Forskningsspecialist inom translationell mikrobiomforskning

Vill du bidra till en bättre hälsa för alla?

Institutionen för mikrobiologi, tumör- och cellbiologi (MTC) vid Karolinska Institutet bedriver forskning och undervisning inom immunologi, infektionsbiologi, cellbiologi och cancer. MTC har cirka 40 forskargrupper, och våra nyckelord är multidisciplinära, gränsöverskridande, nationella och internationella samarbeten.

Ämnesbeskrivning

Lars Engstrand forskargrupp bygger på en djup förståelse av translationell mikrobiomforskning och har etablerat en bred teknisk, biologisk, klinisk och epidemiologisk plattform för att studera komplexa mikrobiologiska miljöer i väldefinierat humant material. Gruppens mål är att skapa en vetenskaplig miljö med ett brett tvärvetenskapligt förhållningssätt som kombinerar klinisk epidemiologi med mikrobiologiska, immunologiska och genetiska aspekter av det mänskliga mikrobiomet och dess koppling till hälsa och sjukdom.

Culturomics-teamet i Engstrand forskargrupp fokuserar nu på att vidareutveckla den kunskap och expertis som erhållits genom kliniska mikrobiomstudier. Målet är att optimera tekniker och utveckla tekniska processer för mikrobiombaserad terapi.

Din roll

I Engstrand-gruppen har vi samlat in en stor mängd odlingsprover från våra kliniska studier och utfört isolering av hundratals stammar. För detta arbete söker vi en oberoende och självgående forskningsspecialist som kan driva och kontinuerligt utveckla våra forskningsmodeller och plan för fenotypning med hög genomströmning, analys och urval av terapeutiska cocktails och stammar av intresse. Syftet är att skapa en heltäckande odlingsbiobank genom att odla och karakterisera bakteriestammar och konsortier från våra kliniska forskningsprover och utföra molekylärbiologiska tekniker och analyser vid behov.

I arbetsuppgifterna ingår planering, optimering av metoder, implementering samt utvärdering av viktiga faktorer för kultivering och utnyttjande av varierande stammar som terapi. Forskningsspecialisten förväntas utföra utvecklings- och rutinarbete för bakteriell fenotypning och analyser. Odlingsarbete planeras och prioriteras i samarbete med enhetschefen. I arbetet ingår även implementering av riskanalys och design av protokoll (SOP). Sökanden måste även kunna dokumentera sina resultat på ett organiserat sätt, i enlighet med tidiga pre-GMP-standarder. För att korrelera kliniska metadata och information med dessa isolerade stammar hanteras data i olika databaser, inklusive interna stamdatabaser, Excel-ark, ELN, Clarity LIMS och bioinformatisk analys med reproducerbara koder i Jupyter Notebooks, vilket utgör en betydande och viktig del av arbetet.

Behörighetskrav

Behörig att anställas som forskningsspecialist är den som har uppvisat vetenskaplig skicklighet och har avlagt doktorsexamen eller har utländsk examen som bedöms motsvara svensk doktorsexamen samt har dokumenterat forskningsarbete efter disputation.

Utöver ovanstående krav för tjänsten:

• Kandidatexamen i mikrobiologi, molekylärbiologi, biokemi eller relevant område
• Lång relevant arbetslivserfarenhet
• Minst fem års våtlabbserfarenhet av kliniskt eller industriellt mikrobiologiskt arbete med kunskap om BSL2 labbsäkerhetshantering eller hantering av humana kliniska prover
• Väl dokumenterat forskningsarbete inom klinisk mikrobiomfältet
• Djup förståelse för bakteriell metabolism och mänsklig fysiologi
• Erfarenhet av high-throughput-analyser och plattformar inom mikrobiologisk utvärdering
• Erfarenhet av att arbeta med musmodeller inom mikrobiomforskning och/eller cancerforskning
• Förmåga att arbeta med pre-GMP-standarder med fokus på experimentell planering i detalj, avvikelsehantering och spårning, validering och standardisering för reproducerbarhet av arbete och kvalitetskontroll
• Kunna arbeta självständigt, ta initiativ, vara flexibel men strukturerad
• Kreativ och noggrann
• Kunna utföra dokumentation, kontroll och validering av arbete på engelska på ett spårbart sätt
• Lätt för att samarbeta med andra och kommunicerar tydligt med kollegor och handledare
• Analytisk och kunna felsöka i labbet

Vi kommer att lägga stor vikt vid personlig lämplighet

Bedömningsgrunder

Det är särskilt meriterande att den sökande har uppvisat

• Lång erfarenhet av att arbete med svårodlade bakterier, inklusive strikta anaerober i anaerob miljö
• Gedigen förståelse för standardtekniker inom molekylärbiologi, inklusive bakteriell kloning, DNA/RNA-extraktion och sekvensering, och proteinanalytiska tekniker såsom western blot, peptidisolering och provberedning för masspektrometri
• Omfattande arbete med in vivo-vävnadsforskning och analys i relation till mikrobiomforskning
• Erfarenhet av bakteriemikroskopi, inklusive konfokal- och elektronmikroskopi

Det är meriterande att den sökande har uppvisat

• Hantering och utveckling av tarm-, vaginal-, infektionsmodeller (i.e. necrotizing enterocolitis), och immun-/cancercellmodeller
• Bioinformatisk analys av bakteriegenom och/eller metagenom

Det är utifrån en sammantagen helhetsbedömning av de sökandes meriter och skicklighet som Karolinska Institutet bedömer vilken av de sökande som har de bästa förutsättningarna att bidra till en positiv utveckling av verksamheten.

Vad erbjuder vi?

En kreativ och inspirerande miljö fylld av kompetens och nyfikenhet. Karolinska Institutet är ett av världens ledande medicinska universitet. Här bedriver vi framgångsrik medicinsk forskning och har det största utbudet av medicinska utbildningar i Sverige. På KI träffar du forskare med olika forskningsinriktningar som jobbar tillsammans. Det är det gränsöverskridande samarbetet som bidrar till KI:s världsledande position inom forskning. Flera av de personer du möter inom vården är utbildade på KI. En nära relationen till hälso- och sjukvården är viktig för att skapa utbildning och forskning av högsta kvalitet. Som universitet är Karolinska Institutet också en statlig myndighet. Det gör att du som anställd får goda förmåner genom vårt kollektivavtal. 

Placering: Solna

Institutionen för mikrobiologi, tumör- och cellbiologi (MTC):
https://ki.se/en/mtc/department-of-microbiology-tumor-and-cell-biology

Centre for Translational Microbiome Research (CTMR):
https://ki.se/en/research/centre-for-translational-microbiome-research-ctmr

Ansökan

Vi ser gärna att din ansökan är skriven på engelska, men det går också bra att ansöka på svenska. Ansökan ska innehålla följande handlingar: Intyg om doktorsexamen, CV, meriter och beskrivning av planerad forskning som presenteras i enlighet med Karolinska Institutets meritportfölj.

Varmt välkommen med din ansökan senast den 8 januari 2025.

Ansökan ska göras via rekryteringssystemet Varbi.

Vill du göra skillnad – och bidra till en bättre hälsa för alla? Sök jobb hos oss!