Forskningsassistent för digital patologi

Vill du bidra till medicinsk forskning av toppkvalitet?

Institutionen för medicinsk epidemiologi och biostatistik bedriver forskning inom epidemiologi och biostatistik inom ett brett spektrum av områden inom biomedicinsk vetenskap. Institutionen är bland de största inom sitt område i Europa och har särskilt starka forskningsprofiler inom psykiatrisk, cancer-, reproduktiv, pediatrisk, farmakologisk, genetisk och geriatrisk epidemiologi, ätstörningar, precisionsmedicin, och biostatistik.

En del av framgången för institutionen beror på vår samarbetsanda, där en stor bidragande faktor är att forskare vid institutionen delar och samfinansierar gemensamma resurser (som t.ex. IT och en tillämpad biostatistikgrupp). Institutionen ligger på campus Solna. Mer information finns på http://ki.se/meb.

Forskargruppen är ansluten till det nationella programmet Data Driven Life Sciences (DDLS) och SciLifeLab (https://www.scilifelab.se/researchers/kimmo-kartasalo/). Vi bedriver internationell spetsforskning inom beräkningspatologi och artificiell intelligens (AI). Mer specifikt har gruppen i flera år arbetat med AI-baserade modeller för att hjälpa patologer i deras bedömning av prostatabiopsier.

Gruppens kärnkompetenser inkluderar storskalig bildbehandling och analys, utveckling av djupinlärningsbaserade AI-algoritmer och effektivt utnyttjande av superdatorsystem. Våra bakgrunder sträcker sig från datavetenskap och matematik till bioteknik och medicin, och vi anammar en mycket kollegial och flexibel arbetskultur.

Din roll

Syftet med detta projekt är att utvärdera möjligheten att använda generativ artificiell intelligens (Gen-AI) på ett nytt sätt för att effektivisera histopatologisk diagnostik genom att eliminera en av nyckelprocesserna inom histologi: färgning av vävnadsprover. Du kommer att utveckla AI-modeller baserade på t.ex. generativa adversariella nätverk (GAN) för att virtuellt färga och avfärga digitaliserade vävnadsprover för att möjliggöra utveckling av AI-algoritmer som kan diagnostisera prostatacancer från ofärgade vävnadsprover. Beroende på projektets framsteg kan även AI-modeller för att förutsäga molekylära biomarkörer från de digitaliserade ofärgade proverna utvecklas. Projektet involverar initialt praktisk datainsamling i form av skanning av digitala prover som ska användas som tränings- och utvärderingsdata.

Dina ansvarsområden inkluderar: 1) digitalisering av objektglas av både färgade och ofärgade prostatabiopsier till högupplösta bilder med digitala patologiskannrar; 2) utveckling av Gen-AI-modeller för att virtuellt färga och avfärga prover; 3) träning och utvärdering av diagnostiska och molekylärprediktiva AI-modeller som kan bearbeta ofärgade prover.

Tjänsten är en heltidsanställning på 3 månader (1 juni – 31 augusti 2025). Arbetet kan endast utföras på plats i Solna.

Vem är du?

Sökande förväntas ha följande färdigheter och erfarenhet:

- Erfarenhet av helbildsskanning, helst på Hamamatsu- och Grundium-instrument.
- Erfarenhet av att bearbeta helbildsdata från Leica-, Hamamatsu-, Philips- och/eller Grundium-skannrar med hjälp av bibliotek som OpenSlide eller OpenPhi.
- Erfarenhet av att utveckla GAN eller jämförbara AI-modeller för helbildsdata i PyTorch.
- Erfarenhet av högpresterande databehandling på Linux-servrar och GPU-beräkningskluster.
- Förtrogenhet med Python.
- Förtrogenhet med versionshanteringsverktyg, t.ex. Git.
- Förmåga att arbeta bra självständigt och tillsammans med andra.
- Förmåga att kommunicera med kollegor på engelska.
- En grundlig och noggrann metod för forskning.

Följande färdigheter och erfarenheter anses meriterande:

- Praktisk erfarenhet av att utföra histologisk provberedning.
- Erfarenhet av helbildsskanning och bearbetning av ofärgade histologiska objektglas samt förståelse för de tekniska utmaningar som är förknippade med dessa typer av prover.
- Kunskap om och intresse för patologi, onkologi eller andra relevanta medicinska områden.
- Internationell och tvärvetenskaplig forskningserfarenhet.

Övriga kunskaper inom biomedicin, digital patologi eller datavetenskap är meriterande. Stor vikt läggs vid personlig lämplighet.

Vad erbjuder vi?

Tio skäl att välja Karolinska Institutet

En kreativ, internationell och inspirerande miljö fylld av kompetens och nyfikenhet. Karolinska Institutet är ett av världens ledande medicinska universitet. Vår vision är att driva utvecklingen av kunskap om livet och verka för en bättre hälsa för alla. Här bedriver vi framgångsrik medicinsk forskning och har det största utbudet av medicinska utbildningar i Sverige. Som universitet är Karolinska Institutet en statlig myndighet. Det gör att du får goda förmåner genom vårt kollektivavtal. Medarbetare på KI erbjuds också möjlighet till ett flexibelt arbetssätt. Det innebär att om den verksamhet du jobbar i tillåter, så kan du arbeta en del av din arbetstid på distans. Du får även träna fritt i våra moderna friskvårdsanläggningar där utbildad personal finns på plats.  

Placering: Solna

Ansökan

Varmt välkommen med din ansökan!

Ansökan ska göras via rekryteringssystemet Varbi. I denna rekrytering söker du med ditt CV utan personligt brev. I ansökningsformuläret kommer du istället att få svara på några frågor om varför du söker jobbet. 

Vill du göra skillnad – och bidra till en bättre hälsa för alla? Sök jobb hos oss