Erfaren bioinformatiker till klinisk genomik - Under tillsättning eller tillsatt, ej sökbar

Vill du vara med och bidra till arbeta inom precisionsmedicin i den molekylära diagnostikens frontlinje?

Vi söker tre erfarna bioinformatiker för att stärka vårt team. Detta är en spännande möjlighet för dig som vill bidra till precisionsmedicin och det finns goda möjligheter att utforma tjänsten utifrån dina kompetenser och intresseområden. Vi erbjuder en fartfylld labbnära miljö där du arbetar interdisciplinärt med molekylärbiologer, biomedicinare, bioinformatiker, systemutvecklare, IT experter och forskare i nära samarbetare med diagnostiska experter inom hälso- och sjukvården.

Om oss

Enheten Clinical Genomics är en nationell forskningsinfrastruktur vid Science for Life Laboratory (SciLifeLab). Vårt uppdrag är att bidra till implementeringen av precisionsdiagnostik och precisionsmedicin i Sverige. Tillsammans med forskare och vårdgivare i Sverige utför vi avancerade genomikanalyser (storskalig DNA-sekvensering) och jobbar aktivt med att vidareutveckla testerna. Syftet är att säkerställa att det finns en möjlighet till världsledande forskning och att diagnostiken i Sverige ligger i internationell framkant.

Vårt team består av ca 45 medarbetare med bred kompetens inom genomik, bioinformatik, mjukvaruutveckling, IT och kvalitetssäkring. Vi har ett modernt laboratorium med hög grad av automatisering och stor sekvenseringskapacitet. De bioinformatiska analysflöden och den programvara vi utvecklar är med öppen källkod (https://github.com/Clinical-Genomics/). Hos oss erbjuds du en spännande arbetsmiljö, med utmanande arbetsuppgifter och hög teamkänsla. Vi arbetar tillsammans för att uppnå teamets gemensamma mål; att genom avancerade genomikanalyser öka förståelsen av sjukdomsmekanismer och att genom vården bidra till att förbättra människors liv.

Länk: http://www.scilifelab.se/facilities/clinical-genomics-stockholm/

Din roll

Vi söker dig som har ett brinnande intresse för bioinformatik, för att arbeta med avancerade genomikanalyser inom området precisionsmedicin. Det finns möjlighet att utforma tjänsten utifrån dina kompetenser och intresseområden.

Rollerna anpassas individuellt utifrån erfarenhet och kompetens, men i rollerna ingår;

• Utveckling av bioinformatiska analysflöden
• Utvärdera nya analysverktyg och strategier
• Delta i analys av patientprover i flera pågående forskningsprojekt och kliniska implementationsprojekt
• I samarbete med systemutvecklare samt externa samarbetspartners utveckla informatiklösningar för klinisk tolkning av genomik och transkriptomikdata
• Koordinera arbete i olika teams
• Delta i systemutveckling

Vem är du?

Vi söker dig som har examen inom life science och erfarenhet av utveckling av bioinformatiska analysflöden inom området storskalig DNA sekvensering (NGS).

 Generella krav för rollen:

• Utmärkta kunskaper i bioinformatik inom genomik och storskalig DNA sekvensering (NGS)
• Erfarenhet av analys av data och generering av rapporter som beslutsstöd
• Erfarenhet av problemlösning och fördjupad genomik / NGS dataanalys
• Goda programmeringskunskaper i Python
• Erfarenhet av arbete i linuxmiljö
• Erfarenhet av arbete i HPC system med SLURM som workload manager
• Goda kunskaper i engelska

 Den här rollen kräver en ansvarskännande och driftig person med positiv attityd. Det är viktigt att du trivs med att arbeta i team och att du som person bidrar till interna och externa samarbeten. Vi kommer lägga stor vikt vid personlig lämplighet, där arbete i team är högt prioriterat.

 Meriterande

Vi förutsätter också att du innehar ett antal av nedan erfarenheter och kompetenser:

• Disputerad inom relevant life science ämnesområde
• Erfarenhet av arbetsledande eller koordinerande roll
• Erfarenhet av handledning av praktikanter, studenter eller doktorander
• Erfarenhet av kontakt med externa samarbetspartners eller kunder
• Utmärkta kunskaper av arbete i Nextflow eller nf-core
• Utmärkta kunskaper av arbete i Snakemake
• Erfarenhet av analys av long-read sekvenseringsdata
• Erfarenhet av arbete med system för versionskontroll (tex git)
• Erfarenhet av dataanalys i R
• Dokumenterad erfarenhet av att leverera strukturerad kod (github eller motsvarande konto skall uppvisas)
• Erfarenhet av arbete med Docker, Singularity eller Podman teknologier
• Erfarenhet av arbete i molninfrastrukturer (t ex Azure, AWS, GCP)
• Erfarenhet av klinisk bioinformatik
• Erfarenhet av arbete i ackrediterad miljö

Vad erbjuder vi?

En kreativ och inspirerande miljö fylld av kompetens och nyfikenhet. Karolinska Institutet är ett av världens ledande medicinska universitet. Vår vision är att driva utvecklingen av kunskap om livet och verka för en bättre hälsa för alla. Här bedriver vi framgångsrik medicinsk forskning och har det största utbudet av medicinska utbildningar i Sverige. Som universitet är Karolinska Institutet även en statlig myndighet. Det innebär att du får goda förmåner genom vårt kollektivavtal, generös semester och en bra tjänstepension. Du får träna fritt i våra moderna friskvårdsanläggningar och får ersättning för läkarvård.

Placering: Solna 

Ansökan

Varmt välkommen med din ansökan!

Ansökan ska göras via rekryteringssystemet Varbi. I denna rekrytering söker med du med ditt CV utan personligt brev. I ansökningsformuläret kommer du istället att få svara på några frågor om varför du söker jobbet. 

Vid tillsvidareanställning tillämpar Karolinska Institutet 6 månaders provanställning.

Vill du göra skillnad – och bidra till en bättre hälsa för alla? Sök jobb hos oss