Forskningsspecialist i human genetik och genomik av leversjukdom - Under tillsättning eller tillsatt, ej sökbar

Vill du bidra till medicinsk forskning av toppkvalitet?

Vi söker en framstående forskningsspecialist med stort intresse för avancerad statistisk genetik, tillämpad matematik och maskininlärning som kan driva frontlinjen för human genetik inom avdelningen för Endokrinologi på institutionen för medicin, Huddinge.

Ämnesbeskrivning

På avdelningen för endokrinologi studerar vi lipidmetabolismens roll i kardiometabola sjukdomar, såsom dyslipidemi, åderförkalkning, typ 2-diabetes och MASLD/MASH, för att förbättra förebygga, diagnosen och behandlingen av dessa tillstånd. Molekylära mekanismer för genetiska varianter, kost, hormonreglering och lipoproteinmetabolism utforskas i mänskliga och prekliniska modeller. Påverkan av dygnsrytmer och nya läkemedel studeras, även i samarbete med industrin. Vi deltar i nationella och internationella nätverk av föreningar och stiftelser, deltar i multicenter kliniska prövningar och fungerar som experter inom patofysiologi och farmakologi, molekylärbiologi, biokemi, genomik, cellbaserade och organoida system och masspektrometri.

Din roll

Du kommer att bidra till ett projekt om human genetik av metabolisk dysfunktion-associerad steatotisk leversjukdom (MASLD), tidigare känd som icke-alkoholisk fettleversjukdom (NAFLD), som drabbar så många som en tredjedel av befolkningen idag. Som med andra komplexa sjukdomar har MASLD en stark genetisk komponent. I detta nystartade projekt kommer du att utveckla beräkningseffektiva statistiska metoder för sällsynta variantassociationsanalyser av storskaliga helgenomsekvenseringsdata, med syftet att identifiera potentiella nya genmål för att behandla sjukdomen. Speciellt kommer du att fokusera på att utveckla och optimera metoder för att integrera kvalitativa och kvantitativa funktionella kommentarer med gen-/regionbaserade metoder för att möjliggöra upptäckten av sällsynta varianter som predisponerar för MASLD. Genom att använda metoder för djupinlärning kommer du dessutom att bedöma förmågan hos uppdelade polygena riskpoäng baserat på vanliga och sällsynta varianter för att identifiera sjukdomssubtyper.

Denna position kräver expertis i att hantera och analysera fler dimensionell storskalig sekvenseringsdata, och en djup förståelse av befintliga metoder, såsom sekvenskärnassociation och belastningstester.

Behörighetskrav

Behörig att anställas som forskningsspecialist är den som har uppvisat vetenskaplig skicklighet och har avlagt doktorsexamen eller har utländsk examen som bedöms motsvara svensk doktorsexamen samt dokumenterat forskningsarbete efter disputation.

Utöver de ovanstående grundläggande behörighetskraven ska du ha:

• En stark bakgrund inom matematik och matematisk modellering av komplexa system, med avancerad expertis inom Python och C++ programmeringsspråk samt Unix/Linux-miljö. Dessutom måste den sökande åtminstone vara bekant med R.
• Erfarenhet av vanliga maskininlärning och statistiska metoder.
• Erfarenhet av vetenskaplig kodoptimering och implementering för högpresterande beräkningar på CPU- och GPU-substrat.
• Erfarenhet av analys av och slutledning av komplexa nätverk.

Kännedom om följande ämnen:

• Människogenetik
• Genom- och exomomfattande associationsstudier (GWAS, EWAS)
• Analyser av anrikning av vanliga och sällsynta varianter
• Transkriptomisk analys
• Mendelsk randomisering (MR) och metaanalys
• Biomedicinsk statistik
• Maskin-/djupinlärningstekniker

Bedömningsgrunder

Det är särskilt meriterande att den sökande har uppvisat

• Goda kunskaper i matematik och/eller fysik
• Erfarenhet av att hantera storskaliga hel-genom- och hel-exom-sekvenseringsdataset, och en djup förståelse för högpresterande beräkningar
• Utmärkt kommunikationsförmåga på engelska, både i skriftlig och muntlig form, för kommunikation och spridning av uppnådda resultat, och med samarbetspartners
• Flera publikationer i relevanta tidskrifter som första författare

Samarbetsförmåga och lagarbete är mycket viktig för det här jobbet. Stor vikt kommer att läggas vid personlig lämplighet.

Det är utifrån en sammantagen helhetsbedömning av de sökandes meriter och skicklighet som Karolinska Institutet bedömer vilken av de sökande som har de bästa förutsättningarna att bidra till en positiv utveckling av verksamheten.

Vad erbjuder vi?

En kreativ och inspirerande miljö fylld av kompetens och nyfikenhet. Karolinska Institutet är ett av världens ledande medicinska universitet. Här bedriver vi framgångsrik medicinsk forskning och har det största utbudet av medicinska utbildningar i Sverige. På KI träffar du forskare med olika forskningsinriktningar som jobbar tillsammans. Det är det gränsöverskridande samarbetet som bidrar till KI:s världsledande position inom forskning. Flera av de personer du möter inom vården är utbildade på KI. En nära relationen till hälso- och sjukvården är viktig för att skapa utbildning och forskning av högsta kvalitet. Som universitet är Karolinska Institutet också en statlig myndighet. Det gör att du som anställd får goda förmåner genom vårt kollektivavtal. 

Placering: Flemingsberg

Avdelningen för endokrinologi

Institutionen för medicin, Huddinge

Tio skäl att välja Karolinska Institutet

Ansökan

Vi ser gärna att din ansökan är skriven på engelska, men det går också bra att ansöka på svenska. Ansökan ska innehålla följande handlingar: CV, meriter och beskrivning av planerad forskning som presenteras i enlighet med Karolinska Institutets meritportfölj.

Varmt välkommen med din ansökan senast den 21 juni, 2024.

Ansökan ska göras via rekryteringssystemet Varbi.

Vill du göra skillnad – och bidra till en bättre hälsa för alla? Sök jobb hos oss