Bioinformatiker

Vill du bidra till medicinsk forskning av toppkvalitet?

Institutionen för cell- och molekylärbiologi (CMB) är belägen i byggnaden Biomedicum vid Karolinska Institutet. Biomedicum är en toppmodern forskningsanläggning med fokus på avancerad experimentell forskning inom flera områden relaterade till cell- och molekylärbiologi. Spalding-laboratoriet bedriver grundforskning inom human fettvävsbiologi med hjälp av innovativa tekniker såsom singelcellssekvensering, radiokoldatering, konfokalmikroskopi och flödescytometri.

Laboratoriets starka fokus på grundforskning, i kombination med nära kliniska samarbeten och omfattande erfarenhet av arbete med humana prover, ger den framgångsrika kandidaten möjlighet att bli en del av ett translationellt forskningssammanhang med målet att adressera viktiga medicinska frågeställningar, särskilt inom fetma och associerade samsjukligheter.

Beskrivning av ämnesområdet

Fetma är en av våra största globala hälsoutmaningar och en primär riskfaktor för metabol sjukdom, kardiovaskulär dysfunktion och cancer. En central, ännu olöst fråga är hur humana adipocyter – både i friska och dysfunktionella tillstånd – bidrar till metabol försämring och omstrukturering av fettväv. Nya framsteg inom transkriptomik möjliggör nu detaljerade studier av adipocytstadier, senescens, inflammation och metabol dysfunktion.

Denna tjänst är placerad i gränslandet mellan beräkningsbiologi, molekylärbiologi och human fettvävsforskning och stödjer projekt som syftar till att förstå hur adipocyter bidrar till sjukdomsprogression samt hur komplexa datamängder kan identifiera nya terapeutiska angreppssätt.

Vem är du?

Som bioinformatiker i Spalding-laboratoriet kommer du att ha en ledande roll i den beräkningsmässiga analysen, tolkningen och integreringen av högdimensionella RNA‑baserade datamängder som genereras inom forskargruppen. Du kommer att arbeta nära experimentella forskare för att utforma analyser som kopplar molekylära mönster till biologiska mekanismer, med särskild tonvikt på reproducerbarhet, transparens och biologisk relevans.

• Utveckla och underhålla robusta och reproducerbara arbetsflöden för bulk-, singelcells- och small‑RNA‑sekvenseringsdata.
• Analysera och tolka komplexa datamängder för att identifiera transkriptionella program, cellulära tillstånd och mekanismer relevanta för adipocytbiologi, senescens, inflammation och metabol dysfunktion.
• Samarbeta nära med experimentella forskare för att säkerställa att analytiska strategier är anpassade till experimentell design och biologiskt sammanhang.
• Bidra till projektstrategi, datatolkning och utveckling av nya forskningsfrågor.
• Medverka i författande av vetenskapliga manuskript, översiktsartiklar, figurer och forskningsansökningar.
• Handleda och stödja studenter och postdoktorer i beräkningsbiologiska metoder.
• Bidra till implementering av bästa praxis för versionshantering, arbetsflödeshantering och reproducerbar forskning.

Behörighetskrav och bedömningsgrunder

För anställning som bioinformatiker krävs doktorsexamen eller motsvarande vetenskaplig kompetens samt dokumenterad excellens inom beräkningsbiologi.

Dokumenterad erfarenhet av analys av singelcells‑RNA‑sekvenseringsdata är ett krav. Erfarenhet av andra omics‑tekniker såsom proteomik, lipidomik och metabolomik är meriterande. Mycket god förmåga att kommunicera på engelska, i tal och skrift, samt god samarbetsförmåga är ett krav.

Krav

• Dokumenterad erfarenhet av analys av storskaliga biologiska datamängder (t.ex. scRNA‑seq, helcells‑RNA‑seq, miRNA‑seq, small‑RNA‑sekvensering).
• Stark statistisk och beräkningsmässig analytisk förmåga, inklusive erfarenhet av att hantera komplexa och brusiga biologiska data.
• Visad förmåga att bygga reproducerbara pipelines och strukturera avancerade beräkningsprojekt.

Meriterande

• Goda kunskaper i R och/eller Python.
• Erfarenhet av arbetsflödeshantering (t.ex. Snakemake, Nextflow) och versionshantering (Git).
• Kännedom om transkriptomik inom metabolism, fetma eller närliggande forskningsområden.
• Erfarenhet av integrering av multi‑omics‑data eller nära samarbete med experimentella biologer.

Vad erbjuder vi?

En kreativ, internationell och inspirerande miljö fylld av kompetens och nyfikenhet. Karolinska Institutet är ett av världens ledande medicinska universitet. Vår vision är att driva utvecklingen av kunskap om livet och verka för en bättre hälsa för alla. Här bedriver vi framgångsrik medicinsk forskning och har det största utbudet av medicinska utbildningar i Sverige. Som universitet är Karolinska Institutet en statlig myndighet. Det gör att du får goda förmåner genom vårt kollektivavtal. Medarbetare på KI erbjuds också möjlighet till ett flexibelt arbetssätt. Det innebär att om den verksamhet du jobbar i tillåter, så kan du arbeta en del av din arbetstid på distans. Du får även träna fritt i våra moderna friskvårdsanläggningar där utbildad personal finns på plats.  

Placering:  Solna 

Ansökan

Varmt välkommen med din ansökan.

Ansökan ska göras via rekryteringssystemet Varbi. I denna rekrytering söker du med ditt CV utan personligt brev. I ansökningsformuläret kommer du istället att få svara på några frågor om varför du söker jobbet. 

Vill du göra skillnad – och bidra till en bättre hälsa för alla? Sök jobb hos oss