Forskningsassistent i computational biology

Vill du bidra till medicinsk forskning av toppkvalitet?

Forskargruppen under ledning av Michael Ratz vid institutionen för cell- och molekylärbiologi söker en forskningsassistent. Labbet är beläget på KI:s campus Solna i Biomedicum, ett  tvärvetenskapligt forskningscentrum med avancerade laboratorier och moderna faciliteter utformade för att främja forskning och samarbete. Ratz-labbet använder och skapar nya molekylära verktyg (t.ex. cellulär streckkodning och encellig rumslig transkriptomik) för att förstå utvecklingen av neurala kretsar i däggdjurshjärnan i hälsa och sjukdom.

Din roll

Syftet med projektet är att bidra till utvecklingen och tillämpningen av ett nytt tillvägagångssätt kallat "encellig molekylär konnektorik". Tillvägagångssättet kommer att möjliggöra spårning av neurala kretsar med hög genomströmning med hjälp av (in situ) RNA-seq och vi vill använda denna metod för att dechiffrera de molekylära mekanismerna för utveckling av neurala kretsar i däggdjurshjärnan vid hälsa och sjukdom.

Du kommer att få möjlighet att arbeta med in situ RNA-seq data erhållna från mushjärna skivor. Din huvudsakliga roll kommer att vara att upprätta en beräkningspipeline som gör det möjligt att extrahera och analysera genuttrycksinformation från många fluorescensmikroskopbilder. Detta kommer att involvera bildbehandling (t.ex. brusreducering, dekonvolution, registrering, cellsegmentering), celltypsidentifiering och extraktion av rumsliga genuttrycksmönster. Du kommer att arbeta nära med experimentella såväl som beräkningsforskare inne i labbet.

Vem är du?

Vi söker en nyfikenhetsdriven och ambitiös forskningsassistent med bakgrund inom bioinformatik eller datavetenskap och intresse för neurala kretsar (fel)utveckling. 

Kvalifikationer:

• Examen inom bioinformatik, beräkningsbiologi, datavetenskap eller liknande område.
• Erfarenhet av programmering med Python (eller liknande språk) för att hantera biologiska frågor.
• Erfarenhet av genomisk och/eller transkriptomisk dataanalys (t.ex. sekvensanalys, expressionsanalys, genreglerande nätverk, dimensionsreduktion, klustring)
• Intresse för hjärnans utveckling, neurala kretsar och musmodeller av hjärnsjukdomar
• Flytande engelska i tal och skrift

 Meriter:

• Erfarenhet av encellig och/eller rumslig transkriptomik.
• Erfarenhet av bildbehandling med MATLAB.

Vad erbjuder vi?

En kreativ, internationell och inspirerande miljö fylld av kompetens och nyfikenhet. Karolinska Institutet är ett av världens ledande medicinska universitet. Vår vision är att driva utvecklingen av kunskap om livet och verka för en bättre hälsa för alla. Här bedriver vi framgångsrik medicinsk forskning och har det största utbudet av medicinska utbildningar i Sverige. Som universitet är Karolinska Institutet en statlig myndighet. Det gör att du får goda förmåner genom vårt kollektivavtal. Medarbetare på KI erbjuds också möjlighet till ett flexibelt arbetssätt. Det innebär att om den verksamhet du jobbar i tillåter, så kan du arbeta en del av din arbetstid på distans. Du får även träna fritt i våra moderna friskvårdsanläggningar där utbildad personal finns på plats.  

Placering: Solna 

--[Video om Karolinska Institutet, hur vi alla bidrar till en bättre hälsa för alla] ---

Ansökan

Varmt välkommen med din ansökan!

Ansökan ska göras via rekryteringssystemet Varbi. I denna rekrytering söker du med ditt CV utan personligt brev. I ansökningsformuläret kommer du istället att få svara på några frågor om varför du söker jobbet. 

Vill du göra skillnad – och bidra till en bättre hälsa för alla? Sök jobb hos oss