Postdoktor i kombinerad bioinformatik och human biobankning

Vill du bidra till medicinsk forskning av toppkvalitet?

Vill du arbeta globalt inom bioinformatik? Vi söker en ny teammedlem till min forskargrupp vid Institutionen för medicin, Huddinge. Vi samarbetar med andra bioinformatiker runt om i världen, från Mount Sinai Hospital i New York till Universitetssjukhuset i Tartu, Estland, och Tokyos universitet i Japan.

Vår huvudsakliga källa för systemgenetiska analyser är STARNET-biobanken (Stockholm-Tartu Atherosclerosis Reverse Network Engineering Task) och dess dataregister – en högdimensionell, multivävnads- och enkelcellsdatabas över genetik och gen-/proteinuttryck hos närmare 2000 patienter med och utan hjärt-kärlsjukdomar (CVD).

Vi studerar gennätverk på vävnads- och cellnivå som verkar inom och mellan blodkärlsväggen och metabola organ för att bättre förstå den komplexa etiologin bakom hjärt-kärlsjukdoma

Din roll

Vi söker en mycket motiverad postdoktor med en kombinerad bakgrund inom bioinformatik och human biobankning för att ansluta till vårt tvärvetenskapliga team bestående av kliniker, bioinformatiker, datavetare och biologer. Tjänsten är huvudsakligen placerad vid Institutionen för medicin, Huddinge, söder om Stockholm, inom Johan Björkegrens forskargrupp. En väsentlig del av arbetet kommer att utföras vid Universitetssjukhuset i Tartu, Estland, där STARNET-biobanken är belägen.

Postdoktorns huvudsakliga uppgift blir att leda utvecklingen av STARNET-biobanken i Tartu genom att övervaka den fortsatta rekryteringen och provtagningen av unika kardiometabola vävnadsbiopsier. Vi söker dessutom en kandidat med erfarenhet av bioinformatik som kan vidareutveckla vårt ökade fokus på avancerade analyser av data från moderna plattformar för enkelcells-, enkärne-, spatial RNA- och ATAC-sekvensering (Assay for Transposase-Accessible Chromatin).

Tjänsten är på två år, med möjlighet till förlängning 1+1 år.

Vem är du?

För att anställas som postdoktor krävs avlagd doktorsexamen eller en utländsk examen som bedöms motsvara en svensk doktorsexamen. Detta behörighetskrav ska vara uppfyllt senast vid tidpunkten då anställningsbeslutet fattas. Det är meriterande om du har avlagt din doktorsexamen inom de tre senaste åren, om det finns särskilda skäl kan din examen ha avlagts tidigare.

Obligatoriska krav:

• Doktorsexamen med inriktning mot bioinformatik och human biobankning
• Förståelse för de grundläggande mekanismerna bakom kardiometabola sjukdomar och ateroskleros
• Erfarenhet av analys av bulk- och enkelcells-RNA-data, inklusive inferens av genreglerande nätverk med programvara som R eller liknande
• Laboratorieerfarenhet av DNA-, RNA- och proteinisolering från mänsklig vävnad samt utvärdering av provkvalitet
• Erfarenhet av primärodling av celler in vitro, inklusive gendämpning och cellsortering
• Kunskap om plattform(ar) för enkelcells-RNA-sekvensering
• Utmärkta kommunikativa färdigheter i tal och skrift på engelska
• Du bör vara en person som föredrar att samarbeta och arbeta i team
• Goda färdigheter inom datahantering och dokumentation  

Meriterande kompetenser:

• Erfarenhet av CVD-relaterade GWAS-databaser, såsom CARDIoGRAM-CD4+ och UK Biobank (UKBB)
• Erfarenhet av analys av kliniska sekvenseringsdata för patientkohortstudier och/eller multiintegrationsanalyser

Vad erbjuder vi?

En kreativ, internationell inspirerande miljö fylld av kompetens och nyfikenhet. Karolinska Institutet är ett av världens ledande medicinska universitet. Här bedriver vi framgångsrik medicinsk forskning och har det största utbudet av medicinska utbildningar i Sverige. På KI får du träffa forskare med olika forskningsinriktningar som jobbar tillsammans. Det är det gränsöverskridande samarbetet som bidrar till KI:s världsledande position inom forskning. Flera av de personer du möter inom vården är utbildade på KI. En nära relationen till hälso- och sjukvården är viktig för att skapa utbildning och forskning av högsta kvalitet. Som universitet är Karolinska Institutet också en statlig myndighet. Det gör att du som anställd får goda förmåner genom vårt kollektivavtal.

Länk: Institutionen för Medicin, Huddinge

Ansökan

Ansökan ska bestå av följande handlingar, skrivna på engelska eller svenska:

• Bevis om doktorsexamen
• Ett komplett CV inkluderande disputationsdatum, avhandlingens titel, tidigare akademiska befattningar, akademisk titel, nuvarande befattning, akademiska utmärkelser samt kommittéarbete
• En komplett publikationslista
• En sammanfattning av nuvarande arbete (maximalt en sida)

Varmt välkommen med din ansökan senast den 23 maj 2025.

Ansökan ska göras via rekryteringssystemet Varbi.  

Vid tillsvidareanställning tillämpar Karolinska Institutet 6 månaders provanställning.

Vill du göra skillnad – och bidra till en bättre hälsa för alla? Sök jobb hos oss!