Forskningsassistent inom bioinformatik med tillämpning av maskininlärning i reglerande genomik.

Vill du bidra till medicinsk forskning av toppkvalitet?

Institutionen för cell -och molekylärbiologi (CMB) är en institution med fokus på grundforskning. CMB bedriver forskning och utbildning inom cellbiologi, molekylärbiologi, utvecklingsbiologi, stamcellsbiologi, cancer och infektionsbiologi. CMB ligger i Biomedicum, ett nytt interdisciplinärt forskningscenter utformat för att samla den experimentella forskningen som bedrivs på Karolinska Institutet Campus Solna under ett tak för att främja och uppmuntra samarbete. Biomedicum inhyser ca 1200 forskare och möjliggör att dyrare utrustning kan delas mellan grupperna och användas så effektivt som möjligt.

Llorens-laboratoriet erbjuder en levande, stimulerande och internationell miljö. Vårt labb använder encells- och rumsgenomiktekniker för att förstå skador och reparationsmekanismer i däggdjurens centrala nervsystem (CNS).

Din roll

Forskningsassistenten kommer att vara en aktiv medlem i ett tvärvetenskapligt team som utvecklar en beräknings- och experimentell plattform för optimering av genterapi för reparation av centrala nervsystemet (CNS). Projektet kommer att generera genomikdata med stor genomslagskraft, beräkningsverktyg och experimentella plattformar med stark translationell och (pre-)klinisk relevans.

Dina ansvarsområden

• Analysera single-cell- och spatiala multiome-dataset (transkriptomik och epigenomik) från musmodeller och prover från mänskliga patienter för att studera genreglering som ligger till grund för skaderesponsmekanismer
• Stödja utvecklingen och tillämpningen av deep learning-modeller för att förutsäga aktivitet och specificitet hos genterapikonstruktioner
• Samarbeta med experimentella forskare för att koppla beräkningsbaserade prediktioner till genomikbaserade valideringsstrategier

Vem är du?

Vi söker en entusiastisk och högt motiverad forskningsassistent med ett starkt intresse för beräkningsgenomik och genterapi.  Kvalifikationer: • Masterexamen i bioinformatik, beräkningsbiologi, bioteknik eller ett närliggande område
• Dokumenterad erfarenhet av analys av single-cell- och/eller spatiala genomikdataset (scRNA-seq, scATAC-seq, multiome)
• Goda kunskaper i R och/eller Python för dataanalys och visualisering
• Vana vid genreglering, epigenomik och enhancerbiologi är önskvärt
• Intresse för maskininlärningsbaserade metoder tillämpade på biologiska data (tidigare erfarenhet är ett plus men inte ett krav)
• Utmärkt engelska i tal och skrift

Vad erbjuder vi?

En kreativ, internationell och inspirerande miljö fylld av kompetens och nyfikenhet. Karolinska Institutet är ett av världens ledande medicinska universitet. Vår vision är att driva utvecklingen av kunskap om livet och verka för en bättre hälsa för alla. Här bedriver vi framgångsrik medicinsk forskning och har det största utbudet av medicinska utbildningar i Sverige. Som universitet är Karolinska Institutet en statlig myndighet. Det gör att du får goda förmåner genom vårt kollektivavtal. Medarbetare på KI erbjuds också möjlighet till ett flexibelt arbetssätt. Det innebär att om den verksamhet du jobbar i tillåter, så kan du arbeta en del av din arbetstid på distans. Du får även träna fritt i våra moderna friskvårdsanläggningar där utbildad personal finns på plats.  

Placering: Stockholm

Länk till våra senaste publikationer: https://www.nature.com/articles/s41593-025-02131-w

Länk til labbets hemsida: https://ki.se/en/research/research-areas-centres-and-networks/research-groups/systems-regenerative-neurobiology-enric-llorens-group

[Video om Karolinska Institutet, hur vi alla bidrar till en bättre hälsa för alla]

Ansökan

Ansökan ska göras via rekryteringssystemet Varbi. I denna rekrytering söker du med ditt CV utan personligt brev. I ansökningsformuläret kommer du istället att få svara på några frågor om varför du söker jobbet. 

Vill du göra skillnad – och bidra till en bättre hälsa för alla? Sök jobb hos oss