Bioinformatiker i single-cell immunitets-transkriptomik och epigenomik

Vill du bidra till medicinsk forskning av toppkvalitet?

Vi söker en ambitiös bioinformatiker med gedigna kunskaper inom bioinformatik/datavetenskap för att ansluta till vårt team av immunologer i ett projekt finansierat av European Research Council (ERC) (RESIDE). Vi erbjuder en stimulerande miljö i forskningens framkant. Den framgångsrika kandidaten kommer att ingå i ett kluster av andra bioinformatiker som arbetar med liknande ämnen.

Din roll

Niklas Björkström’s forskargrupp studerar utveckling, reglering och funktion av mänskliga medfödda lymfoida celler (ILCs), inklusive naturliga mördarceller, och hur dessa celler bidrar till patologi och normal homeostas i organ som lever och livmoder. Studierna är translationella eftersom de involverar avancerade grundläggande molekylära och immunologiska undersökningar av värdefulla mänskliga vävnadsprover för att upptäcka nya sjukdomsmekanismer och terapimål. Björkström’s grupp består av 5 doktorander och 4 postdoktorer och har ett starkt track-record inom forskning om mänskliga NK-celler i vävnader (Sci Immunol 2021, 2020, Sci Trans Med 2021 x2). Gruppen samarbetar nära med kliniska kollegor vid flera svenska sjukhus samt laboratoriefaciliteter vid Science for Life Laboratories (SciLifeLab), Karolinska Institutet och utomlands. Bioinformatikern kommer att arbeta i nära samarbete med alla medlemmar i teamet för att fortsätta den framgångsrika forskningslinjen med användning av single-cell RNA-sekvensering (scRNA-seq) och ATAC-seq för att dissekera mänsklig ILC-biologi i hälsa och sjukdom.

Bioinformatikern kommer att vara en del av Center for Infectious Medicine (CIM), Karolinska Institutet, vilket är ett nationellt ledande och internationellt konkurrenskraftigt center för mänsklig translationell immunologi och forskning om infektionssjukdomar. Centret består av cirka 25 doktorander och 30 postdoktorer organiserade kring 15 oberoende forskargrupper. Bioinformatikern kommer också att vara en del av ett nybildat Center for Bioinformatics and Biostatistics (CBB) vid Karolinska Flemingsberg Campus som syftar till att skapa en toppmodern och världsledande bioinformatik-hubb. Detta center kommer också att erbjuda mentorskap och stöd för karriärutveckling.

Vi söker en bioinformatiker som kommer att arbeta som en integrerad del av vårt team och vara involverad i flera pågående projekt. Vi har redan stora mängder avancerad sekvensdata inklusive scRNA-seq (SMARTseq2 och 10X genomics) och ATAC-seq-data samt flerfärgsflödescytometridata av humana ILCs, som kommer att analyseras i nära samarbete med andra teammedlemmar och andra bioinformatiker vid SciLifeLab och CBB. Därför är utmärkta kommunikationsfärdigheter och flytande engelska nödvändiga.

Vem är du?

Den framgångsrika kandidaten ska:

Ha en doktorsexamen inom bioinformatik/datavetenskap eller ett relaterat område.
Fullt behärska R och Python (vara kunnig i Python Data Stack-verktyg som NymPY, SciPY, Pandas, scikit) och ha gedigen erfarenhet av Unix/Linux samt statistikkunskaper.
Ha erfarenhet av genomisk NGS-data och särskilt erfarenhet av att arbeta med scRNA-seq/scATAC-seq från FASTQ till analyserad data, både med 10X, SS2 och andra format.
Goda språkkunskaper i engelska, både i tal och skrift, är ett krav.

Det är meriterande om kandidaten har:

Förmågan att formalisera biologiska frågor i datormodeller för att konsultera och ge råd om experimentell design innan data genereras är en annan merit.
Kunskap om Perl/C/Matlab/SQL är en fördel. Erfarenhet av att arbeta i versionsstyrda system är en merit. Erfarenhet av högpresterande databehandling för analys är en annan merit.

Den framgångsrika kandidaten bör vara självgående, ha goda kommunikationsfärdigheter och bevisad förmåga att samarbeta effektivt och produktivt i ett tvärvetenskapligt team. Vi lägger stor vikt vid personlig lämplighet i denna rekryteringsprocess.

Vad erbjuder vi?

En kreativ, internationell och inspirerande miljö fylld av kompetens och nyfikenhet. Karolinska Institutet är ett av världens ledande medicinska universitet. Vår vision är att driva utvecklingen av kunskap om livet och verka för en bättre hälsa för alla. Här bedriver vi framgångsrik medicinsk forskning och har det största utbudet av medicinska utbildningar i Sverige. Som universitet är Karolinska Institutet en statlig myndighet. Det gör att du får goda förmåner genom vårt kollektivavtal. Medarbetare på KI erbjuds också möjlighet till ett flexibelt arbetssätt. Det innebär att om den verksamhet du jobbar i tillåter, så kan du arbeta en del av din arbetstid på distans. Du får även träna fritt i våra moderna friskvårdsanläggningar där utbildad personal finns på plats.

Placering: Flemingsberg

Tio skäl att välja Karolinska Institutet

Ansökan

Varmt välkommen med din ansökan senast 2024-02-28.

Ansökan ska göras via rekryteringssystemet Varbi. I denna rekrytering söker du med ditt CV utan personligt brev. I ansökningsformuläret kommer du istället att få svara på några frågor om varför du söker jobbet.

Vid tillsvidareanställning tillämpar Karolinska Institutet 6 månaders provanställning.

Vill du göra skillnad – och bidra till en bättre hälsa för alla? Sök jobb hos oss