Forskningsassistent inom eukaryot RNA-genomik

Vill du bidra till medicinsk forskning av toppkvalitet?

Institutionen för mikrobiologi, tumör- och cellbiologi (MTC) vid Karolinska Institutet bedriver forskning och undervisning inom immunologi, infektionsbiologi, cellbiologi och cancer. MTC har cirka 40 forskargrupper och våra nyckelord är multidisciplinära, överbryggande, nationella och internationella samarbeten.

Vårt laboratorium ligger på Science for Life Laboratory (SciLifeLab, http://www.scilifelab.se/) på Karolinska Institutets campus. SciLifeLab är utrustat med toppmodern instrumentering och kärnfaciliteter, och är hem för ett av de största sekvenseringsklustren i Europa.

Vår grupp kombinerar experimentellt och beräkningsbart arbete och syftar till att utveckla och tillämpa nya genomomfattande tekniker för att ta itu med grundläggande biologiska frågor med medicinska implikationer. Vi är särskilt intresserade av hur subtila variationer i genuttryck kan leda till differentiella cellulära fenotyper och brinner för RNA-biologi (http://pelechanolab.com/). Du kommer att ha möjlighet att arbeta i en mycket tvärvetenskaplig och internationell miljö och kombinera utvecklingen av toppmodernt genomomfattande tillvägagångssätt med molekylär dissektion av grundläggande biologiska problem.

Är du intresserad av att reda ut den eukaryota post-transkriptionella regleringskoden? Skulle du vilja kombinera användningen av banbrytande genomomfattande teknologier med syntetisk biologi och maskininlärning för att studera RNA-liv? Bli en del av oss på SciLifeLab.

Din roll

Den aktuella tjänsten som forskningsassistent innebär att utveckla och tillämpa nya genomiska metoder för att studera eukaryot genuttryck i en aldrig tidigare skådad skala genom att kombinera experimentella och beräkningsmetoder. Du kommer att arbeta inom ramen för ett nyligen tilldelat ERC-synergiprojekt (EPIC - Unravelling the eukaryotic post-transcriptional regulatory code) i samarbete med professor Kevin Verstrepen (Leuven) och professor Julien Gagneur (München). EPIC kommer att kombinera användningen av genomik, syntetisk biologi, maskininlärning och evolutionära tillvägagångssätt med målet att förstå den fullständiga regleringskoden för genuttryck för S. cerevisiae och andra eukaryoter.

I din roll kommer du att bidra till kartläggning och förutsägelse av mRNA-gränser i en aldrig tidigare skådad skala. Du kommer också att använda den genererade informationen för att kvantifiera och förutsäga hur mRNA-variationer leder till divergerande mRNA-öden. Vidare innebär arbetet att integrera olika experimentella och beräkningsbara metoder för att slutföra projektet, inklusive genomik, jästgenetik, högkapacitetsbiologiska tillvägagångssätt och bioinformatik.

Arbetet innefattar även att utföra originalforskning inom transkriptomik och/eller beräkningsbiologi samt att skaffa sig de nödvändiga experimentella och beräkningsfärdigheter som krävs för att slutföra projektet. Du förväntas kommunicera de vetenskapliga resultaten genom att skriva vetenskapliga artiklar och delta i vetenskapliga möten. Den ideala kandidaten kommer att delta i teamets allmänna uppgifter och effektivt kommunicera med forskare med mycket olika bakgrund i en mycket tvärvetenskaplig och internationell miljö. Arbetsspråket är engelska.

Vem är du?

Sökande till denna tjänst skall ha en masterexamen i molekylärbiologi, bioteknik, bioinformatik eller liknande område. Du skall antingen ha en experimentell eller en bioinformatisk profil.

Utöver ovanstående krav för tjänsten:

Ett starkt intresse för tvärvetenskaplig teknikutveckling, nytänkande och kreativt tänkande
Erfarenhet av att tolka biologiska data och experimentellt testa deras hypotes
God samarbetsförmåga och förmåga att arbeta i team
För experimentell profil: Erfarenhet av molekylärbiologiska metoder och NGS-bibliotekskonstruktion
För beräkningsprofil: Erfarenhet av storskaliga analyser och bioinformatik (NGS, Python, batch- och/eller R-skriptspråk)

Meriterande för tjänsten:

Erfarenhet av transkription/posttranskriptionell mRNA-reglering
Erfarenhet av CRISPR-baserade tillvägagångssätt och epigenetik.
Erfarenhet av NGS-dataanalys (alternativ polyadenylering, ATAC-Seq...)
Intresse av att kombinera experimentellt och beräkningsbart arbete
Vid anställningen kommer särskild vikt att läggas vid vetenskaplig skicklighet av relevans för projektet och vid tidigare forskningserfarenhet

Vad erbjuder vi?

En kreativ, internationell och inspirerande miljö fylld av kompetens och nyfikenhet. Karolinska Institutet är ett av världens ledande medicinska universitet. Vår vision är att driva utvecklingen av kunskap om livet och verka för en bättre hälsa för alla. Här bedriver vi framgångsrik medicinsk forskning och har det största utbudet av medicinska utbildningar i Sverige. Som universitet är Karolinska Institutet en statlig myndighet. Det gör att du får goda förmåner genom vårt kollektivavtal. Medarbetare på KI erbjuds också möjlighet till ett flexibelt arbetssätt. Det innebär att om den verksamhet du jobbar i tillåter, så kan du arbeta en del av din arbetstid på distans. Du får även träna fritt i våra moderna friskvårdsanläggningar där utbildad personal finns på plats.

Placering: Solna

Tio skäl att välja Karolinska Institutet

http://pelechanolab.com/

Ansökan

Varmt välkommen med din ansökan senast den 21 juni.

Ansökan ska göras via rekryteringssystemet Varbi. I denna rekrytering söker du med ditt CV utan personligt brev. I ansökningsformuläret kommer du istället att få svara på några frågor om varför du söker jobbet.

Tidsbegränsad anställning på 12 månader.

Vill du göra skillnad – och bidra till en bättre hälsa för alla? Sök jobb hos oss