Bioinformatiker inom cancergenomik

Vill du bidra till medicinsk forskning av högsta kvalitet?

På Institutionen för Medicinsk epidemiologi och biostatistik (MEB), Karolinska Institutet, pågår flertalet prospektiva kliniska studier. I dessa studier används bred sekvenserings-baserad analys av cancergenomet hos patienter med bl.a. spridd bröst- och prostatacancer. Målet med dessa analyser är att hitta somatiska förändringar (mutationer) i cancercellernas DNA samt utvärdera om dessa kan användas för att göra bättre behandlingsval.

För att kunna utföra analyser av cancercellernas DNA har forskare på MEB etablerat en informatik-infrastruktur som omfattar system för att hålla koll på prover, utföra själva analysstegen, samt utföra beräkningarna strukturerat i en molnbaserad servermiljö med virtuella servrar.

Din roll

Vi söker en bioinformatiker med en masters inom bioinformatik för att arbeta med vår informatik-infrastruktur.

I tjänsten ingår följande arbetsuppgifter:

• Utvärdering av bioinformatiska verktyg, tex för att identifiera somatiska varianter såsom strukturell variation.
• Utveckling och skötsel av vår bioinformatiska pipeline, framtagen för att processa DNA- samt RNA-data från cancerpatienter.
• Backend-utveckling av forskargruppens egna mjukvara.
• Databasutveckling.
• Underhåll samt utveckling av den molnbaserade servermiljön.

Tjänsten är en tidsbegränsad anställning på 12 månader.

Vem är du?

Ingångskrav:

• Masterexamen i bioinformatik.
• ≥5 års arbetserfarenhet av bioinformatisk utveckling i C++ och python.
• Erfarenhet av cloud computing med Azure, AWS och GCP.

Övriga krav:

• Minst 5 års erfarenhet av utveckling i en Linux-baserade servermiljö.
• Minst fem års erfarenhet av att ha arbetat med bioinformatiska pipelinesrpåk, såsom snakemake eller nextflow.
• Erfarenhet av HPC-miljöer.
• Erfarenhet av SLURM för att hantera arbetsbelastningen i severmiljön.
• Dokumenterad erfarenhet av fullstack-utveckling (DevOps) med fokus på workflow-management systems.
• Erfarenhet av cloud-ops (S3, VM, SDB, SDN).
• Erfarenhet av virtualisering och/eller containerteknik, företrädesvis K8s och Docker.
• Erfarenhet av versionshanteringssystem, t.ex. Git.
• Goda kommunikationsfärdigheter på engelska.

Meriterande:

• Erfarenhet av CI-CD pipelines, CRF, EDC, system för hantering av kliniska prövningar.
• Erfarenhet av att ha arbetat med kliniska studier eller i en rutindiagnostisk miljö för processning av genomikdata.
• Erfarenhet av NoSQL-databaser som MongoDB, helst med GenAI-funktioner.
• Erfarenhet av HPC (utveckling, driftsättning, sandboxing, administration).

Vi lägger stor vikt vid personliga egenskaper i urvalet. För att lyckas i rollen måste kandidaten ha förmåga att arbeta självständigt, samarbeta, vara ambitiös och ta initiativ.

Vad erbjuder vi?

En kreativ, internationell och inspirerande miljö fylld av kompetens och nyfikenhet. Karolinska Institutet är ett av världens ledande medicinska universitet. Vår vision är att driva utvecklingen av kunskap om livet och verka för en bättre hälsa för alla. Här bedriver vi framgångsrik medicinsk forskning och har det största utbudet av medicinska utbildningar i Sverige. Som universitet är Karolinska Institutet en statlig myndighet. Det gör att du får goda förmåner genom vårt kollektivavtal. Medarbetare på KI erbjuds också möjlighet till ett flexibelt arbetssätt. Det innebär att om den verksamhet du jobbar i tillåter, så kan du arbeta en del av din arbetstid på distans. Du får även träna fritt i våra moderna friskvårdsanläggningar där utbildad personal finns på plats.  

Placering: Solna

Tio skäl att välja Karolinska Institutet

Ansökan

Varmt välkommen med din ansökan!

Ansökan ska göras via rekryteringssystemet Varbi. I denna rekrytering söker du med ditt CV utan personligt brev. I ansökningsformuläret kommer du istället att få svara på några frågor om varför du söker jobbet. 

Vill du göra skillnad – och bidra till en bättre hälsa för alla? Sök jobb hos oss