Postdoktor i kromatinbiologi och bioinformatik

Vill du bidra till medicinsk forskning av toppkvalitet?

Baranello lab: Utifrån vår expertis inom områdena topoisomeras och cancerbiologi, syftar vi till att svara på grundläggande frågor om hur transkription, replikation och DNA-topologi är funktionellt koordinerade i mänskliga celler. Vi använder oss av de senaste metoderna för att bedöma transkriptomiska, epigenomiska och replisomiska profiler, såväl som av bioinformatik, mikroskopi och läkemedelstester för att förstå hur topoisomerasreglering påverkar grundläggande kärnprocesser (huvudreferenser: Baranello et al. Cell 2016; Wiegard et al. Molecular Cell 2021; Das et al. Molecular Cell 2022). Det övergripande målet är att avslöja nya cancerprocesser och utveckla nya anti-cancer strategier mer specifika mot tumörceller och med färre biverkningar.

Vi är ett ungt och dynamiskt forskarteam med ett väletablerat samarbetsnätverk. Gruppen är också knuten till Dr. Levens laboratorium vid National Institutes of Health i USA och Dr. Shiraige laboratorium vid Tokyo University. Den utvalda sökanden kommer således att ingå i flera nätverk av erkända forskare. Gruppen är placerad i Biomedicum, en toppmodern forskningsbyggnad med en stor repertoar av forskare och tillgång till toppmodern infrastruktur och faciliteter.

Din roll

Topoisomeraser är viktiga enzymer som reglerar topologin hos DNA som gynnar replikation och transkription genom att klyva/återförsluta DNA-strängar. Eftersom cancerceller har högre frekvenser av proliferation jämfört med normala celler är de starkt beroende av topoisomerasaktivitet. Därför kan strategier för att rikta in sig på topoisomeraser utgöra ett sätt att selektivt påverka cancerceller.

Fokus för detta forskningsprojekt är att förstå hur topoisomeraser regleras under kärnprocesser för att utveckla nya sätt att rikta in sig på dessa regleringsmekanismer och påverka livscykeln för cancerceller. Nya bevis visar att topoisomeraser utför sin funktion genom interaktioner med partnerproteiner som modulerar deras aktivitet för att påverka transkription (Baranello et al. Cell 2016; Das et al. Molecular Cell 2022). Vi kommer att använda biokemiska och molekylärbiologiska tillvägagångssätt, mikroskopi, spårning av en molekyl, DNA- och RNA-sekvensering och CRISPR-baserad genomredigering för att undersöka hur topoisomerasdynamik inom kärnan styr topoisomerasaktivitet. Resultatet av postdocarbetet kommer att inspirera till en ny strategi för att inrikta sig på topoisomeraser i cancerterapi.

Projektet är en kombination av praktiska laborationer (våtlabbarbete) och beräkningsanalys (programmering i R och/eller Python). I programmet ingår handledning av studenter och även närvaro vid seminarier, kurser och konferenser. Postdoktorn ska planera och genomföra experiment, analysera data, tolka och presentera resultaten samt skriva vetenskapliga artiklar, initialt under partiell handledning men med större självständighet under projektets gång.

Vem är du?

Vi söker en nyfiken, mycket motiverad och kreativ postdoc med en stark bakgrund inom transkriptionsdynamik och DNA-topologi, med erfarenhet av programmeringsspråk för att analysera sekvenserings- och mikroskopidata. Kandidaten ska ha en god samarbetsförmåga och ett stort intresse för att lösa intrikata vetenskapliga frågor inom kromatinbiologi. Erfarenhet med däggdjurscellkulturer, proteinbiokemi, next-generation sekvensering och storskalig bioinformatikanalys är en styrka. Utmärkt interpersonell och kommunikationsförmåga (på engelska skriftligt och muntligt) krävs.

För att anställas som postdoktor krävs avlagd doktorsexamen eller en utländsk examen som bedöms motsvara doktorsexamen. Detta behörighetskrav ska vara uppfyllt senast vid tidpunkten då anställningsbeslutet fattas. Det är meriterande om du har avlagt din doktorsexamen inom de tre senaste åren, om det finns särskilda skäl kan din examen ha avlagts tidigare.

Vad erbjuder vi?

En kreativ, internationell inspirerande miljö fylld av kompetens och nyfikenhet. Karolinska Institutet är ett av världens ledande medicinska universitet. Här bedriver vi framgångsrik medicinsk forskning och har det största utbudet av medicinska utbildningar i Sverige. På KI får du träffa forskare med olika forskningsinriktningar som jobbar tillsammans. Det är det gränsöverskridande samarbetet som bidrar till KI:s världsledande position inom forskning. Flera av de personer du möter inom vården är utbildade på KI. En nära relationen till hälso- och sjukvården är viktig för att skapa utbildning och forskning av högsta kvalitet. Som universitet är Karolinska Institutet också en statlig myndighet. Det gör att du som anställd får goda förmåner genom vårt kollektivavtal.

Placering: Solna

--[Video om Karolinska Institutet, hur vi alla bidrar till "en bättre hälsa för alla"] ---

Ansökan

Ansökan ska bestå av följande handlingar, skrivna på engelska eller svenska:

En komplett CV inkluderande disputationsdatum, avhandlingens titel, tidigare akademiska befattningar, akademisk titel, nuvarande befattning, akademiska utmärkelser samt kommittéarbete
Ett kort motiveringsbrev som anger anledningen till att kandidaten är intresserad av detta projekt (längd mer än en halv sida, typsnitt 12)
En komplett publikationslista
En sammanfattning av nuvarande arbete och tidigare arbetserfarenhet ( längd mer än en halv sida, typsnitt12)
Kontaktuppgifter till två referenspersoner.
Verifikation från disputationskommittén eller motsvarande (endast om disputationen är schemalagd inom tre månader efter sista ansökningsdag)

Varmt välkommen med din ansökan.

Ansökan ska göras via rekryteringssystemet Varbi.

Vill du göra skillnad – och bidra till en bättre hälsa för alla? Sök jobb hos oss