Forskningsingenjör till institutionen för Mikrobiologi, tumör- och cellbiologi - Under tillsättning eller tillsatt, ej sökbar

Vill du bidra till medicinsk forskning av toppkvalitet?

Institutionen för mikrobiologi, tumör-och cellbiologi (MTC) vid Karolinska Institutet i Solna bedriver forskning och undervisning inom immunologi, infektionsbiologi, cellbiologi och cancer. MTC har drygt 400 verksamma medarbetare. Våra nyckelord är tvärvetenskaplighet, kliniskt förankrad grundforskning samt nationellt och internationellt samarbete. Vi söker nu en forskningsingenjör till vår enhet Nationellt Pandemicenter (NPC).

Om forskargruppen/avdelningen

Centre for Translational Microbiome Research (CTMR) startades i januari 2016 för att studera vilken roll mikrobiomet spelar för människans hälsa, med fokus på en djup förståelse för translationell mikrobiomforskning och har etablerat en bred bas med tekniska, biologiska, kliniska och epidemiologiska plattformar för att studera komplexa mikrobiella samhällen i väldefinierade humanmaterial. Under de senaste 4 åren har en infrastruktur byggts upp för storskalig DNA/RNA extraktion och sekvensering av humana prover.

I mars 2020 startades Nationellt Pandemicenter (NPC) upp som ett COVID19 diagnostiklaboratorium vid CTMR för att utföra storskalig analys för förekomsten av COVID19 genom nukleinsyrapåvisning av SARS-CoV-2. Sedan början av 2021 utgör storskalig sekvensering av SARS-CoV-2 kärnverksamheten på NPC för att bidra till den nationella övervakningen av virusets evolution. NPC arbetar i nära samarbete med Folkhälsomyndigheten. Vi får prover från flera av Sveriges regioner. NPC har dess utöver ett nationellt samarbete med Biobank Sverige och Regionerna för förvaring av positiva COVID-19 prover. CTMR och NPC är idag två enheter inom en forskargrupp där resurser och kompetens från båda enheterna delvis samordnas. NPC är en dynamisk miljö med medarbetare från olika discipliner och karriärnivåer. I enlighet med vårt uppdrag under pågående covid-19 pandemi är förändringar i arbetsflöde och tempo en del av den dagliga verksamheten

Din roll

Arbetsuppgifterna i rollen som forskningsingenjör innehåller framför allt praktiskt laboratoriearbete med sekvensering av SARS-CoV-2. Inom NPC tar vi emot ett stort antal prover varje vecka som ska hanteras och analyseras inom avtalad tidsram. Arbetsuppgifterna omfattar även planering, metodoptimering, och genomförande av storskalig sekvensering i enlighet med de avtal som NPC har för sitt nationella uppdrag.

Forskningsingenjören förväntas ta omfattande ansvar för det dagliga operativa arbetet inom NPCs kärnverksamhet avseende provflöde och sekvensering av SARS-CoV-2. Arbetet planeras och prioriteras i samarbete med Projektledare och Enhetschef. I arbetet ingår även genomförande av riskanalyser samt utformning av protokoll (SOP).

Storskalig sekvensering av SARS-CoV-2 utgör kärnverksamheten på NPC och omfattar utförandet av det praktiska laborativa arbetet, vilket inkluderar provmottagning, extraktion, sekvensering och metodoptimeringar. Rutinjobbet är RNA extraktion, bibliotekspreparation och sekvensering på olika plattformar. Arbetet utförs i BSL2 klassade renrum och medför hantering av robotar med olika komplexitet. Alla arbetsmoment dokumenteras i vårt Laboratory Information Manager System (LIMS) samt i olika filer på OneDrive, och i Electronical Laboratory Notebook (ELN). Noggrann dokumentation och hantering av provinformation är av väsentlig del av arbetsuppgifterna.

Då sekvenseringsarbetet kräver stor noggrannhet så söker vi kandidater med god labbvana med oklanderlig dokumentation. Kommunikation med resten av gruppen är av stor vikt för att kunna utföra arbetet.

Vem är du?

Vi söker dig som har en masterutbildning eller doktorsexamen inom molekylärmedicin eller medicinsk bioteknik, gärna inom translationell och/eller kliniskt orienterade studier med erfarenhet inom next generation sequencing (NGS). Du har erfarenhet av kliniska studier, vetenskapliga projekt och utvecklingsarbete. Du är insatt i hantering av humant material och patientmaterial.

Krav

• Erfarenhet av att hantera humant och infektiöst material (minst BSL2 klassificerade labb)
• Goda kunskaper och erfarenhet av molekylärbiologiska metoder
• Omfattande pipetteringserfarenhet
• Goda kunskaper om kvalitetssäkringsarbete i enlighet med GLP
• Kunskaper och erfarenhet av arbete med NGS i hela kedjan från beredning av prover för sekvensering till utvärdering av data
• God förmåga att uttrycka dig väl i tal och skrift på engelska och kan skapa professionellt utformade rapporter och presentationer.
• God samarbets- och kommunikationsförmåga, samt förmåga att dokumentera arbetets gång.
• Du har ett genuint intresse att bygga upp och vara en del av en innovativ miljö för diagnostiskt utvecklingsarbete.
• God erfarenhet och kunskap i att sammanställa och skriva teknisk dokumentation
• Vetenskapligt intresse

Meriterande erfarenheter:

• Erfarenhet av storskalig sekvensering, men även andra tekniker för DNA- och RNA-analys
• Tidigare erfarenhet med MGI´s sekvenserings teknologi
• Erfarenhet att dokumentera sitt arbete i ett LIMS
• Vana att hantera robotar (ex TECAN Fluent, SP-960)
• ELN
• Dokumenterad erfarenhet och vana av liknande arbetsuppgifter omfattande humanmaterial/kliniska studier
• Kunskaper och erfarenhet analyser av NGS/ transcriptomics data med bioinformatiska metoder
• Erfarenhet av genetisk editering (genome editing) med t.ex CRISPR/Cas9
• Dokumeterad erfarenhet av att kunna arbeta parallellt med olika projekt.

Personliga egenskaper

Vi söker en ansvarskännande och driftig person som är positiv, flexibel och pedagogisk. Arbetet ställer höga krav på noggrannhet, planeringsförmåga, självständighet, servicevilja och ett strukturerat arbetssätt. I rollen som forskningsingenjör behöver du ha förmågan att dokumentera och kritiskt kontrollera ditt arbete på engelska och på ett spårbart sätt. Du har lätt för samarbete med andra och kommunicerar tydligt med kolleger och servicetekniker. Att våga vara analytisk och felsökande i labbet är väsentligt för tjänsten. Du arbetar på ett mycket dynamiskt sätt, har lätt att anpassa dig till omprioriteringar, men samtidigt hålla en professionell och precis arbetsnivå.

Vi kommer att lägga stor vikt vid personlig lämplighet.

Vad erbjuder vi?

En kreativ och inspirerande miljö fylld av kompetens och nyfikenhet. Karolinska Institutet är ett av världens ledande medicinska universitet. Vår vision är att driva utvecklingen av kunskap om livet och verka för en bättre hälsa för alla. Här bedriver vi framgångsrik medicinsk forskning och har det största utbudet av medicinska utbildningar i Sverige. Som universitet är Karolinska Institutet även en statlig myndighet. Det innebär att du får goda förmåner genom vårt kollektivavtal, generös semester och en bra tjänstepension. Du får träna fritt i våra moderna friskvårdsanläggningar och får ersättning för läkarvård.

Placering: Solna

Ansökan

Varmt välkommen med din ansökan senast 2021-06-29

Ansökan ska göras via rekryteringssystemet Varbi. I denna rekrytering söker med du med ditt CV utan personligt brev. I ansökningsformuläret kommer du istället att få svara på några frågor om varför du söker jobbet.

Vill du göra skillnad – och bidra till en bättre hälsa för alla? Sök jobb hos oss