Postdoktor i bioinformatik inom neuroinflammation

Vill du bidra till medicinsk forskning av toppkvalitet?

Gå med i den dynamiska och samarbetsinriktade gruppen som leds av professor Maja Jagodic vid Institutionen för klinisk neurovetenskap, Karolinska Institutet. Gruppen är en del av nätverket Karolinska Neuroimmunology and Multiple Sclerosis (KNIMS) som samlar cirka 100 forskare som arbetar med olika aspekter av Multipel skleros (MS)-patogenes. Här erbjuds du en möjlighet att bidra till interaktiv forskning som drivs av relevanta kliniska frågor och kombinerar en djup molekylär förståelse av mekanismerna bakom MS med tillgång till några av världens mest konkurrenskraftiga kliniska kohorter. Du kommer att dra nytta av en mycket samarbetsinriktad, engagerad och internationell forskningsmiljö som är dedikerad till att utforska innovativa translationella idéer.

Din roll

Denna roll erbjuder möjligheten att bidra till den banbrytande utvecklingen inom neuroinflammatoriska och neurodegenerativa tillstånd med målet att upptäcka nya biologiska insikter och innovativa biomarkörer för hjärnvävnadsskador, och stöds av StratNeuro New Technologies-bidraget.

Du kommer att leda utvecklingen av robusta beräkningspipelines för flytande biopsianalys dvs. cellfritt DNA (cfDNA) analys. En viktig aspekt av arbetet innebär att definiera genomiska egenskaper som kan användas för att klassificera olika grader av neurodegeneration och utveckla beräkningspipelines för att översätta sådana klassificerare till biomarkörer med hjälp av flytande biopsier.

Arbetsuppgifter för tjänsten:

• Förbehandling av råa högkapacitetssekvenseringsdata, inklusive dataöverföring till känsliga HPC-resurser, läsningstrimning, sekvensjustering, robust kvalitetskontroll, räkning, filter, normalisering, variation och DNA-metylering etc.
• Definiering av genomiska egenskaper som kan användas för att klassificera olika grader av neurodegeneration med hjälp av interna, externa och offentliga sekvenseringsdata.
• Statistisk analys och modellering, biomarköranalys, datatolkning och visualisering.
• Utveckling av verktyg för att stödja kliniska initiativ inom tillämpningar av flytande biopsier.
• Handledning av kollegor, doktorander och forskarstuderande inom bioinformatik och omikanalys och kunskapsöverföring.
• Ansökan om extern finansiering - både nationellt och internationellt.
• Aktivt deltagande i akademiska, industriella och hälso- och sjukvårdssamarbeten som involverar omikbaserade metoder för att förbättra förståelsen och behandlingen av neurodegenerativa tillstånd.

Denna tjänst är idealisk för en forskare som trivs i en samarbetsinriktad, tvärvetenskaplig miljö och brinner för att tillämpa beräkningsmetoder på komplexa biologiska frågor. Rollen inkluderar också utveckling av verktyg och resurser för att stödja den kliniska översättningen av forskningsresultat i samband med neurodegenerativa sjukdomar.

Vem är du?

Vi söker en mycket motiverad bioinformatiker med en stark bakgrund inom omikdataanalys.

Absoluta krav

• Doktorsexamen i bioinformatik, datavetenskap, biologi, medicin eller matematisk statistik.
• Dokumenterad erfarenhet av utveckling av bioinformatiska verktyg och programvarupaket.
• Erfarenhet av DNA-metyleringsanalys och/eller vätskebiopsianalys.
• Dokumenterad erfarenhet av utveckling av bioinformatiska verktyg och programvarupaket.
• Djupgående kunskaper om NGS-databehandling från helgenomsekvensering och RNA-sekvensering.
• Kunskaper i programmering (företrädesvis Python, SQL, groovy, R, html, JavaScript och bash).
• Betydande erfarenhet av att arbeta med bash-skript och HPC Linux/Unix-miljö.
• Starkt intresse för att använda bioinformatik för att förstå och hantera komplexa mänskliga sjukdomar.
• Erfarenhet av samarbete mellan olika discipliner och att ge bioinformatiskt stöd.
• Goda kunskaper i engelska, både muntligt och skriftligt.

Ytterligare meriter

• Maskininlärningsmetoder såsom djupinlärning för analys av sekvenseringsdata och klassificerare.
• Expertis inom hantering av stora mängder data genom att designa strukturerade databaser (PostgreSQL, MySQL).
• Expertis inom webbprogrammering och webbapplikationsutveckling.
• Erfarenhet av implementeringsforskning.

Eftersom tjänsten innebär nära interaktion med flera forskare läggs vikt vid personliga färdigheter såsom:

• Mycket god samarbetsförmåga.
• Utmärkta kommunikations- och analytiska färdigheter.

För att anställas som postdoktor krävs avlagd doktorsexamen eller en utländsk examen som bedöms motsvara en svensk doktorsexamen. Detta behörighetskrav ska vara uppfyllt senast vid tidpunkten då anställningsbeslutet fattas. Det är meriterande om du har avlagt din doktorsexamen inom de tre senaste åren, om det finns särskilda skäl kan din examen ha avlagts tidigare.

Vad erbjuder vi?

En kreativ, internationell inspirerande miljö fylld av kompetens och nyfikenhet. Karolinska Institutet är ett av världens ledande medicinska universitet. Här bedriver vi framgångsrik medicinsk forskning och har det största utbudet av medicinska utbildningar i Sverige. På KI får du träffa forskare med olika forskningsinriktningar som jobbar tillsammans. Det är det gränsöverskridande samarbetet som bidrar till KI:s världsledande position inom forskning. Flera av de personer du möter inom vården är utbildade på KI. En nära relationen till hälso- och sjukvården är viktig för att skapa utbildning och forskning av högsta kvalitet. Som universitet är Karolinska Institutet också en statlig myndighet. Det gör att du som anställd får goda förmåner genom vårt kollektivavtal.

Placering: Solna

Läs mer om Institutionen för klinisk neurovetenskap
Läs mer om forskargruppen du kommer att vara en del av

Ansökan

Ansökan ska bestå av följande handlingar, skrivna på engelska eller svenska:

• Bevis om doktorsexamen
• Ett komplett CV inkluderande disputationsdatum, avhandlingens titel, tidigare akademiska befattningar, akademisk titel, nuvarande befattning, akademiska utmärkelser samt kommittéarbete
• En komplett publikationslista
• En sammanfattning av nuvarande arbete (maximalt en sida)

Varmt välkommen med din ansökan senast den 29 augusti 2025.

Ansökan ska göras via rekryteringssystemet Varbi.  

Vill du göra skillnad – och bidra till en bättre hälsa för alla? Sök jobb hos oss!