Forskningsingenjör inom högkapacitets jäst genomik

Vill du bidra till medicinsk forskning av toppkvalitet?

Institutionen för mikrobiologi, tumör- och cellbiologi (MTC) vid Karolinska Institutet bedriver forskning och undervisning inom immunologi, infektionsbiologi, cellbiologi och cancer. MTC har cirka 40 forskargrupper och våra nyckelord är multidisciplinära, överbryggande, nationella och internationella samarbeten. Vårt laboratorium ligger på Science for Life Laboratory på Karolinska Institutets campus i Solna. SciLifeLab är utrustat med toppmodern instrumentering och kärnfaciliteter, och är hem för ett av de största sekvenseringsklustren i Europa.

Vår grupp kombinerar experimentellt och beräkningsarbete och syftar till att utveckla och tillämpa nya genomomfattande tekniker för att ta itu med grundläggande biologiska frågor med medicinska implikationer. Vi är särskilt intresserade av hur subtila variationer i genuttryck kan leda till differentiella cellulära fenotyper och brinner för RNA-biologi. Läs mero m vårt arbete här. Du kommer att ha möjlighet att arbeta i en mycket tvärvetenskaplig och internationell miljö och kombinera utvecklingen av state-of-the-art genomomfattande tillvägagångssätt med molekylär dissektion av grundläggande biologiska problem.

Är du intresserad av att reda ut den eukaryota posttranskriptionella regulatoriska koden? Vill du kombinera användningen av banbrytande genomomfattande teknologier med syntetisk biologi och maskininlärning för att studera RNA-liv? Kom till oss ​​på SciLifeLab!

Din roll

Ämnesbeskrivning
Posttranskriptionell genuttrycksreglering beskriver de olika mekanismer som påverkar genuttryck efter transkription men före translation till protein. Dessa processer inkluderar RNA-splitsning, redigering, transport, stabilitet och translationseffektivitet. Posttranskriptionell reglering gör det möjligt för celler att justera mRNA:s öde och proteinproduktion utan att påverka transkriptionen. Den spirande jästen Saccharomyces cerevisiae är en idealisk modell för att studera posttranskriptionell genreglering i genomomfattande skala. Dess kompakta genom och tillgängligheten av genetiska och syntetiska biologiska verktyg har etablerat S. cerevisiae som en primär organism för att undersöka dessa reglerande lager. Vårt team strävar efter att utnyttja de senaste framstegen inom högkapacitetsgenomik och artificiell intelligens för att förbättra vår förståelse av hur posttranskriptionell reglering påverkar genuttrycksmönster och cellulära egenskaper

Din roll
Den lediga tjänsten som forskningsingenjör avser att utveckla och tillämpa nya genomiska metoder för att studera genuttryck och mRNA-liv i Ascomycota. Kandidaten kommer att arbeta inom ramen för ett nyligen tilldelat ERC-synergiprojekt (EPIC - Unravelling the eukaryotic post-transcriptional regulatory code) i samarbete med professor Kevin Verstrepens (Leuven) och professor Julien Gagneurs (München) laboratorier. Kandidaten kommer att fokusera på att etablera nya experimentella pipelines för att möjliggöra högkapacitetsgenerering av högkvalitativa genomiska data. Detta kommer att inkludera utveckling och automatisering av nya NGS-metoder.

Kandidaten kommer att utföra originalforskning, bidra till utbildning av juniora kollegor och förvärva de experimentella och beräkningsmässiga färdigheter som krävs för att slutföra projektet. Kandidaten kommer att koordinera prov- och datautbyte mellan Sverige, Tyskland och Belgien i samband med ett tilldelat ERC Synergy-bidrag. Kandidaten förväntas kommunicera de vetenskapliga resultaten och bidra till att skriva vetenskapliga artiklar och delta i vetenskapliga möten. Ytterligare ansvarsområden inkluderar att stödja laboratorieledning och samordning, samt att bistå gruppledaren med administrativa uppgifter. Den ideala kandidaten kommer att delta i teamets allmänna arbetsuppgifter och effektivt kommunicera med forskare med mycket varierande bakgrund i en mycket tvärvetenskaplig och internationell miljö. Arbetsspråket är engelska.

Vem är du?

Sökande till denna tjänst bör ha en kandidatexamen i bioteknik, molekylärbiologi eller liknande område.

Krav för tjänsten:

• Ett starkt intresse för tvärvetenskaplig teknikutveckling, samt förmåga till nytt och kreativt tänkande.
• Omfattande erfarenhet av NGS-metodutveckling.
• Erfarenhet av metoder som WGS, RNA-Seq, polyA-mappning, TSS-mappning, 5PSeq, CUT&RUN och Tn5-baserade NGS-bibliotekskonstruktionsmetoder.
• Praktisk erfarenhet av vätskehanteringsrobotar.
• Erfarenhet av jästgenetik, med fokus på S. cerevisiae.
• Erfarenhet av DNA/RNA-extraktion.
• Erfarenhet av Illumina-sekvenserare.
• Goda interpersonella färdigheter och förmåga att arbeta i team.

Meriterande:

• Erfarenhet av transkription och posttranskriptionell mRNA-reglering.
• Erfarenhet av alternativ polyadenylering.
• Erfarenhet av fenotypning av högkapacitetsjäst och QTL-mappning.
• Erfarenhet av nanoporesekvensering.
• Erfarenhet av projektledning och datarapportering.
• Erfarenhet av att koordinera små team inom den akademiska och/eller industriella sektorn

I rekryteringen kommer särskild vikt att läggas vid vetenskaplig skicklighet av relevans för projektet och tidigare forskningserfarenhet.

Vad erbjuder vi?

En kreativ, internationell och inspirerande miljö fylld av kompetens och nyfikenhet. Karolinska Institutet är ett av världens ledande medicinska universitet. Vår vision är att driva utvecklingen av kunskap om livet och verka för en bättre hälsa för alla. Här bedriver vi framgångsrik medicinsk forskning och har det största utbudet av medicinska utbildningar i Sverige. Som universitet är Karolinska Institutet en statlig myndighet. Det gör att du får goda förmåner genom vårt kollektivavtal. Medarbetare på KI erbjuds också möjlighet till ett flexibelt arbetssätt. Det innebär att om den verksamhet du jobbar i tillåter, så kan du arbeta en del av din arbetstid på distans. Du får även träna fritt i våra moderna friskvårdsanläggningar där utbildad personal finns på plats.  

Placering: Solna

Ansökan

Varmt välkommen med din ansökan senast 2025-11-05

Ansökan ska göras via rekryteringssystemet Varbi. I denna rekrytering söker du med ditt CV utan personligt brev. I ansökningsformuläret kommer du istället att få svara på några frågor om varför du söker jobbet. 

Vid tillsvidareanställning tillämpar Karolinska Institutet 6 månaders provanställning.

Vill du göra skillnad – och bidra till en bättre hälsa för alla? Sök jobb hos oss