Forskningsspecialist i mikrobiomforskning med biostatistikkompetens - Under tillsättning eller tillsatt, ej sökbar

Vill du bidra till medicinsk forskning av toppkvalitet?

Institutionen för mikrobiologi, tumör- och cellbiologi (MTC) vid Karolinska Institutet bedriver forskning och undervisning inom immunologi, infektionsbiologi, cellbiologi och cancer. På MTC bedrivs internationellt framstående forskning. CTMR (Centrum för translationell mikrobiomforskning) grundades 2016 som ett samarbete mellan Karolinska Institutet, Science for Life Laboratory (SciLifeLab) och Ferring Pharmaceuticals.

Ämnesbeskrivning

CTMR har utvecklats till en bred teknisk, biologisk, klinisk och epidemiologisk plattform för att studera komplexa mikrobiologiska samhällen och deras interaktion med människan både inom hälsan och sjukdom. Samarbetet mellan våra experter utgör en solid grund för att förstå mikrobiomets bidrag till normal fysiologi och patofysiologi och öppnar möjligheter för utveckling av nya terapier inom gastroenterologi, reproduktiv hälsa och neonatologi. Vi söker nu en forskningsspecialist inom mikrobiomforskning med god erfarenhet av de biostatistiska utmaningar som är kopplade till mikrobiomdata, som är fokuserad, driven och passionerad för att bidra till vårt mål att förbättra hälsan genom forskning på hög nivå.

Din roll

Denna position fokuserar på bioinformatiskt analysarbete kring rollen hos mikrobiomet i risk, etiologi, och prognosticering av cancer. Den framgångsrika kandidaten kommer arbeta i nära samarbete med flera olika team inom CTMR såsom klinisk epidemiologi, bioinformatik, och våtlabbshantering av prover, samt externa medarbetare utanför CTMR.

Behörighetskrav

Behörig att anställas som forskningsspecialist är den som har uppvisat vetenskaplig skicklighet och har avlagt doktorsexamen eller har utländsk examen som bedöms motsvara svensk doktorsexamen samt dokumenterat forskningsarbete efter disputation.

Utöver de ovanstående grundläggande behörighetskraven skall sökande ha:

• Minst tre års erfarenhet av arbete som postdoktor
• Demonstrerad kunskap av att analysera stora mänskliga mikrobiomdataset (>3000 deltagare)
• Förståelse för de unika egenskaperna som mikrobiomdata innehar och vilka statistiska effekter det får
• Erfarenhet av arbete på HPC-system med bash och Slurm
• Expertis inom minst ett primärt mikrobiomanalysbibliotek (t.ex. QIIME2, phyloseq, mothur, eller dyl.)
• Erfarenhet med minst ett vanligt förekommande programmeringsspråk för mikrobiomanalys (Python eller R)
• Erfarenhet av att arbeta med metadata för mikrobiomstudier enligt tillgängliga standarder, ontologier, och formatering av dito (t.ex. MIxS)
• Demonstrerad förmåga att kommunicera både verbalt och i text
• Erfarenhet av att arbeta i interdisciplinära team

Ytterligare skickligheter som är särskilt meriterande för positionen:

• Erfarenhet av tekniker och ramverk för reproducerbara bioinformatiska analyser, t.ex. Snakemake eller Nextflow
• Erfarenhet av arbete med data ur Nordiska register, särskilt svenska register.
• Erfarenhet av att analysera både markörgen och metagenomisk data från DNA eller RNA med vanligt förekommande algoritmiska tillvägagångssätt
• Insikt i epidemiologiska tillvägagångssätt och studiedesign med speciellt fokus på applikation mot och utmaningar vid arbete med mikrobiomdata
• Erfarenhet av att handleda och stödja studenter och postdocs i egna mikrobiomprojekt
• Erfarenhet av att genomföra statistiska analysera på mikrobiomdataset med hänsyn till datans kompositionella natur.

Det är utifrån en sammantagen helhetsbedömning av de sökandes meriter och skicklighet som Karolinska Institutet bedömer vilken av de sökande som har de bästa förutsättningarna att bidra till en positiv utveckling av verksamheten.

Vad erbjuder vi?

En kreativ och inspirerande miljö fylld av kompetens och nyfikenhet. Karolinska Institutet är ett av världens ledande medicinska universitet. Vår vision är att driva utvecklingen av kunskap om livet och verka för en bättre hälsa för alla. Här bedriver vi framgångsrik medicinsk forskning och har det största utbudet av medicinska utbildningar i Sverige. Som universitet är Karolinska Institutet även en statlig myndighet. Det innebär att du får goda förmåner genom vårt kollektivavtal, generös semester och en bra tjänstepension. Du får träna fritt i våra moderna friskvårdsanläggningar och får ersättning för läkarvård.

Placering: Solna 

Ansökan

Vi ser gärna att din ansökan är skriven på engelska, men det går också bra att ansöka på svenska. Ansökan ska innehålla följande handlingar: CV, meriter och beskrivning av planerad forskning som presenteras i enlighet med Karolinska Institutets meritportfölj.

Ansökan ska göras via rekryteringssystemet Varbi.

Vill du göra skillnad – och bidra till en bättre hälsa för alla? Sök jobb hos oss