fastställd anställningsprofil.

Behörig att anställas som forskningsspecialist är den som har uppvisat vetenskaplig skicklighet och har avlagt doktorsexamen eller har utländsk examen som bedöms motsvara svensk doktorsexamen samt har dokumenterat forskningsarbete efter disputation.

• Dokumenterad kompetens inom arbetsflöden för mikrobiomforskning
• Färdighet i både riktad- och shotgun-baserad metagenomanalys av mikrobiom
• Goda kunskaper i Python, maskininlärning och arbete i Linux-miljöer
• Erfarenhet av rening och kvalitetsbedömning av RNA/DNA
• Mycket god förmåga att kommunicera i tal och skrift på engelska
• Förmåga att arbeta självständigt, strukturerat och i nära samarbete med andra
• Publicerat vetenskaplig arbete inom relevanta forskningsområden

Bedömningsgrunder

Det är särskilt meriterande att den sökande har uppvisat

• Erfarenhet av genomik och transkriptomik.
• Erfarenhet av att tillämpa maskininlärningsalgoritmer på mikrobiomdata
• Dokumenterad förmåga att integrera kliniska data med multi-omikdata
• Praktisk erfarenhet av biobankning och hantering av mikrobiomprover från mun och avföring
• Dokumenterad handledning av studenter, gärna inom Karolinska Institutets utbildningsprogram

Det är meriterande att den sökande har uppvisat

• Dokumenterad kompetens inom arbetsflöden för mikrobiomforskning
• Färdighet i såväl riktade som shotgun-baserade metagenomiska analyser av mikrobiom
• Goda kunskaper i Python, maskininlärning och Linux-miljöer
• Erfarenhet med rening och kvalitetskontroll av RNA/DNA
• Mycket god förmåga att uttrycka sig i tal och skrift på engelska
• Förmåga att arbeta både självständigt och strukturerat i samarbetsorienterade miljöer
• Vetenskapliga publikationer inom relevant forskningsområde

Det är utifrån en sammantagen helhetsbedömning av de sökandes meriter och skicklighet inkl. personliga egenskaper, som Karolinska Institutet bedömer vilken av de sökande som har de bästa förutsättningarna att bidra till en positiv utveckling av verksamheten.

Vad erbjuder vi?

En kreativ och inspirerande miljö fylld av kompetens och nyfikenhet. Karolinska Institutet är ett av världens ledande medicinska universitet. Här bedriver vi framgångsrik medicinsk forskning och har det största utbudet av medicinska utbildningar i Sverige. På KI träffar du forskare med olika forskningsinriktningar som jobbar tillsammans. Det är det gränsöverskridande samarbetet som bidrar till KI:s världsledande position inom forskning. Flera av de personer du möter inom vården är utbildade på KI. En nära relationen till hälso- och sjukvården är viktig för att skapa utbildning och forskning av högsta kvalitet. Som universitet är Karolinska Institutet också en statlig myndighet. Det gör att du som anställd får goda förmåner genom vårt kollektivavtal. 

Placering: Flemingsberg 

Margaret Sällberg Chens forskargrupp

Ansökan

Vi ser gärna att din ansökan är skriven på engelska, men det går också bra att ansöka på svenska. Ansökan ska innehålla följande handlingar: Intyg om doktorsexamen, CV, meriter och beskrivning av planerad forskning som presenteras i enlighet med Karolinska Institutets meritportfölj.

Varmt välkommen med din ansökan!

Ansökan ska göras via rekryteringssystemet Varbi.

Vill du göra skillnad – och bidra till en bättre hälsa för alla? Sök jobb hos oss!