Forskningsspecialist i mänsklig genetik och genomik av leversjukdom

Vill du bidra till medicinsk forskning av toppkvalitet?

Vi söker en engagerad forskare inom statistisk och medicinsk genetik som kommer att driva gränsen för human genetik inom Endokrinologi-enheten på institutionen för medicin, Huddinge.

Ämnesbeskrivning

CMU (Cardio Metabolic Unit) har som mål att förbättra förebyggandet, diagnosen och behandlingen av kardiometabola sjukdomar som dyslipidemi, ateroskleros, diabetes, MASLD/MASH. Molekylära mekanismer för genetisk, kostrelaterad och hormonell reglering av kolesterol-, triglycerid-, gallsyror- och lipoproteinmetabolism utforskas i mänskliga och prekliniska modeller. Påverkan av dygnsrytmer, mikrobiota och nya läkemedel studeras, även i stora samarbeten med industrin. Medlemmarna deltar i nationella och internationella nätverk av föreningar och stiftelser, deltar i multicenterstudier och tjänstgör som experter inom patofysiologi och farmakologi, molekylärbiologi, biokemi, genomik, cellbaserade system och masspektrometri.

Din roll

Du kommer att bidra till ett projekt om genetiken bakom metabol dysfunktion-associerad steatosleversjukdom (MASLD), tidigare känd som icke-alkoholrelaterad fettlever (NAFLD). MASLD har en stark genetisk komponent och i detta nyligen lanserade projekt kommer du att analysera helgenom- och exomsekvenseringsdata från en stor populationsbaserad kohort samt mindre kliniska studier, med målet att identifiera potentiella nya gener för behandling av sjukdomen. Dessutom ska anrikningen av skadliga mutationer i metabola vägar undersökas.

Utföra RNA-sekvenseringsanalyser av olika vävnader, inklusive lever och fettvävnad kommer du också att utföra. För detta ändamål kommer du att genomföra genetiska associationsanalyser på GWAS-nivå, genom att använda enkelnukleotidpolymorfier eller generera genetiska riskskattningar för att identifiera vanliga genetiska varianter som ökar känsligheten för MASLD. Vidare kommer du att analysera anrikningen av sällsynta varianter vid leversjukdom och genomföra transkriptomanalyser för att identifiera gener som är differentierat uttryckta i sjukdomen. Vidare kommer du att undersöka om vissa metabola vägar är ansvariga för uppkomsten och utvecklingen av leversjukdom samt analysera de kausala sambanden mellan MASLD och kardiometabola syndrom med hjälp av Mendelsk randomisering.

Denna tjänst kräver omfattande expertis inom statistik och genetik samt skicklighet i programmeringsspråk som MATLAB, R eller Python. Tjänsten kräver också en tydlig förståelse för molekylärbiologi och förmåga att utföra experiment i cellkulturer med RNA- och proteinkvalitetsanalyser.

Behörighetskrav

För att vara behörig att anställas som forskningsspecialist, förutom att inneha en doktorsexamen, PhD, eller ha motsvarande vetenskaplig kompetens, måste sökanden ha visat forskningskompetens samt dokumenterad forskningserfarenhet efter att ha försvarat sin doktorsavhandling.

Utöver behörighetskriterierna bör sökanden visa stark bakgrund inom statistik och genetik med avancerad expertis i programmeringsspråken MATLAB och R, samt kunskap inom området kardiometabola sjukdomar. Sökanden bör dessutom vara åtminstone bekant med Python.

Dokumenterad erfarenhet av följande ämnen:

• Genom- och exombred associationsstudie (GWAS, meta-analys).
• Analyser av anrikning av vanliga varianter och gen-/regionbaserad analys av sällsynta. varianter (t.ex. burden och SKAT).
• Erfarenhet av eQTL/pQTL-analyser.
• Mendelsk randomisering (MR) och mediationanalys.
• Avancerad statistisk genetik.
• Genomstorskalig metabolisk och constraint-baserad modellering.
• Övervakade och icke-övervakade klustringsmetoder för att generera partitionerade polygena riskskattningar.

Bedömningsgrunder

Det är särskilt meriterande att den sökande har uppvisat

Dokumenterad erfarenhet av avancerade analyser av vanliga genetiska varianter:

• Bevisad erfarenhet av avancerade analyser av vanliga genetiska varianter
• Bevisad erfarenhet av avancerade analyser av vanliga genetiska varianter.
• Analyser av stora fenotypiska, genomiska och transkriptomiska datamängder.
• Publikationer med hög genomslagskraft i relevanta tidskrifter som första författare och korresponderande författare.
• Utmärkta kommunikationsfärdigheter på engelska, både skriftligt och muntligt samt  kommunicera och sprida uppnådda resultat med samarbetspartners.

Dessutom är god förmåga att arbeta i team mycket viktig för denna tjänst. Stor vikt kommer att läggas vid personlig lämplighet.

Efter en samlad bedömning av de sökandes kompetens och meriter i förhållande till ämnesområdet, kommer Karolinska Institutet att avgöra vem av dem som har bäst potential att bidra till en positiv utveckling av verksamheten vid KI. Det är utifrån en sammantagen helhetsbedömning av de sökandes meriter och skicklighet som Karolinska Institutet bedömer vilken av de sökande som har de bästa förutsättningarna att bidra till en positiv utveckling av verksamheten.

Vad erbjuder vi?

En kreativ och inspirerande miljö fylld av kompetens och nyfikenhet. Karolinska Institutet är ett av världens ledande medicinska universitet. Här bedriver vi framgångsrik medicinsk forskning och har det största utbudet av medicinska utbildningar i Sverige. På KI träffar du forskare med olika forskningsinriktningar som jobbar tillsammans. Det är det gränsöverskridande samarbetet som bidrar till KI:s världsledande position inom forskning. Flera av de personer du möter inom vården är utbildade på KI. En nära relationen till hälso- och sjukvården är viktig för att skapa utbildning och forskning av högsta kvalitet. Som universitet är Karolinska Institutet också en statlig myndighet. Det gör att du som anställd får goda förmåner genom vårt kollektivavtal. 

Placering: Flemingsberg

Tio skäl att välja Karolinska Institutet

Institutionen för medicine, Huddinge

Ansökan

Vi ser gärna att din ansökan är skriven på engelska, men det går också bra att ansöka på svenska. Ansökan ska innehålla följande handlingar: CV, meriter och beskrivning av planerad forskning som presenteras i enlighet med Karolinska Institutets meritportfölj.

Varmt välkommen med din ansökan senast den 25 oktober, 2024.

Vid tillsvidareanställning tillämpar Karolinska Institutet 6 månaders provanställning.

Ansökan ska göras via rekryteringssystemet Varbi.

Vill du göra skillnad – och bidra till en bättre hälsa för alla? Sök jobb hos oss