Bioinformatiker inom Bakteriologi

Vill du bidra till medicinsk forskning av toppkvalitet?

Institutionen för mikrobiologi, tumör- och cellbiologi (MTC) vid Karolinska Institutet bedriver forskning och undervisning inom immunologi, infektionsbiologi, cellbiologi och cancer. MTC har cirka 40 forskargrupper och våra nyckelord är multidisciplinära, överbryggande, nationella och internationella samarbeten.

Vi söker en forskningsassistent som tillsammans med Professor Birgitta Henriques Normark, hennes forskargrupp och samarbetspartners, kommer att jobba med projekt inom bakteriologi och pneumokock- och streptokockinfektioner.

World Health Organization (WHO) klassificerar infektionssjukdomar som ett av de största globala hoten. Pneumokocker är en stor anledning till sjuklighet och dödlighet i världen. Pneumokocker är den vanligaste orsaken till vanliga luftvägsinfektioner såsom öron-, och bihåleinflammation, men också en vanlig orsak till mer allvarliga infektioner såsom och lunginflammation, blodförgiftning och hjärnhinneinflammation. Men trots att dessa bakterier kan orsaka svår sjukdom är de också vanligt förekommande i näsan hos friska barn. Grupp A streptokocker orsakar mildare luftvägsinfektioner såsom tonsillit och hudinfektioner men orsakar också allvarligare infektioner såsom sepsis, nekrotiserande fasciit och toxic shock syndrome. Det finns också en risk för komplikationer i efterförloppet av infektionen såsom reumatisk hjärtsjukdom. Forskargruppen studerar värd-mikrob-interaktioner med ett fokus på pneumokock- och streptokockinfektioner.

Din roll

Denna tjänst inkluderar bioinformatisk analys av genom, metagenom, metatranskriptom och/eller transkriptom från storskalig sekvensering av kliniska prov för att studera mikrobiellt svar och värdsvar, samt studier av bakteriella genom såsom för pneumokocker, streptokocker, stafylokocker, och klebsiella samt virala genom. Likaså kommer interaktionsstudier med hjälp av AlphaFold göras. Virulensmekanismer och virulensfaktorer och deras interaktioner med värden och värdsvar kommer att studeras, och olika in vitro och in vivo system kommer att användas. Detta är ett samarbetsprojekt med andra bioinformatiker och experimentella forskare i forskargruppen.

Vem är du?

Krav

• Du har en bakgrund inom bioinformatik, mikrobiologi, folkhälsoövervakning, antimikrobiell resistens, data-driven analys av bakteriella och virala infektioner, och företrädelsevis genomisk övervakning av bakteriella och virala patogener.
• Tidigare erfarenhet av att hantera hel-genom sekvensdata och metagenomik
• kunskap om Python, Linux, R, och AlphaFold2
• En masterexamen i bioinformatik
• Social förmåga, förmåga till kreativt tänkande, och språkkunskaper, särskilt i engelska, är en fördel.
• God interpersonell skicklighet och förmåga att arbeta i grupp är essentiellt.social förmåga och att ha lätt att interagera med andra forskare är en fördel eftersom denna position kommer att kräva starka interaktioner med andra forskare i forskargruppen.
• Dokumenterad erfarenhet av relevanta forskningsområden för tjänsten enligt ovan prioriteras

Meriterande

• Stark kvantitativ, analytisk och presentations förmåga behövs.
• Du är metodisk och organiserad i ditt arbete och för noggrann labbjournal.
• Erfarenhet av internationella samarbeten, projektdrivning och handledning av studenter är också viktigt.

Vad erbjuder vi?

En kreativ, internationell och inspirerande miljö fylld av kompetens och nyfikenhet. Karolinska Institutet är ett av världens ledande medicinska universitet. Vår vision är att driva utvecklingen av kunskap om livet och verka för en bättre hälsa för alla. Här bedriver vi framgångsrik medicinsk forskning och har det största utbudet av medicinska utbildningar i Sverige. Som universitet är Karolinska Institutet en statlig myndighet. Det gör att du får goda förmåner genom vårt kollektivavtal. Medarbetare på KI erbjuds också möjlighet till ett flexibelt arbetssätt. Det innebär att om den verksamhet du jobbar i tillåter, så kan du arbeta en del av din arbetstid på distans. Du får även träna fritt i våra moderna friskvårdsanläggningar där utbildad personal finns på plats.  

Placering: Solna

Tio skäl att välja Karolinska Institutet

Ansökan

Varmt välkommen med din ansökan senast den 2025-12-29

Ansökan ska göras via rekryteringssystemet Varbi. I denna rekrytering söker du med ditt CV utan personligt brev. I ansökningsformuläret kommer du istället att få svara på några frågor om varför du söker jobbet. 

Vill du göra skillnad – och bidra till en bättre hälsa för alla? Sök jobb hos oss